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古代遺跡出土イネ遺物のゲノム解読:実験系と情報基盤の確立

研究課題

研究課題/領域番号 26890010
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分補助金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関東京大学

研究代表者

熊谷 真彦  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (80738716)

研究期間 (年度) 2014-08-29 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2015年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード古代ゲノミクス / 次世代シーケンサー / 分子進化 / 栽培イネ / 古ゲノミクス / 葉緑体ゲノム / 栽培植物 / イネ / 進化 / 次世代シーケンサ
研究成果の概要

アジア栽培イネの2大グループであるジャポニカとインディカのそれぞれの起源と栽培過程における両者の関係性、また栽培化の各ステップにおいて遺伝的な背景がどのように変遷してきたのかは遺伝学、人類学等の分野における大きな興味である。この謎を明らかにするためには、古代の遺跡から出土する遺物“炭化米”のDNAを分析することが有用である。本研究では、炭化米DNAに次世代シーケンサーを応用する古ゲノミクスを行うための実験系を確立した。同時に1375系統の現生イネを用いた葉緑体ゲノムの分子系統解析を行い、情報基盤を構築した。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Whole-genome analysis of herbicide-tolerant mutant rice generated by Agrobacterium-mediated gene targeting2015

    • 著者名/発表者名
      Endo M, Kumagai M, Motoyama R, Sasaki-Yamagata H, Mori-Hosokawa S, Hamada M, Kanamori H, Nagamura Y, Katayose Y, Itoh T, Toki S
    • 雑誌名

      Plant and Cell physiology

      巻: 56 号: 1 ページ: 116-125

    • DOI

      10.1093/pcp/pcu153

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Development of transcriptome shotgun assembly-derived markers in bunching onion (Allium fistulosum)2015

    • 著者名/発表者名
      Tsukazaki H, Yaguchi S, Sato S, Hirakawa H, Katayose Y, Kanamori H, Kurita K, Itoh T, Kumagai M, Mizuno S, Hamada M, Fukuoka H, Yamashita K, McCallum J, Shigyo M, and Wako T
    • 雑誌名

      Molecular Breeding

      巻: 35 号: 1 ページ: 55-55

    • DOI

      10.1007/s11032-015-0265-x

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 栽培イネ古DNA解析のための現生イネ大規模ゲノムデータ解析2015

    • 著者名/発表者名
      熊谷真彦、王瀝、植田信太郎
    • 学会等名
      第69回 日本人類学会大会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所 臨海副都心センター(東京都・江東区)
    • 年月日
      2015-09-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 初めて触れるデータ解析~NGSの現場から2014

    • 著者名/発表者名
      熊谷 真彦
    • 学会等名
      第2回次世代シーケンサー研究推進のためのデータ解析ワークショップ
    • 発表場所
      茨城
    • 年月日
      2014-12-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Domestication history of rice inferred by ancient DNA and modern genomics.2014

    • 著者名/発表者名
      Kumagai Masahiko
    • 学会等名
      Chile-Japan Academic Forum in UTokyo, Workshop on Genes, Cells and Organisms.
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 年月日
      2014-10-08
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 細胞工学 古代ゲノムでたどる人類史(監修 植田信太郎)「遺伝情報から見た家畜化と栽培化」2016

    • 著者名/発表者名
      熊谷真彦
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      秀潤社
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2014-09-09   更新日: 2017-05-10  

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