| 研究課題/領域番号 |
62840020
|
|---|
| 研究種目 |
試験研究
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 研究分野 |
遺伝学
|
|---|
| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
|---|
研究代表者 |
舘野 義男 (1988-1989) 国立遺伝学研究所, 遺伝実験生物保存センター, 助手 (00202424)
丸山 毅夫 (1987) 国立遺伝学研究所, 教授
|
|---|
| 研究分担者 |
松尾 和洋 富士通(株)国際情報社会科学研究所生物情報学室第二研究部, 部長
久原 哲 九州大学, 大学院・農学研究科遺伝資源工学専攻遺伝子制御学, 助教授 (00153320)
森山 悦子 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助手 (20210198)
宮沢 三造 国立遺伝学研究所, 遺伝情報研究センター, 助教授 (60190774)
五条堀 孝 (五條堀 孝) 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (50162136)
林田 秀宣 国立遺伝学研究所, 遺伝情報センター, 助手 (10198872)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
1987 – 1989
|
| 研究課題ステータス |
完了 (1989年度)
|
| 配分額 *注記 |
9,800千円 (直接経費: 9,800千円)
1989年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
1988年度: 4,200千円 (直接経費: 4,200千円)
1987年度: 4,300千円 (直接経費: 4,300千円)
|
|---|
| キーワード | 遺伝情報 / コンピュ-タソフトウェア / 分子進化 / ウィルス / 分子系統樹 / DNA / 塩基配列多重並列 / システム化 / 解析ソフトウエア / DNAデータベース / 相同性検索 |
|---|
| 研究概要 |
本研究では、長期的展望に立って遺伝情報を解析するコンピュ-タソフトウェアのパッケ-ジ化を計ると共に、その応用研究と新しいソフトウエアの研究開発を行なった。中途研究代表者の不慮の死により一時停滞を余儀なくされたが、新しい代表者のもとに所期の目的を達成することができた。研究成果は以下の4項目に分けることができる。(1)ワ-クステ-ションで稼動する総合遺伝情報解析システムの開発を行なってきた。本解析システムの特徴は、個人単位での大量DNA・タンパクデ-タの高速な検索及び解析、ネットワ-ク機能を活用した超高速大型計算機との連携処理を可能にするものである。さらに、計算機に対する深い知識を必要としないメニュ-システムを導入することによって、対話型高操作性の実現を目指している。(2)塩基配列を直接利用する分子系統樹推定法の開発、塩基配列相同性と節約原理に基づいて、塩基配列から直接系統樹を推定する方法を開発した。この方法をシミュレ-ション実験で評価した結果、塩基置換率が一定で大きくなければ、良い成績を挙げることが示された。(3)パッケ-ジのGENASによる塩基配列の解析、このパッケ-ジを新たに決定された日本脳炎ウィルスの塩基配列に適用して遺伝子の構造解析を行ない、3つの構造遺伝子といくつかの非構造遺伝子を同定した。この他鶏や酵母の塩基配列の解析にも応用して種々の結果を得た。(4)塩基配列の多重並列法の開発 動的計画法を利用して、多数の塩基配列を同時に並列する方法を開発した。この方法によると、最大長さ4000塩基の配列が50本同時に多重並置することができる。また、この方法はス-パ-コンピュ-タからワ-クステ-ションまでの広い範囲で利用できる。
|
