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一本鎖核酸をトリガーとする生体分子モータースイッチングシステムの開発

公募研究

研究領域感覚と知能を備えた分子ロボットの創成
研究課題/領域番号 15H00801
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関東京大学

研究代表者

庄田 耕一郎  東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (00401216)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2016年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2015年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワードリポソーム / アルキル修飾DNA / 油中水滴界面通過法 / DNA固相合成 / 形態変化 / 分子スイッチ / 脂質-核酸コンジュゲート / 分子モーター / 脂質-DNAコンジュゲート / 長鎖アルキル置換デオキシウリジン / 生体分子モーター / ATP / 巨大一枚膜リポソーム / Sonogashira反応
研究実績の概要

本研究の目的は、生体分子モーターのエネルギー源(ATP等の小分子)を、一本鎖DNA依存的にリポソームから放出することで生体分子モーターを起動する、新規分子システムの開発である。そのために設計した鍵分子は、ピリミジン塩基部5位を長鎖アルキル基で修飾したオリゴ核酸である。種々合成を検討した結果、パラジウム触媒を用いた園頭反応を用いて、アルキン基を介してC12のアルキル基をピリミジン塩基部5位に導入することに成功した。またその新規ヌクレオシドをアミダイトユニットに誘導し、これを用いて新規アルキル修飾オリゴ核酸の合成にも成功した。このオリゴ核酸は、アルキル修飾ヌクレオシドを4ヶ所に導入した、鎖長19のDNAオリゴマーである。このDNAオリゴマーを得るため、オリゴDNA受託合成会社のファスマック(神奈川県・相模原市)に当該アミダイトを直接持ち込み、全自動固相合成機で合成を依頼し、HPLCで精製し、そのものを得た。
合成されたアルキル修飾DNAオリゴマーをリポソーム外膜上に導入するため、油中水滴界面通過法(遠心沈降法)を用いてリポソームを生成する際に工夫をした。油-バッファー界面上に、新規アルキル修飾DNAオリゴマーを吸着させた後、遠心力を与えてw/oエマルション中の水滴を通過させた。
このようにして得られたリポソームサンプルに対し、新規アルキル修飾DNAオリゴマーに対する相補DNAを外部から添加した結果、球形のリポソームから、連結した二つの球に形態変化し、体積が減ずることを光学顕微鏡で直接観察した。この体積差に相当する内容物質が、リポソーム外部に漏出したと考えられる。この結果、研究の目的は原理的に達成されたと考えられる。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A method of gentle hydration to prepare oil-free giant unilamellar vesicles that can confine enzymatic reactions2015

    • 著者名/発表者名
      K. Shohda, K. Takahashi, and A. Suyama,
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Rep.

      巻: 3 ページ: 76-82

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2015.07.005

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] アルキル鎖修飾オリゴ核酸によるリポソームの形態変化2017

    • 著者名/発表者名
      庄田耕一郎、陶山明
    • 学会等名
      日本化学会年会
    • 発表場所
      慶応大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Development of a DNA computer-based gene-regulatory system encapsulated in a giant unilamellar vesicle2016

    • 著者名/発表者名
      庄田耕一郎、西片享、車兪澈、陶山明
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] GUV 内の発現制御モジュールの外部シグナルによる制御2015

    • 著者名/発表者名
      西片亨, 庄田耕一郎, 車兪澈, 陶山明
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 8.0
    • 発表場所
      大阪大学吹田キャンパス(大阪府吹田市)
    • 年月日
      2015-11-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ベシクル内の無細胞タンパク質合成系で動作する核酸転写因子を用いた2015

    • 著者名/発表者名
      庄田 耕一郎, 西片 享, 車 兪澈, 陶山 明
    • 学会等名
      第10回 無細胞生命科学研究会
    • 発表場所
      理化学研究所 横浜キャンパス(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2015-10-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Development of a DNA computer-based gene-regulatory system confined in a giant unilamellar vesicle for synthetic biology research2015

    • 著者名/発表者名
      Koh-ichiroh Shohda, Toru Nishikata, Yutetsu Kuruma, Akira Suyma
    • 学会等名
      第53回 日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学 角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] 人工細胞の創製とその応用(RNAを転写因子とする人工遺伝子回路の創製)2017

    • 著者名/発表者名
      庄田耕一郎、陶山明(植田充美監修)
    • 総ページ数
      215
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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