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蛍光X線ホログラフィーによる酸化ヌクレオチド加水分解酵素の活性サイトの観測

公募研究

研究領域3D活性サイト科学
研究課題/領域番号 15H01050
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関熊本大学

研究代表者

中村 照也  熊本大学, 大学院先導機構, 准教授 (40433015)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2016年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2015年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード蛋白質 / 蛍光X線ホログラフィー / 酵素反応
研究実績の概要

酵素反応において,金属イオンは酵素活性部位に結合し,基質や活性残基の立体配座や,配位子のpKaを変化させることなど,反応触媒の補因子として重要な役割を担っている.この様な酵素反応機構を理解するには,金属イオン結合時の酵素活性サイトの構造に加え,反応中の構造変化を明らかにすることが必要不可欠である.本研究では,Mg2+もしくはMn2+イオン存在下で働く酸化ヌクレオチド加水分解酵素をターゲットとして実験を行った.本年度は,昨年度に引き続いて,1) 蛍光X線ホログラフィーの実験,2) 時分割X線結晶構造解析を行った.
1) 昨年度行った蛍光X線ホログラフィーの実験により,データ測定中の結晶のX線損傷が大きいことがわかったため,1もしくは2エネルギー毎に結晶を交換して,全エネルギーのデータ収集を行うことを試みた.イメージングプレートを用いて結晶のX線損傷を確認しながら,蛍光X線ホログラフィーの実験を行った.その結果,4つの結晶を用いることで,計8エネルギーで初期的なデータを収集し,3D原子像再生を行った.2) 昨年度は,Mg2+浸漬による酸化ヌクレオチド加水分解酵素の反応条件を検討することで,基質が加水分解される過程を観察できる反応条件を確定した.本年度は,異常分散効果を利用することで配位位置を正確に決定できるMn2+を用いて,結晶内反応を追跡した.その結果,基質と活性部位の間に配位する金属イオンや,その金属イオンに架橋する水分子の電子密度を確認し,現在さらに構造精密化を進めている.

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Structural and Kinetic Studies of the Human Nudix Hydrolase MTH1 Reveal the Mechanism for Its Broad Substrate Specificity.2017

    • 著者名/発表者名
      Waz S, Nakamura T, Hirata K, Koga-Ogawa Y, Chirifu M, Arimori T, Tamada T, Ikemizu S, Nakabeppu Y, Yamagata Y.
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 292 号: 7 ページ: 2785-2794

    • DOI

      10.1074/jbc.m116.749713

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Unique mechanism for broad substrate specificity of human MTH12016

    • 著者名/発表者名
      Waz S, Nakamura T, Hirata K, Chirifu M, Ikemizu S, Yamagata Y.
    • 学会等名
      第54回生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 低温トラップ法を用いた酸化ヌクレオチド加水分解酵素の時分割X線結晶構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      平田啓介,中村照也,池鯉鮒麻美,池水信二,山縣ゆり子
    • 学会等名
      第14回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム (PPF2016)
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2016-08-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Structural and kinetic analysis of the broad substrate specificity of human oxidative nucleotide hydrolase2016

    • 著者名/発表者名
      Waz S, Nakamura T, Hirata K, Chirifu M, Ikemizu S, Yamagata Y.
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 時分割X 線結晶構造解析による酸化ヌクレオチド加水分解酵素の反応機構の解明2016

    • 著者名/発表者名
      平田啓介、中村照也、吉川紘平、池鯉鮒麻美、池水信二、山縣ゆり子
    • 学会等名
      量子ビームサイエンスフェスタ 第7回 MLF シンポジウム/第 33 回 PF シンポジウム
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2016-03-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Structural study on human oxidative hydrolase using high-quality crystals2016

    • 著者名/発表者名
      Nakamura T
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium Space Science of High Quality Protein Crystallization Technology
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] High resolution X-ray diffraction study of an enzyme for oxidative nucleotide processing2015

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Hirata, Teruya Nakamura, Mami Chirifu, Shinji Ikemizu, Yuriko Yamagata
    • 学会等名
      The 53rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 金属イオンを介した 酸化ヌクレオチド加水分解酵素の反応機構2015

    • 著者名/発表者名
      中村照也,山縣ゆり子
    • 学会等名
      3D活性サイト科学 春の学校
    • 発表場所
      奈良
    • 年月日
      2015-05-30
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] Protein Modifications in Pathogenic Dysregulation of Signaling, Chapter 92015

    • 著者名/発表者名
      T. Nakamura, Y. Mukai, Y. Tsutsumi, Y. Yamagata
    • 総ページ数
      15
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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