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生命の誕生に必要となるアミノ酸情報量の実験による検証

公募研究

研究領域冥王代生命学の創成
研究課題/領域番号 15H01068
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関早稲田大学

研究代表者

赤沼 哲史  早稲田大学, 人間科学学術院, 准教授 (10321720)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円)
2016年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワード進化
研究実績の概要

前年度までに再構成した、触媒活性を保持した安定なアミノ酸組成単純化型改変体とは異なる13アミノ酸種から合成したNDK、12アミノ酸種から合成したいくつかのNDKを再構成した。新たに再構成した改変体のいくつかは、60~70℃まで安定であったが、触媒活性が検出できなかった。
次に、化学進化実験、隕石中のアミノ酸の分析から提案されてきた、初期地球環境に比較的豊富に存在したと推定されているアミノ酸と、活性と安定性を保持したNDKの合成に必要な少数アミノ酸種を比較した。その結果、活性を保持した2種類のアミノ酸組成単純化型NDKに共通して含まれる11アミノ酸種のうちの8種類が、非生物的に合成されやすいアミノ酸、または、隕石中から発見されたアミノ酸と一致した。
1アミノ酸種を完全に欠損させた、19アミノ酸種から構成されたTrpF改変体の遺伝子を用いてTrpF欠損大腸菌の栄養要求性の相補実験をおこなった。その結果、20種類のアミノ酸のうちのAla, Gly, Ile, Lys, Pro, Valのいずれかを欠損させると、TrpF欠損大腸菌のトリプトファン要求性を相補できず、活性を持ったTrpFを合成できないことが示された。この6アミノ酸種は、Lysを除いてMillerによる非生物的有機物合成実験で合成が確認され、さらに、隕石中からも発見されたアミノ酸と一致した。この結果も、初期地球に存在したと推定されるアミノ酸が、機能を持ったタンパク質の合成に重要であることを示した。また、今後の研究において、コンビナトリアル進化工学により、非生物的に合成されやすいか、あるいは、隕石中から見つかっている、原始地球環境に相対的に多く存在したと予想されるアミノ酸だけから活性を保持したTrpFを再構成するため、TrpFの発現に用いるベクターの選定、タグの選定とタグを付加する位置の検討をおこなった。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 5件、 招待講演 2件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] ゲノム配列の比較から明らかになった初期生命の好熱性2016

    • 著者名/発表者名
      赤沼哲史
    • 雑誌名

      地球化学

      巻: 50 号: 3 ページ: 199-210

    • DOI

      10.14934/chikyukagaku.50.199

    • NAID

      130005267127

    • ISSN
      0386-4073, 2188-5923
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 全生物の最後の共通祖先コモノート、全生物の最後の共通祖先コモノート2016

    • 著者名/発表者名
      赤沼哲史
    • 雑誌名

      細胞工学

      巻: 35 ページ: 124-128

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Robustness of predictions of extremely thermally stable proteins in ancient organisms2015

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S, Yokobori S, Nakajima Y, Bessho M, Yamagishi A
    • 雑誌名

      Evolution

      巻: 69 号: 11 ページ: 2954-2962

    • DOI

      10.1111/evo.12779

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Thermophilicity of early life inferred by the resurrection of ancient proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S
    • 学会等名
      Search for Life: From Early Earth to Exoplanets
    • 発表場所
      Quy Nhon, Vietnam
    • 年月日
      2016-12-11
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How many amino acid alphabets were used for primitive proteins?- Elucidation of the smallest amino acid sets for synthesis of stable and active proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Sasamoto T, Shimada M, Yamagishi A, Akanuma S
    • 学会等名
      Search for Life: From Early Earth to Exoplanets
    • 発表場所
      Quy Nhon, Vietnam
    • 年月日
      2016-12-11
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 祖先型ヌクレオシド二リン酸キナーゼを用いた初期タンパク質にあり得た少数アミノ酸組成の検証2016

    • 著者名/発表者名
      笹本峻弘、島田真実、山岸 明彦、赤沼 哲史
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Ancestral sequence reconstruction to learn about the environment of early life2016

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S
    • 学会等名
      Extremophiles2016
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2016-09-12
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Experimental evidence for thermophilic ancestral life2016

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S
    • 学会等名
      日本進化学会第18回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-08-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Experimental evidence for the existence of thermally stable proteins in early life2016

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S
    • 学会等名
      30th Annual Meeting of Protein Society
    • 発表場所
      Baltimore, MD
    • 年月日
      2016-07-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 安定で活性を持つタンパク質に必要な最少のアミノ酸種類の解明2016

    • 著者名/発表者名
      笹本峻弘、島田真実、山岸 明彦、赤沼 哲史
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 13アミノ酸種のみから構成された祖先型ヌクレオシド二リン酸キナーゼの解析2016

    • 著者名/発表者名
      笹本峻弘、島田真実、山岸明彦、赤沼哲史
    • 学会等名
      生命の起原および進化学会第41回学術講演会
    • 発表場所
      鳴門
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 現存生物の相同遺伝子の比較から古代タンパク質、生物、環境を探る2016

    • 著者名/発表者名
      赤沼哲史、横堀伸一、笹本峻弘、別所瑞萌、山岸明彦
    • 学会等名
      生命の起原および進化学会第41回学術講演会
    • 発表場所
      鳴門
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 宇宙におけるタンパク質を構成するアミノ酸の種類の可能性2015

    • 著者名/発表者名
      赤沼哲史
    • 学会等名
      BMB2015
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Reverification of the thermophilicity of ancient life2015

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S, Bessho M, Sasamoto T, Yokobori S, Yamagishi A
    • 学会等名
      第8回アストロバイオロジーワークショップ
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2015-11-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 18アミノ酸種でつくられたヌクレオシド二リン酸キナーゼの安定性と触媒活性2015

    • 著者名/発表者名
      赤沼哲史
    • 学会等名
      第67回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      鹿児島
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 始生代遺伝子の復元と解析による始生代生物と地球環境の推定2015

    • 著者名/発表者名
      赤沼哲史
    • 学会等名
      青山学院大学CATプロジェクトシンポジウム
    • 発表場所
      相模原
    • 年月日
      2015-09-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質に必要な最少アミノ酸レパートリーの実験的検証2015

    • 著者名/発表者名
      赤沼哲史
    • 学会等名
      第17回日本進化学会大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Essential and non-essential amino acid species for an ancestral protein2015

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S
    • 学会等名
      The 29th Annual Meeting of Protein Society
    • 発表場所
      バルセロナ
    • 年月日
      2015-07-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] A Strategy for designing thermostable enzymes by reconstructing ancestral sequences possessed by ancient life. In: Biotechnology of Extremophiles: Advances and Challenges2016

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S, Yamagishi A
    • 総ページ数
      16
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] Ancestral reconstruction of enzymes. In: Understanding enzymes; Function, Design, Engineering and Analysis2016

    • 著者名/発表者名
      Akanuma S, Yamagishi A
    • 総ページ数
      21
    • 出版者
      Pan Stanford
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] 人間の祖先は高温を好む? 共通祖先生物の性質の判明に前進

    • URL

      http://www.waseda.jp/top/news/39606

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

URL: 

公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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