| 研究領域 | 高精細アプローチで迫る転写サイクル機構の統一的理解 |
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| 研究課題/領域番号 |
15H01343
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 筑波大学 |
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研究代表者 |
村谷 匡史 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50730199)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
11,440千円 (直接経費: 8,800千円、間接経費: 2,640千円)
2016年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2015年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
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| キーワード | ゲノム / 遺伝子制御 / プロモーター / エピゲノム / 癌 / 発現制御 |
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| 研究実績の概要 |
先行研究では、胃癌の組織においてクリプティックプロモーター活性化が、ゲノム上のポリコーム複合体の結合標的で起こり、癌特異的な遺伝子産物を本来の発現組織とは異なる胃の癌組織で発現している現象が見られた。しかしながら、この研究では癌細胞以外の混在したバルク組織の解析であったため、結果の解釈が難しかった。本研究では肺癌組織をレーザーマイクロダイセクション法で精密に切り分けてChIPおよびRNAseq解析を行い、同様の現象が他の癌でも起こっているという仮説を検証するとともに、癌細胞そのものの解析を行った。その結果、肺癌の癌部分のプロファイルでもポリコーム複合体の標的が再活性化され、典型的な遺伝子構造とは異なる転写産物が発現していることが確認でき、本研究の大きな目標は、仮説を確認する形で達成できた。
転写サイクルプロファイリングではヒストン修飾以外のChIPseq標的の解析も計画していたが、RNAポリメラーゼを含む基本転写因子は手術検体では解析不能であったため、細胞株データとの比較を行い、通常の遺伝子発現と癌特異的に活性化された遺伝子の制御の違いを探索した。
昨年度末に新たに次世代シークエンサーが導入され、RNAseq、ChIPseqともにワークフローが大幅に改善し、組織検体のQCステップで解析不可と考えていた症例でもデータの取得が可能となり、レーザーマイクロダイセクションとバイオバンキング検体の解析がより安定して行えるようになった。また、これまで微量検体解析のワークフローで問題であったChIPseqの解像度の問題が解決できたことは、本研究以外にも波及する大きな技術的進歩となった。
胃癌で見つかったものとは異なる遺伝子群が肺癌では見いだされたため、機能解析と臨床情報の比較などを加えて論文化出来るよう解析を進めている。
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| 現在までの達成度 (段落) |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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