公募研究
新学術領域研究(研究領域提案型)
代表者は自ら開発してきたePICh法（配列特異的クロマチンプロテオミクス法）を用い、リボソームRNA遺伝子上での包括的なDNA-タンパク相互作用情報の抽出基盤を構築するために、ターミネーターとエンハンサーに対するePICh法（配列特異的クロマチンプロテオミクス法）ためのプローブを合成した。留学先で合成していた人工核酸LNAに代わり、異なる２つの人工核酸（ENAと2’-FluoroRNAオリゴ核酸）を東京工業大学清尾先生の協力の元、自ら合成した。それぞれの人工核酸が標的DNA配列をプルダウンし濃縮できるかを試験管内で調べたところ、ENAはLNAと同じように効率よく標的DNAを濃縮できたが、2’-Fluoro RNAはプルダウン効率が1/10程度であった。現在、両方の人工核酸とクロマチン抽出液を混ぜてエンハンサーとターミネーターのクロマチンの精製を試みている。プロジェクトの遅延に備えてバックアッププランとして用意した、プロモーター領域に結合しているクロマチン構成因子の中から、転写に関わる新規因子に着眼し、それらの機能解析（CIRH1AとTHUMPD1）を遂行した。CIRH1Aはプロモーター配列に対するePICh法を用いることで、転写阻害剤であるアクチノマイシンDを処理し、転写を阻害した時にのみ、プロモーターに結合する新規因子として同定した。アクチノマイシンD 処理後rDNA領域を安定に維持することに関与している。また、これまでプロモーター配列に結合する因子として同定したものの中で、siRNAを用いたスクリーニングによる網羅的にノックダウンすることで、転写活性に必要な新規因子としてTHUMPD1を見出した。内在性のTHUMPD1遺伝子のC末端にゲノム編集を用いGFPタグを挿入し、その局在を調べたところ、核全体に分布し、かつ核小体内により有意に蓄積していた。
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 図書 (1件) 備考 (1件)
Journal of the American Chemical Society
巻: 138 号: 42 ページ: 14100-14107
10.1021/jacs.6b09023
120006462489
Scientific Reports
巻: 6 号: 1 ページ: 29261-29261
10.1038/srep29261
120005774690
Current Opinion in Genetics and Development
巻: 37 ページ: 36-45
10.1016/j.gde.2015.11.006
120005822509
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/01/research-highlights_ja/20160128.html
