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立体構造から理解するRNAタクソノミ

公募研究

研究領域ノンコーディングRNAネオタクソノミ
研究課題/領域番号 15H01463
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

西増 弘志  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (00467044)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2016年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2015年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワード結晶構造
研究実績の概要

II型CRISPR-Cas系にかかわるRNA依存性エンドヌクレアーゼCas9は、ガイドRNA(crRNAとtracrRNA)と複合体を形成し標的二本鎖DNAを切断する。近年、Cas9を利用した新規技術が開発され幅広い研究分野において利用されている。本研究では、最小のCas9のひとつであるCampylobacter jejuni由来Cas9(CjCas9)の結晶構造をガイドRNAおよび標的DNAとの複合体として決定した。結晶構造から、CjCas9のガイドRNAは三重らせんを含む予想外の構造をもつことが明らかになった。さらに、既知のCas9は非相補鎖の塩基をPAMとして認識するのに対し、CjCas9は相補鎖および非相補鎖の両方の塩基と相互作用することによりNNNVRYM配列をPAMとして認識していた。今回の結果は、CRISPR-Cas9の多様性を明らかにするとともに新たなゲノム編集ツールの開発基盤となることが期待される。V型CRISPR-Cas系にかかわるRNA依存性DNAエンドヌクレアーゼCpf1(Cas12a)が発見され、新たなゲノム編集ツールとして注目されている。Cpf1はCas9と異なり、TリッチなPAMを認識し、標的となる二本鎖DNAを切断し突出末端を形成する。本研究では、Cpf1の作動機構の解明をめざし、Cpf1-crRNA-標的二本鎖DNA複合体の結晶構造を決定した。結晶構造から、Cpf1は2つのローブからなる新規の構造をもつことが明らかになった。crRNAはステムループ構造をもつことが予想されていたが、シュードノット構造をもち、Cpf1によって認識されていた。さらに、連続したT塩基を含むPAM二本鎖は配列・構造特異的に認識されていた。さらに、Cpf1とCas9の構造比較から、これら2つのCRISPR-Casヌクレアーゼにおける共通性および多様性が明らかになった。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 6件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 6件、 謝辞記載あり 6件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Broad Institute/NIH(米国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] Broad Institute of MIT and Harvard(米国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Structure of Cpf1 in Complex with Guide RNA and Target DNA2016

    • 著者名/発表者名
      Yamano T, Nishimasu H, Zetsche B, Hirano H, Slaymaker IM, Li Y, Fedorova I, Nakane T, Makarova KS, Koonin EV, Ishitani R, Zhang F, Nureki O
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 165 号: 4 ページ: 946-962

    • DOI

      10.1016/j.cell.2016.04.003

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of silkworm PIWI-clade Argonaute Siwi bound to piRNA2016

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto N, Nishimasu H, Sakakibara K, Nishida KM, Hirano T, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC, Nureki O
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 167 号: 2 ページ: 484-497

    • DOI

      10.1016/j.cell.2016.09.002

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of the Minimal Cas9 from Campylobacter jejuni Reveals the Molecular Diversity in the CRISPR-Cas9 Systems2016

    • 著者名/発表者名
      Yamada M, Watanabe Y, Gootenberg JS, Hirano H, Ran FA, Nakane T, Ishitani R, Zhang F, Nishimasu H, Nureki O
    • 雑誌名

      Mol Cell

      巻: 65 号: 6 ページ: 1109-1121

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2017.02.007

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structure and Engineering of Francisella novicida Cas92016

    • 著者名/発表者名
      Hisato Hirano, Jonathan S. Gootenberg, Takuro Horii, Omar O. Abudayyeh, Mika Kimura, Takanori Nakane, Ryuichiro Ishitani, Izuho Hatada, Feng Zhang, Hiroshi Nishimasu, Osamu Nureki
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 164 号: 5 ページ: 950-961

    • DOI

      10.1016/j.cell.2016.01.039

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structural Basis for the Altered PAM Specificities of Engineered CRISPR-Cas92016

    • 著者名/発表者名
      Seiichi Hirano, Hiroshi Nishimasu, Ryuichiro Ishitani, Osamu Nureki
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 61 号: 6 ページ: 886-894

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2016.02.018

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of Staphylococcus aureus Cas92015

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Nishimasu, Le Cong, Winston X. Yan, F. Ann Ran, Bernd Zetsche, Yinqing Li, Arisa Kurabayashi, Ryuichiro Ishitani, Feng Zhang, Osamu Nureki
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 162 号: 5 ページ: 1113-1126

    • DOI

      10.1016/j.cell.2015.08.007

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] CRISPR-Cas9の機能と構造2016

    • 著者名/発表者名
      西増弘志
    • 学会等名
      第17回極限環境生物学会
    • 発表場所
      東京工業大学すずかけ台キャンパス(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] CRISPR-Cas9およびCRIPSR-Cpf1の結晶構造2016

    • 著者名/発表者名
      西増弘志、山野 峻、平野央人、石谷隆一郎、濡木理
    • 学会等名
      第89回日本生化学会大会
    • 発表場所
      仙台国際センター(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Crystal structure of silkworm PIWI, Siwi, in complex with piRNA2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Nishimasu, Naoki Matsumoto, Kazuhiro Sakakibara, Kazumichi Nishida, Ryuichiro Ishitani, Haruhiko Siomi, Mikiko C. Siomi, Osamu Nureki
    • 学会等名
      RNA2016
    • 発表場所
      京都国際会館(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 小型CRISPR-Cas9の結晶構造2015

    • 著者名/発表者名
      西増弘志、石谷隆一郎、濡木 理
    • 学会等名
      BMB2015
    • 発表場所
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-03
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] CRISPR-Cas9の結晶構造2015

    • 著者名/発表者名
      西増弘志
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] ゲノム編集のための「小さなはさみ」のかたち

    • URL

      http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2015/36.html

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] ゲノム編集のための新たな「はさみ」-立体構造にもとづくCRISPR-Cas9の改変-

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/4599/

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2022-01-28  

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