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エンハンサーRNAの体系的分類と作動原理に関する統合的研究

公募研究

研究領域ノンコーディングRNAネオタクソノミ
研究課題/領域番号 15H01478
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関株式会社国際電気通信基礎技術研究所

研究代表者

河岡 慎平  株式会社国際電気通信基礎技術研究所, 佐藤匠徳特別研究所, 主任研究員 (70740009)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円)
2016年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2015年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
キーワードエンハンサーRNA / エンハンサー / 遺伝子発現制御 / 細胞死 / 免疫細胞
研究実績の概要

エンハンサーは、標的である遺伝子がいつ・どこで・どのくらい発現するかを決める重要な非コードゲノム領域である。エンハンサーRNAはエンハンサーから発現する非コードRNAである。エンハンサーRNAの機能的重要性に関しては、分野内でも意見が分かれており、エンハンサー機能に必須である、という説から、エンハンサーとプロモーターが相互作用する際に転写される副産物にすぎない、という説まで、様々である。本研究では、急性リンパ性白血病の細胞株ならびにマウスを用いて、1.エンハンサーRNAの大規模配列決定ならびにバイオインフォマティクス解析と、2.エンハンサー領域全体ならびにエンハンサーRNA該当領域のノックアウト作成に基づくエンハンサーゲノム領域の機能評価を行った。

1.では、急性リンパ性白血病細胞を薬剤処理した際に観察されるゲノムワイドな遺伝子発現変化と、エンハンサーRNAの発現量変動に相関があるかどうかを調べた。その結果、エンハンサーによっては、エンハンサーRNAと標的遺伝子発現の間に正の相関が認められたが、ゲノムワイドに見ると相関の度合いは弱いことが判明した。

2.では、モデルとして取り扱った細胞死を制御する遺伝子のエンハンサーに関して、重点的なノックアウト解析を行った。エンハンサー領域全体をノックアウトすると当該細胞死遺伝子の発現制御に異常をきたすことから、エンハンサー領域全体の重要性は担保された。しかしながら、エンハンサーRNAの個別のノックアウトでは、顕著な表現型は観察されなかった。本研究は、エンハンサーRNAの機能的重要性に重要な示唆を与えるものである。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて 2016

すべて 図書 (2件)

  • [図書] ノンコーディングRNA2016

    • 著者名/発表者名
      荒井未来、河岡慎平
    • 出版者
      株式会社化学同人
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] 非コードRNA "エンハンサーとエンハンサーRNA"2016

    • 著者名/発表者名
      荒井未来、河岡慎平
    • 出版者
      東京化学同人
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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