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1分子計測によるSecMの翻訳アレスト機構の解明

公募研究

研究領域新生鎖の生物学
研究課題/領域番号 15H01527
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

船津 高志  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (00190124)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
2016年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2015年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
キーワード1分子計測(SMD) / ナノバイオ / 光ピンセット / 蛋白質 / 1分子計測(SMD)
研究実績の概要

(1) 翻訳アレストにおけるリボソーム外の新生SecM鎖の役割の解明
新生ポリペプチド鎖のリボソーム外領域が翻訳アレストの安定性を変化させることを明らかにした。特に天然のSecMのN末端側配列は、翻訳アレストの安定化に有利であることが分かった。翻訳アレストの安定化機構について詳細に調べるため、新生ポリペプチド鎖のリボソーム外領域に部分欠損や変異を入れた。その結果、57-98残基の領域が必要であることが分かった。この領域のアラニンスキャニング解析を行った結果、疎水性残基のTrp91, Ile90, Phe95、およびαへリックス上で正電荷のクラスターを形成すると予測されるHis84, Arg87, Arg91が翻訳アレストの安定化に寄与していることが分かった。
(2) 翻訳アレスト解除の1分子力学測定
翻訳アレストを起こしてmRNA上に停滞したリボソームに、人工的に負荷を加えて翻訳アレストを解除し、その後の翻訳をリアルタイムで観察した。まず、無細胞翻訳系によりSecM翻訳アレスト複合体(新生ポリペプチド鎖-リボソーム-mRNA)を調製し、新生ポリペプチド鎖とmRNAをそれぞれビーズに結合させ、光ピンセットを用いて両端に負荷を加えた。負荷を加えながら、ビーズの中心間距離の時間変化を測定することで、翻訳アレストの解除および翻訳再開後の翻訳速度を実時間測定した。その結果、数pN程度の負荷を継続的に印加することで、翻訳アレストが解除され、10 codon/min程度の速さで翻訳が起こることを示唆するデータを得た。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Live-cell single-molecule imaging of the cytokine receptor MPL for analysis of dynamic dimerization2016

    • 著者名/発表者名
      *Sakamoto A, Tsukamoto T, Furutani Y, Sudo Y, Shimada K, Tomita A, Kiyoi H, Kato T, Funatsu T.
    • 雑誌名

      J. Mol. Cell Biol.

      巻: 8 号: 6 ページ: 553-555

    • DOI

      10.1093/jmcb/mjw027

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chaperonin GroEL uses asymmetric and symmetric reaction cycles in response to the concentration of non-native substrate proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Ryo Iizuka, Takashi Funatsu
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 63-69

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_63

    • NAID

      130005148429

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Culture-independent method for identification of microbial enzyme-encoding genes by activity-based single-cell sequencing using a water-in-oil microdroplet platform2016

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Nakamura, Ryo Iizuka, Shinro Nishi, Takao Yoshida, Yuji Hatada, Yoshihiro Takaki, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Shuichi Shoji and Takashi Funatsu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 22259-22259

    • DOI

      10.1038/srep22259

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Photo-control of the ribosome movement along mRNA using a reversible phot-cross-linking probe2016

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Yamashiro, Ryo Iizuka, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場、つくば市、茨城県
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 1分子力学測定によるSecM 翻訳アレスト解除機構の解析2016

    • 著者名/発表者名
      楊倬皓、飯塚怜、船津高志
    • 学会等名
      第4回Ribosome Meeting
    • 発表場所
      大阪医科大学、高槻市、大阪府
    • 年月日
      2016-09-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Releasing SecM translation arrest and observing resumed translation using optical tweezers2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Funatsu
    • 学会等名
      Nascent Chain Biology Meeting 2016
    • 発表場所
      Fuji Lake Hotel, Yamanashi, Japan
    • 年月日
      2016-09-01
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The nascent SecM chain outside the ribosome stabilizes the translation arrest2016

    • 著者名/発表者名
      Zhuohao Yang, Yuanfang Guo, Ryo Iizuka, and Takashi Funatsu
    • 学会等名
      Nascent Chain Biology Meeting 2016
    • 発表場所
      Fuji Lake Hotel, Yamanashi, Japan
    • 年月日
      2016-09-01
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Photo-control of the ribosome movement along mRNA using reversible photo-cross-linking2016

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Yamashiro, Ryo Iizuka, and Takashi Funatsu
    • 学会等名
      Nascent Chain Biology Meeting 2016
    • 発表場所
      Fuji Lake Hotel, Yamanashi, Japan
    • 年月日
      2016-09-01
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 3つの生命現象を見えるようにする挑戦:細胞温度、アクチン重合、ストレス顆粒2016

    • 著者名/発表者名
      船津高志
    • 学会等名
      レーザ顕微鏡研究会 第42回講演会(SLM-42)
    • 発表場所
      理化学研究所和光キャンパス、和光市、埼玉県
    • 年月日
      2016-07-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule fluorescence imaging by zero-mode waveguides2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Funatsu
    • 学会等名
      Energy, Material & Nanotechnology Meeting On Light Matter Interactions
    • 発表場所
      Peninsula Excelsior Hotel, Singapore
    • 年月日
      2016-05-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] SecMによる翻訳停止の分子メカニズム2015

    • 著者名/発表者名
      楊倬皓、飯塚怜、郭遠芳、山城竣介、船津高志
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県・神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Culture-independent methods for screening and identifying microbial enzyme-encoding genes using microdroplet-based single cell genomics2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Nakamura, Ryo Iizuka, Takao Yoshida, Yuji Hatada, Yoshihiro Takaki, Shinro Nishi, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Shuichi Shoji, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      The 19th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences
    • 発表場所
      Gyeongju (Republic of Korea)
    • 年月日
      2015-10-25
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Culture-independent method for identifying microbial enzyme-encoding genes based on activity-driven single cell genomics2015

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Nakamura, Ryo Iizuka, Takao Yoshida, Yuji Hatada, Yoshihiro Takaki, Shinro Nishi, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Shuichi Shoji, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学 角間キャンパス(石川県・金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Study on the molecular mechanism of translation arrest by SecM2015

    • 著者名/発表者名
      Zhuohao Yang, Ryo Iizuka, Yuanfang Guo, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学 角間キャンパス(石川県・金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The stability of the translation arrest of SecM internal deletion mutants2015

    • 著者名/発表者名
      Yuanfang Guo, Zhuohao Yang, Ryo Iizuka, Takashi Funatsu
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学 角間キャンパス(石川県・金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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