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新生鎖研究のためのリボソームin vitro人為選択技術の開発

公募研究

研究領域新生鎖の生物学
研究課題/領域番号 15H01534
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大阪大学

研究代表者

市橋 伯一  大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (20448096)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2016年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードrRNA / 人為進化 / 再構成 / リボソーム / リポソーム / セルソータ / リボソーム再構成 / iSAT / セルソーター
研究実績の概要

本研究ではin vitro再構成技術を用いてribosomal RNAを人為進化させる方法の開発を目的とした。16S rRNAからの試験管内30S ribosomal subunit再構成と再構成翻訳システム、リポソーム、セルソーターを組み合わせることにより、再構成後により高い翻訳活性を持つ16S rRNAを選択することができた。選択実験を約10ラウンド繰り返した結果、翻訳活性の高い変異体を複数得ることに成功した。配列解析の結果、複数の固定変異が見つかった。そのうち1つの点変異は、それだけで翻訳活性を数倍上昇させることを見出した。この変異はこれまでの研究では、致死変異として同定されていた。自ら調べたところ、確かにこの変異を持つ16S rRNA遺伝子のみを持つ大腸菌は生育できなかった。この結果は、大腸菌内で致死の変異であっても、再構成系では高い活性を持つことを示している。さらにこの変異の影響を調べたところ、この変異によって30S ribosomal subunitの再構成頻度は大きくは変わっていないことが明らかになった。これに対し30S ribosomal subunitあたりの翻訳活性が上昇していることを見出した。本研究により16S rRNAを完全に試験管内で人為進化させる技術の開発に成功した。
さらに50S subunitについても同様な人為進化系を構築するために、Geobacillus stearothermophylusと大腸菌のキメラリボソームが翻訳活性を持つことも明らかにした。G. stearohermophylusの50S subunitは大腸菌とは異なり試験管内で再構成に成功していることから、この知見により50S subunitについても人為進化への道が開けたと考える。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] A transcription and translation-coupled DNA replication system using rolling-circle replication2015

    • 著者名/発表者名
      Sakatani, Y., Ichihashi, N., Kazuta, Y., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a reporter peptide that catalytically produces a fluorescent signal through -complementation.2015

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama, K., Ichihashi, N., Kazuta, Y., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 24 ページ: 599-603

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activities of 20 aminoacyl-tRNA synthetases expressed in a reconstituted translation system in Escherichia coli2015

    • 著者名/発表者名
      Awai, T., Ichihashi, N., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Biochemistry and Biophysics Reports

      巻: 3 ページ: 140-143

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Periodic Pattern of Genetic and Fitness Diversity during Evolution of an Artificial Cell-Like System2015

    • 著者名/発表者名
      Ichihashi, N., Aita, T., Motooka, D., Nakamura, S., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 32 ページ: 3205-3214

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Replication of partial double-stranded RNAs by Qbeta replicase2015

    • 著者名/発表者名
      Tomita, K., Ichihashi, N., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 467 ページ: 293-296

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A design principle for a single-stranded RNA genome that replicates with less double-strand formation2015

    • 著者名/発表者名
      Usui, K., Ichihashi, N., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 43 ページ: 8033-8043

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Maintenance of a translation-coupled RNA replication in dynamic micro-sized compartments under continuous stirring and flow2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyama, T., Motohashi, C., Ichihashi, N., Ichii, T., Yomo, T
    • 雑誌名

      Chemical Engineering Journal

      巻: 283 ページ: 896-902

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Synthesizing an evolvable replication system from bacterial components2016

    • 著者名/発表者名
      Ichihashi N
    • 学会等名
      Synthetic biology workshop
    • 発表場所
      奈良先端科学技術大学院大学(奈良県・生駒市)
    • 年月日
      2016-03-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 人工RNA複製システムの構築と寄生体との共進化2015

    • 著者名/発表者名
      市橋伯一
    • 学会等名
      進化学会年会
    • 発表場所
      中央大学(東京都・文京区)
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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