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蛋白質の構造変化を自在に操作する技術の創出‐トランスポーターへの応用‐

公募研究

研究領域動的構造生命科学を拓く新発想測定技術-タンパク質が動作する姿を活写する-
研究課題/領域番号 15H01625
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関東北大学

研究代表者

鎌形 清人  東北大学, 多元物質科学研究所, 助教 (90432492)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2016年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2015年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワード一分子計測 / 蛋白質 / 操作 / 1分子計測(SMD)
研究実績の概要

蛋白質の折り畳みや機能を調べる方法の一つとして、蛋白質の構造が動く様子を単分子レベルで可視化する方法が提案されてきた。しかし、従来の単分子蛍光装置には、観測時間や色素間距離などに制限があるため、生物学上の重要な蛋白質への応用は限定されている。本研究では、ターゲットとなる蛋白質に従来法で用いる蛍光色素の代わりに金ナノ粒子を使用し、金ナノ粒子-蛋白質複合体を作成し、計測を行った。具体的には、金ナノ粒子のプラズモン散乱”を利用した、空間分解能1-20ナノメートルの蛋白質ダイナミクス計測法の開発を行った。まず、白色光源による全反射照明の光学系と高感度カラーカメラを組み合わせ、全反射暗視野顕微鏡を作成した。次に、開発した全反射暗視野顕微鏡の性能を調べるため、金ナノ粒子を修飾したポリプロリンやDNA(生体分子のモデル)を作成した。さらに、金ナノ粒子-ポリプロリン複合体や金ナノ粒子‐DNA複合体からのプラズモン散乱を計測したところ、予測通りに、ポリプロリンやDNAの長さに依存して緑色と赤色の散乱強度の比が変化した。以上より、開発した全反射暗視野顕微鏡は蛋白質などの生体分子の構造や構造変化を計測できることが分かった。将来的に、本研究で開発した技術を応用して、金ナノ粒子間に生じる力(引力、斥力、回転力)を操作し、蛋白質の構造揺らぎを制御する方法の開発が期待され、構造揺らぎと機能に関わる構造変化の関連性の解明につながると考えられる。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 謝辞記載あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (29件) (うち招待講演 10件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] Finding the target: Characterization of the facilitated diffusion of transcriptional factor p53 along DNA using ensemble kinetic and single-molecule fluorescence measurements2017

    • 著者名/発表者名
      Kamagata K., Murata A., Itoh Y., Takahashi S.
    • 雑誌名

      J. Photochem. Photobiol., C: Photochem. Reviews

      巻: 30 ページ: 36-50

    • DOI

      10.1016/j.jphotochemrev.2017.01.004

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DNA garden: A simple method for producing arrays of stretchable DNA for single-molecule fluorescence imaging of DNA binding proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Igarashi C., Murata A., Itoh Y., Subekti D. R. G., Takahashi S., Kamagata K.
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jpn.

      巻: 90 号: 1 ページ: 34-43

    • DOI

      10.1246/bcsj.20160298

    • NAID

      130005289868

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Activation of p53 facilitates the target search in DNA by enhancing the target recognition probability2016

    • 著者名/発表者名
      Itoh Y., Murata A., Sakamoto S., Nanatani K., Wada T., Takahashi S., Kamagata K.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 428 号: 14 ページ: 2916-2930

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2016.06.001

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DNA結合蛋白質p53のスライディング探索の単分子蛍光観察2016

    • 著者名/発表者名
      村田崇人、伊藤優志、鎌形清人
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 56 号: 2 ページ: 109-111

    • DOI

      10.2142/biophys.56.109

    • NAID

      130005140949

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] One-dimensional sliding of p53 along DNA is accelerated in the presence of Ca(2+) or Mg(2+) at millimolar concentrations2015

    • 著者名/発表者名
      Murata A, Ito Y, Kashima R, Kanbayashi S, Nanatani K, Igarashi C, Okumura M, Inaba K, Tokino T, Takahashi S, Kamagata K
    • 雑誌名

      JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY

      巻: 427 号: 16 ページ: 2663-2678

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2015.06.016

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Complexity of the folding transition of the B domain of protein A revealed by the high-speed tracking of single-molecule fluorescence time series2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Oikawa, Kiyoto Kamagata, Munehito Arai, Satoshi Takahashi
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 119 号: 20 ページ: 6081-6091

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b00414

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Where the complex things are: single molecule andensemble spectroscopic investigations of protein folding dynamics2015

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Tkahahshi, Kiyoto Kamagata, Hiroyuki Oikawa
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 36 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2015.11.006

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 実験と計算によるp53の標的DNA配列探索機能2017

    • 著者名/発表者名
      北尾彰朗、鎌形清人、高橋聡
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会
    • 発表場所
      慶応大学(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ultrafast intersegmental transfer of a tumor suppressor p53 investigated by ensemble and single-molecule measurements2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第16回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-12-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] がん抑制蛋白質の単分子機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人、村田崇人、伊藤優志、高橋聡
    • 学会等名
      ダイナミックアライアンスG3分会
    • 発表場所
      北海道大学(北海道札幌市)
    • 年月日
      2016-12-01
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule characterization of DNA-binding proteins with stretchable DNA array2016

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ultrafast intersegmental transfer of a tumor suppressor p53 investigated by ensemble and single-molecule measurements2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Elongation of Intrinsically Disordered Linker in p53 and the Effects on DNA Binding and Sliding Ability2016

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata,Yuji Itoh, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Target search dynamics of tumor suppressor p53 revealed by ensemble kinetic and single-molecule fluorescence measurements2016

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata, Agato Murata and Yuji Itoh
    • 学会等名
      The 10th 3R Symposium
    • 発表場所
      ホテル一畑(島根県松江市)
    • 年月日
      2016-11-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule investigation of DNA-binding proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      平成28年度化学系学協会東北大会
    • 発表場所
      いわき明星大学(福島県いわき市)
    • 年月日
      2016-09-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Investigation of Intersegmental Transfer in the Target Search of a Tumor Suppressor Protein p532016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      Tohoku University’s Chemistry Summer School 2016
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-08-18
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Activation of a transcription factor p53 by the regulation of the target recognition probability2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Seiji Sakamoto, Kei Nanatani, Takehiko Wada, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      新学術領域「柔らかな分子系」第5回全体合宿会議
    • 発表場所
      ホテルベルナティオ(新潟県十日町市)
    • 年月日
      2016-05-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 一分子蛍光顕微鏡によるp53の標的DNA認識の直接観察2016

    • 著者名/発表者名
      伊藤優志、村田崇人、坂本清志、七谷圭、和田健彦、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      第4回天然変性タンパク質計算化学研究会
    • 発表場所
      御殿場高原時之栖(静岡県御殿場市)
    • 年月日
      2016-01-07
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] DNA整列固定法の開発とDNA結合蛋白質の単分子蛍光観察2016

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      生物物理学会東北支部会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Elongation of Intrinsically Disordered Linker in p53 and the Effects on DNA Binding and Sliding Ability2016

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata,Yuji Itoh, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      生物物理学会東北支部会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 単分子蛍光顕微鏡を用いたDNA結合蛋白質p53の機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      Ambitious物質科学セミナー
    • 発表場所
      北海道大学(北海道札幌市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA結合蛋白質の機能解析のためのDNA整列固定法「DNAガーデン」の開発2015

    • 著者名/発表者名
      五十嵐千裕、村田崇人、伊藤優志、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      アライアンス若手交流会
    • 発表場所
      九州大学(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2015-11-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA結合蛋白質の機能解析のためのDNA整列固定法「DNAガーデン」の開発2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      2015アライアンスG3分科会
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府大阪市)
    • 年月日
      2015-11-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 一分子蛍光観測法によるがん抑制蛋白質p53のスライディング運動の解明2015

    • 著者名/発表者名
      村田崇人、伊藤優志、五十嵐千裕、Dwiky Subekti Rendra Graha、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] DNA結合蛋白質の単分子蛍光観察のためのDNA整列技術の開発2015

    • 著者名/発表者名
      五十嵐千裕、村田崇人、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Observation of the Search Dynamics of p53 Mutants for the Target DNA Sequence by Single-molecule Fluorescence Microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Itoh, Agato Murata, Seiji Sakamoto, Kei Nanatani, Takehiko Wada, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Target search process of a tumor suppressor p53 revealed by single-molecule fluorescence microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Observation of the Search Dynamics of p53 Mutants for the Target DNA Sequence by Single-molecule Fluorescence Microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Seiji Sakamoto, Kei Nanatani, Takehiko Wada, Satoshi Takahasi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      Tohoku University’s Chemistry Summer School 2015
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2015-08-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Investigation of the Roles of the Intrinsically Disordered Region of a Tumor Suppressor p53 in the DNA Binding2015

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata, Chihiro Igarashi, Yuji Ito, Satoshi Takahashi and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      Tohoku University's Chemistry Summer School 2015
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2015-08-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Target DNA search of a tumor suppressor p53 revealed by single-molecule fluorescence microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Agato Murata, Yuji Itoh, Chihiro Igarasi, Satoshi Takahashi and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      KAKENHI International Symposium on “Studying the Function of Soft Molecular Systems”
    • 発表場所
      科学未来館(東京都港区)
    • 年月日
      2015-07-09
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 一分子蛍光観測法によるがん抑制蛋白質p53のスライディング運動の解明2015

    • 著者名/発表者名
      村田崇人・伊藤優志・五十嵐千裕・高橋聡・鎌形清人
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 一分子蛍光顕微鏡によるp53変異体の標的配列探索ダイナミクスの観察2015

    • 著者名/発表者名
      伊藤優志・村田崇人・坂本清志・七谷圭・和田健彦・高橋聡・鎌形清人
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Investigation of the Role of Intrinsically Disordered Region in p53 Using Single Molecule Fluorescence Microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata, Chihiro Igarashi, Yuji Ito, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] がん抑制蛋白質p53の標的DNA配列探索運動の単分子蛍光観測2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      第3回生体分子サイエンスセミナー
    • 発表場所
      東京工業大学(神奈川県横浜市)
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単分子蛍光顕微鏡によるがん抑制蛋白質p53の標的DNA探索過程の観察2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      金沢大学理工研究域&バイオAFM先端研究センター・セミナー
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] がん抑制蛋白質p53の標的DNA配列探索運動の単分子蛍光観測2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      応用微生物学セミナー
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会・シンポジウム開催] The challenge of experimentalists and theorists for the protein and nucleic acid system2015

    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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