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複製開始蛋白質 DnaAに対する制御系の自律的連動システムの創生と動態原理の解析

公募研究

研究領域生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現
研究課題/領域番号 16H00775
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関九州大学

研究代表者

片山 勉  九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2017年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2016年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード蛋白質 / 細菌 / 遺伝子 / 生体分子 / バイオテクノロジー / DnaA / 染色体DNA複製 / in vitro再構成系 / 生命分子
研究実績の概要

大腸菌染色体の複製開始因子DnaA蛋白質の機能制御には複数の高次複合体が連係し秩序だって機能する。活性型のATP-DnaAを不活性型のADP-DnaAに変換する系(DnaA-ATP加水分解反応系)にはDDAH系およびRIDA系とがある。ADP-DnaAをATP-DnaAに変換する系(DnaA結合ヌクレオチド交換反応系)には、DARS1系およびDARS2系とがある。DDAH系とDARS1(2)系では、染色体上の特異的な非コードDNA領域上でのDnaA蛋白質の高次複合体形成が必要とされる。RIDA系ではDNA上でのDNAポリメラーゼ・クランプサブユニットとDnaA蛋白質との動的複合体の形成が必要とされる。本研究ではこれらのin vitro再構成系が連動して自律的に機能する、新たな動的秩序系を構築し、その分子動態を解析することを目的とした。
昨年度は、DARS1(2)系―DDAH系連動システムについて、基本的に開発に成功した。本年度は、まずこの成果に基づき、さらなる最適化を試みた。その結果、ADP-DnaAから出発して1周回したDnaAサイクルがさらに半周回進む再構成系が基本的に構築できた。これ以上のDnaAサイクルの進行のためには未知の制御因子が必要とされるのかもしれない。
さらに本年度は、DARS1(2)系―RIDA系連動システムについても開発を試みた。その結果、基本的にはDnaAサイクルが1周回する再構成系が構築できた。さらに最適化の検討を進める必要性はある。
加えて昨年度と同様に、DnaA蛋白質が構築する動的な高次複合体の分子機構を解明するため、複製起点や、DDAH系、あるいは、DARS1(2)系で必要な非コードDNA領域上で形成されるDnaA蛋白質複合体についても詳細な解析を進めた。それらの成果を学会で発表したほか、複製起点での分子機構については論文発表した。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (48件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (35件) (うち国際学会 7件、 招待講演 6件) 図書 (2件) 備考 (6件)

  • [雑誌論文] Regulatory dynamics in the ternary DnaA complex for initiation of chromosomal replication in Escherichia coli2017

    • 著者名/発表者名
      Sakiyama Yukari、Kasho Kazutoshi、Noguchi Yasunori、Kawakami Hironori、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 45 号: 21 ページ: 12354-12373

    • DOI

      10.1093/nar/gkx914

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The DnaA Cycle in Escherichia coli: Activation, Function and Inactivation of the Initiator Protein2017

    • 著者名/発表者名
      Katayama Tsutomu、Kasho Kazutoshi、Kawakami Hironori
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 8 ページ: 2496-2496

    • DOI

      10.3389/fmicb.2017.02496

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cooperative DnaA binding to the negatively supercoiled datA locus stimulates DnaA-ATP hydrolysis2017

    • 著者名/発表者名
      Kazutoshi Kasho, Hiroyuki Tanaka, Ryuji Sakai, Tsutomu Katayama
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 292 号: 4 ページ: 1251-1266

    • DOI

      10.1074/jbc.m116.762815

    • NAID

      120005971209

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Near-atomic structural model for bacterial DNA replication initiation complex and its functional insights2016

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Shimizu, Yasunori Noguchi, Yukari Sakiyama, Hironori Kawakami, Tsutomu Katayama, and Shoji Takada
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences USA

      巻: 113 号: 50

    • DOI

      10.1073/pnas.1609649113

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Chromosomal location of the DnaA-reactivating sequence DARS2 is important to regulate timely initiation of DNA replication in Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Yukie Inoue, Hiroyuki Tanaka, Kazutoshi Kasho, Kazuyuki Fujimitsu, Taku Oshima, Tsutomu Katayama
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 21 号: 9 ページ: 1015-1023

    • DOI

      10.1111/gtc.12395

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始に対する新たな制御システム:DnaBヘリカーゼ装着を標的とする新規因子2018

    • 著者名/発表者名
      野口泰徳, 片山 勉
    • 学会等名
      第12回ゲノム微生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始を制御する非コードDNA因子DARS2を不活性化する因子の探索2018

    • 著者名/発表者名
      三善賢弥, 加生和寿,, 尾崎省吾, 片山 勉
    • 学会等名
      第12回ゲノム微生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製起点におけるDnaAタンパク質の集合機構、DNA開裂構造体の形成機構、および、複製ヘリカーゼの導入機構2018

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      2017年度国立遺伝学研究所研究会 「単細胞システム細胞内装置の構造と機能」
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始複合体の分子構築と機能メカニズム2017

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      2016年度 国立遺伝学研究所研究会「単細胞システム細胞装置のダイナミズム」
    • 発表場所
      国立遺伝学研究所(静岡県三島市)
    • 年月日
      2017-03-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始複合体の全体構造とその機能的意義2017

    • 著者名/発表者名
      片山 勉, 清水 将裕, 野口 泰徳, 﨑山 友香里, 川上 広宣, 加生 和寿, 高田 彰二
    • 学会等名
      第11回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      慶応大学湘南藤沢キャンパス(神奈川県藤沢市)
    • 年月日
      2017-03-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Toward Development of Integrated Regulatory Systems for The Replication Initiator Protein2017

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Function
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス (東京都目黒区)
    • 年月日
      2017-01-21
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mechanistic analysis of DARS-DnaA complex formation2017

    • 著者名/発表者名
      杉山 諒, 加生 和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      KAIST-Kyushu University Joint Seminar
    • 発表場所
      休暇村志賀島(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2017-01-20
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Transcriptional-dependent regulation of DnaA binding locus datA2017

    • 著者名/発表者名
      酒井 隆至, 加生 和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      KAIST-Kyushu University Joint Seminar
    • 発表場所
      休暇村志賀島(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2017-01-20
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DnaA 活性化領域DARS2 (DnaA-reactivating sequence 2) の染色体上の位置は複製開始タイミング制御のため重要である2017

    • 著者名/発表者名
      井上祐希江, 加生和寿, 田中宏幸, 藤光和之, 大島 拓, 片山 勉
    • 学会等名
      平成29年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 複製開始蛋白質DnaAに対する制御系の自律的連動システムの創生と動態原理の解析2017

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      新学術領域研究「生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現」2017全体班会議
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌での複製開始タイミングを決定する核様体因子 IHFとDNA因子との適時的結合の制御機構2017

    • 著者名/発表者名
      加生和寿, 大島 拓, 片山 勉
    • 学会等名
      第14回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体における核様体形成因子による複製開始制御への役割の検討2017

    • 著者名/発表者名
      井上祐希江, 加生和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第89回大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 複製開始蛋白質DnaAを不活化するDNA因子datAの制御における転写の重要性2017

    • 著者名/発表者名
      酒井隆至, 加生和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第89回大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 複製開始制御を担うDNA部位と核様体因子 IHFとの複合体の解離機構の解析2017

    • 著者名/発表者名
      加生和寿, 大島 拓, 片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第89回大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌をモデルとした染色体複製開始の分子機構と制御システムに関する研究2017

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第89回大会(木原賞受賞講演)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌DnaA複合体の染色体複製起点の開裂およびDnaBヘリカーゼ装着における機能構造動態2017

    • 著者名/発表者名
      﨑山友香里, 加生和寿, 野口泰徳, 川上広宣, 片山 勉
    • 学会等名
      第24回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 複製開始タンパク質DnaAを活性化する特異的なDNA配列DARS (DnaA reactivating sequence) におけるDnaA間相互作用様式の解析2017

    • 著者名/発表者名
      杉山 諒, 加生和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      2017年生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始におけるDnaAタンパク質とその制御DNA因子DARS2およびdatAの分子動態機構2017

    • 著者名/発表者名
      片山 勉, 加生 和寿, 﨑山友香里, 酒井隆至, 杉山 諒, 井上祐希江, 川上広宣
    • 学会等名
      2017年生命科学系学会合同年次大会 ワークショップ「原核細胞ゲノム動態の新たな基礎研究の展開」(オーガナイザー:片山 勉, 石野良純)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Mechanisms of DnaA assembly at the replication origin and in vitro reconstitution of the DnaA cycle, which regulates the initiation of chromosomal replication in E. coli2017

    • 著者名/発表者名
      片山 勉, 加生和寿, 﨑山友香里, 川上広宣
    • 学会等名
      The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始と分配の制御における不連続複製の役割2016

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      岡崎フラグメント50周年シンポジウム 「DNA複製の過去・現在・未来ーゲノム複製からエピゲノム複製へ」
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2016-12-21
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌のoriCにおける複製開始とその制御のため複製開始因子DnaAタンパク質が構築する高次複合体の分子機構2016

    • 著者名/発表者名
      片山 勉, 加生 和寿, 﨑山 友香里, 赤間 勇介, 井上 祐希江, 酒井 隆至, 杉山 諒, 川上 広宣
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会 シンポジウム「染色体複製複合体の形成と構造変化の分子機構とその制御」
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 細菌DNA複製開始複合体の近原子構造モデルと機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      清水 将裕, 野口 泰徳, 﨑山 友香里, 川上 広宣, 片山 勉, 高田 彰二
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会 シンポジウム「染色体複製複合体の形成と構造変化の分子機構とその制御」
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Structure, Mechanism and Regulation of Escherichia coli Replication Initiation Complexes in DNA Unwinding2016

    • 著者名/発表者名
      片山 勉, 﨑山 友香里, 野口 泰徳, 川上 広宣
    • 学会等名
      The 10th 3R (Replication, Recombination and Repair) Symposium
    • 発表場所
      ホテル一畑(島根県松江市)
    • 年月日
      2016-11-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional Dynamics of Replication Initiation Complex in Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      﨑山 友香里, 野口 泰徳, 川上 広宣, 片山 勉
    • 学会等名
      The 10th 3R (Replication, Recombination and Repair) Symposium
    • 発表場所
      ホテル一畑(島根県松江市)
    • 年月日
      2016-11-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Regulation of Timely Replication Initiation by A Nucleoid Protein IHF on DnaA Activating And Inactivating DNA Elements2016

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿, 井上 祐希江, 大島 拓, 藤光 和之, 片山 勉
    • 学会等名
      The 10th 3R (Replication, Recombination and Repair) Symposium
    • 発表場所
      ホテル一畑(島根県松江市)
    • 年月日
      2016-11-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始複合体における2重鎖DNA開裂とヘリカーゼ相互作用の分子機構2016

    • 著者名/発表者名
      片山 勉, 﨑山 友香里, 赤間 勇介, 野口 泰徳, 川上 広宣, 加生 和寿
    • 学会等名
      第89回日本生化学会大会 シンポジウム「ゲノムの維持と継承を制御するタンパク質と核酸の相互作用」
    • 発表場所
      東北大学川内北キャンパス(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-09-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 核様体蛋白質IHFと特異的なDNA部位との複合体形成・解離による複製開始タイミング制御2016

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿, 大島 拓, 片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第88回大会 ワークショップ「バクテリアの全ゲノム解析から見えてきた新たな遺伝子と蛋白質の分子動態」
    • 発表場所
      日本大学国際関係学部(静岡県三島市)
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製起点oriC上で形成されるDnaA多量体の機能動態の解明2016

    • 著者名/発表者名
      﨑山 友香里, 野口 泰徳, 川上 広宣, 片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第88回大会 プレナリーワークショップ --昨年のBP賞受賞講演から-
    • 発表場所
      日本大学国際関係学部(静岡県三島市)
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌の染色体複製起点oriCにおけるDnaA複合体のダイナミクス2016

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      日本進化学会 第18回東京大会 ワークショップ「生物進化に伴うDNA複製装置のDynamics」
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス (東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-08-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 複製開始蛋白質DnaAに対する制御系の自律的連動システムの創生と動態原理の解析2016

    • 著者名/発表者名
      片山 勉
    • 学会等名
      新学術領域研究「生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現」2016全体班会議
    • 発表場所
      長浜ロイヤルホテル (滋賀県長浜市)
    • 年月日
      2016-06-11
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] DnaA活性を制御するdatA領域の機能調節における転写の重要性の検討2016

    • 著者名/発表者名
      酒井 隆至, 加生 和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      第13回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      グリーンピア南阿蘇(熊本県阿蘇郡)
    • 年月日
      2016-06-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 複製開始因子DnaAを活性化するDNA配列DARSにおけるDnaA複合体の形成様式の解明2016

    • 著者名/発表者名
      杉山 諒, 加生 和寿, 片山 勉
    • 学会等名
      第13回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      グリーンピア南阿蘇(熊本県阿蘇郡)
    • 年月日
      2016-06-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 複製開始蛋白質DnaAを活性化する非コードDNA領域DARS2 (DnaAreactivating sequence 2)の染色体上における位置は複製開始タイミング制御に重要である2016

    • 著者名/発表者名
      井上 祐希江, 田中 宏幸, 加生 和寿, 藤光 和之, 大島 拓, 片山 勉
    • 学会等名
      第13回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      グリーンピア南阿蘇(熊本県阿蘇郡)
    • 年月日
      2016-06-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] DnaB複製ヘリカーゼ装着におけるDnaA多量体の機能動態2016

    • 著者名/発表者名
      崎山 友香里, 西村 昌洋, 野口 泰徳, 川上 広宣, 片山 勉
    • 学会等名
      第13回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      グリーンピア南阿蘇(熊本県阿蘇郡)
    • 年月日
      2016-06-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体datA配列による複製開始蛋白質DnaA不活性化機構のDNA超らせんに応じた制御の解析2016

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿, 田中 宏幸, 酒井 隆二, 片山 勉
    • 学会等名
      平成28年度日本生化学会九州支部例会
    • 発表場所
      鹿児島大学郡元キャンパス(鹿児島県鹿児島市)
    • 年月日
      2016-05-14
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] “Initiation of DNA replication at the chromosomal origin of E. coli, oriC” (pp79-98), In "DNA Replication: From Old Principles to New Discovery,"( H. Masai and M. Foiani ed.)2017

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Katayama
    • 総ページ数
      581
    • 出版者
      SpringerNature (Singapore)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [図書] 生物の科学 遺伝(Vol. 71, No. 1)2017

    • 著者名/発表者名
      神崎 秀嗣, 片山 勉, 児玉 悟, 新蔵 礼子, 矢島 孝浩
    • 総ページ数
      96
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 九州大学大学院薬学研究院_分子生物薬学分野

    • URL

      http://bunsei.phar.kyushu-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 九州大学研究者情報_片山 勉

    • URL

      http://hyoka.ofc.kyushu-u.ac.jp/search/details/K001101/index.html

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
  • [備考] 九州大学大学院薬学研究院_研究成果

    • URL

      http://www.phar.kyushu-u.ac.jp/bbs/view2.php?S_Publ_Year=2017&word=&page=1&B_Code=399

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 九州大学薬学研究院分子生物薬学分野

    • URL

      http://bunsei.phar.kyushu-u.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 九州大学_News_研究成果

    • URL

      http://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/63

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 九州大学 大学院薬学研究院_研究成果

    • URL

      http://www.phar.kyushu-u.ac.jp/bbs/view2.php?S_Publ_Year=2016&word=&page=1&B_Code=357

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2016-04-26   更新日: 2018-12-17  

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