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X線溶液散乱と高速AFMを用いた生物時計因子の動的構造解析

公募研究

研究領域生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現
研究課題/領域番号 16H00785
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関分子科学研究所

研究代表者

秋山 修志  分子科学研究所, 協奏分子システム研究センター, 教授 (50391842)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2017年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2016年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード概日時計 / X線小角散乱 / 生物時計 / 溶液散乱 / 時計タンパク質 / シアノバクテリア / 小角散乱
研究実績の概要

X線溶液散乱を用いて時計タンパク質(KaiC)の分子内対称性や動態を精査した。6量体の分子内対称性に起因する広角領域の相関ピークを中心に、測定の条件や対象(KaiC変異体)を変えながら観察を実施した。独自に整備したソフトウェアを用いて注意深く解析したところ、リン酸化やATPaseの状態に応じて6量体の分子内対称性が変化することが示唆された。KaiCの構造モデルの構築を試みたが、取得した広角散乱曲線に合致するモデルは未だ見出されていない。これには2つの可能性が考えられる。一つは、構造の異なる複数の状態が系中に混在しており、それらの平均値として観察された広角散乱曲線と唯一の構造モデルが合致しない場合である。液中高速AFMを用いた観察からも、分子内対称性の異なる分子が含まれていることが確認されている。これらの観察を受け、研究協力者とともにKaiCの分子動力学計算を実施し、複数分子種からなるアンサンブルとして広角散乱曲線を再評価した。その結果、広角散乱曲線の変化を分子内対称性の変化と対応付けることに成功した。二つめは、KaiCの6量体構造が想定以上に大きく変化している場合であり、これは中角領域の散乱曲線が変化するという観察結果からも支持される。既報の結晶構造解析をもとにした分子動力学計算からは容易に探索されない構造であるため、新たに取得した結晶構造をもとに探索したところ、該当する構造アンサンブルが幾つか得られつつある。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 5件、 招待講演 14件)

  • [雑誌論文] Cyanobacterial circadian clock system: how and why can it be so slow and stable?2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S, Mukaiyama A, Abe J, Furuike Y
    • 雑誌名

      Biological Clocks: with reference to suprachiasmatic nucleus

      巻: - ページ: 73-77

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Accelerating in vitro studies on circadian clock systems using an automated sampling device2016

    • 著者名/発表者名
      Furuike Y, Abe J, Mukaiyama A, Akiyama S
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 235-241

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_235

    • NAID

      130005249808

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Absolute slowness encoded in the circadian clock protein KaiC2016

    • 著者名/発表者名
      Abe J, Mukaiyama A, Akiyama S
    • 雑誌名

      SPring-8/SACLA Research Frontiers 2015

      巻: - ページ: 24-25

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 概日時計因子の構造や動態を調べる意義とは?2016

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 56 号: 5 ページ: 266-270

    • DOI

      10.2142/biophys.56.266

    • NAID

      130005264926

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 地球の自転周期がエンコードされたタンパク質、KaiC2018

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      講演会(京都大学物質-細胞統合システム拠点)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Slow and Temperature-compensated ATP Hydrolysis Reaction Catalyzedby Circadian Clock Protein KaiC2018

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      The 3rd Solar Fuel Material Workshop
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 藍藻生物時計システムにおける概日周期の根源と貫階層性2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第69回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The frontier in cyanobacterial circadian clock system2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      OIIB Summer School 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生命の時間2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第4回 大型実験施設とスーパーコンピュータとの連携利用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Lessons from Cyanobacterial Circadian Clock System2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Frequency Characteristics and Temperature Compensation in the Cyanobacterial Circadian Clock2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第24回日本時間生物学会学術大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Frequency characteristics as a basis for meta-tuning of the Cyanobacterial Circadian Clock2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cyanobacterial circadian clock system: How and why can it be so slow and stable?2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      Sokendai Asian Winter School
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Biological X-ray Solution Scattering Activities at the Institute for Molecular Science2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      Okazaki Conference 2017 on Grand Challenges in Small-angle Scattering
    • 発表場所
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Atomic-scale origins of slowness and temperature compensation in KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 発表場所
      名古屋大学坂田・平田ホール(愛知県名古屋市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生物の不思議 ~ 体内時計2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      日本放射光学会市民公開講座
    • 発表場所
      神戸芸術センター(兵庫県神戸市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cyanobacterial circadian clock system. How and why can it be so slow and stable?2016

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      Sapporo Symposium on Biological Rhythm
    • 発表場所
      京王ホテルプラザ札幌(北海道札幌市)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体分子システム研究に必要なツールとは?2016

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      中性子生命科学研究会 「生命科学における中性子利用の現状と未来」
    • 発表場所
      IQBRC1階大会議室(茨城県那珂郡)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-26   更新日: 2018-12-17  

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