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アクティブフィラメントの運動の多階層モデリング

公募研究

研究領域ゆらぎと構造の協奏:非平衡系における普遍法則の確立
研究課題/領域番号 16H00792
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関東北大学

研究代表者

内田 就也  東北大学, 理学研究科, 准教授 (10344649)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2016年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
キーワードアクティブマター / 非平衡現象 / 生物物理 / パターン形成 / 非平衡系 / 繊毛 / べん毛
研究実績の概要

・バクテリアの走化性による集団運動
走化性物質を分泌して他の個体を引き付ける性質(自己走化性)によるバクテリアの凝集について、排除体積による整列効果を取り入れたモデルを開発した。ラン・アンド・タンブル運動を行うバクテリアを、格子上をランダムウォークする粒子として表し、走化性物質の濃度の時間勾配に応じて粒子の方向転換の確率が変化するようなルールを導入することで、走化性による運動のモデルを作成した。またこの確率モデルのマスター方程式を粗視化することで古典的な現象論モデル(Keller-Segel 方程式)を再導出した。次に格子点の排他的占有ルールおよび隣接粒子とのネマティック相互作用を導入して、数値計算によってクラスター形成のダイナミクスを解析した。最大クラスターサイズは走化性パラメーターの関数として不連続な転移を示す。ネマティック相互作用の効果によって凝集は阻害、遅延される傾向を持ち、形成されたクラスターは伸長して直進運動する。またクラスター内部は極性秩序を持つ配向ドメインと位相欠陥からなることを示した。
・バクテリア乱流中におけるコロイド粒子の集団運動
ハルトムート・レーヴェン氏(デュッセルドルフ大学、ドイツ)との共同研究を進め、2次元モデルの数値計算によってコロイド粒子間に働く有効的流体力学相互作用を解析した。この相互作用は粒子間の距離に対して非単調な依存性を示し、距離0で強さが0になることを見い出した。また2個の粒子が同方向、逆方向のいずれに回転する場合でも引力となるが、近接時においては逆方向の回転が選択されることを示した。これにより3個以上の粒子からなるクラスターでは相互作用のフラストレーションが発生し、クラスター凝集を遅延させることが分かった。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] デュッセルドルフ大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] 国立中央大学(中華民国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] デュッセルドルフ大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] Synchronization and Collective Dynamics of Flagella and Cilia as Hydrodynamically Coupled Oscillators2017

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida, Ramin Golestanian, Rachel R. Bennett
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 86 号: 10 ページ: 101007-101007

    • DOI

      10.7566/jpsj.86.101007

    • NAID

      210000134523

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] How Do Nanorobots Swim in Slime?2017

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida
    • 雑誌名

      JPSJ News and Comments

      巻: 14 ページ: 05-05

    • DOI

      10.7566/jpsjnc.14.05

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Direct observation of rotation and steps of the archaellum in the swimming halophilic archaeon Halobacterium salinarum2016

    • 著者名/発表者名
      Kinosita, Y. Uchida, N. Nakane, D. Nishizaka, T.
    • 雑誌名

      Nat Microbiol

      巻: 1 号: 11 ページ: 16148-16148

    • DOI

      10.1038/nmicrobiol.2016.148

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Impurity-tuned non-equilibrium phase transition in a bacterial carpet2016

    • 著者名/発表者名
      Yi-Teng Hsiao, Kuan-Ting Wu, Nariya Uchida, Wei-Yen Woon
    • 雑誌名

      Applied Physics Letters

      巻: 108 号: 18 ページ: 183701-183701

    • DOI

      10.1063/1.4948766

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Hydrodynamic effects in the collective motion of bacteria2018

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida
    • 学会等名
      アクティブマター研究会2018
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 高度好塩菌ハロバクテリウムサリナラムのアーキアべん毛の回転 とステップの検出2017

    • 著者名/発表者名
      木下佳昭, 内田就也, 中根大介, 西坂崇之
    • 学会等名
      第90回日本細菌学会
    • 発表場所
      仙台国際センター(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2017-03-19
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] アーキア H. salinarum の歳差運動を伴う遊泳の流体力学モデル2017

    • 著者名/発表者名
      内田就也, 木下佳昭, 中根大介, 西坂崇之
    • 学会等名
      日本物理学会 第72回年次大会
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府豊中市)
    • 年月日
      2017-03-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Boundary effects on the collective motion of swimming bacteria2017

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida
    • 学会等名
      新学術領域研究「ゆらぎと構造の協奏」第4回領域研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] アクティブ乱流が誘起するコロイド粒子の偏析2017

    • 著者名/発表者名
      内田就也, Hartmut Loewen
    • 学会等名
      日本物理学会2017年秋季大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 整列を伴うラン・アンド・タンブル走化性の格子モデル2017

    • 著者名/発表者名
      内田就也, 金吉漢
    • 学会等名
      第27回日本数理生物学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Colloidal flocculation induced by bacterial turbulence2017

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida, Hartmut Loewen
    • 学会等名
      生物流体力学における基礎問題と応用問題
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Lattice-Based Model of Bacterial Chemotaxis with Alignment2017

    • 著者名/発表者名
      Gilhan Kim, Nariya Uchida
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Unitary steps of supramolecula motility machineries in gliding and swimming archaea2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshiaki Kinosita, Daisuke Nakane, Nariya Uchida, Makoto Miyata, Takayuki Nishizaka
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Direct observation of rotation and steps of the archaellum in the swimming halophilic archaeon Halobacterium salinarum2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshiaki Kinosita, Nariya Uchida, Daisuke Nakane, Takayuki Nishizaka
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 固液界面上でのバクテリアの集団運動2016

    • 著者名/発表者名
      内田就也
    • 学会等名
      第 13 回「生物数学の理論とその応用」
    • 発表場所
      京都大学(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-11-14
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Some applications of Smoothed Profile Method for active flow in and out of cells2016

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida
    • 学会等名
      International Workshop on Hydrodynamic Flows in/of Cells
    • 発表場所
      首都大学東京(東京都八王子市)
    • 年月日
      2016-11-14
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Collective dynamics of flagella, cilia and active filaments near surfaces2016

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida
    • 学会等名
      Current and Future Perspectives in Active Matter
    • 発表場所
      東京大学(東京都文京区)
    • 年月日
      2016-10-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Hydrodynamic model of Halobacterium Salinarum as an example of helical swimmers2016

    • 著者名/発表者名
      内田就也
    • 学会等名
      生物流体現象におけ るミクロ運動とマクロ運動
    • 発表場所
      京都大学(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-10-24
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] バクテリア懸濁液の界面近傍における集団運動2016

    • 著者名/発表者名
      内田就也
    • 学会等名
      日本物理学会 2016 年秋季大会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2016-09-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Collective Dynamics of Bacteria at Interfaces2016

    • 著者名/発表者名
      Nariya Uchida
    • 学会等名
      The 26th Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology
    • 発表場所
      九州大学(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Non ‐ equilibrium transition in self ‐ propelled particle array mediated through hydrodynamic interac- tions2016

    • 著者名/発表者名
      Wei Yen Woon, Yi‐Teng Hsiao, Kuan‐Ting Wu, Nariya Uchida
    • 学会等名
      The 13th Taiwan International Symposium on Statistical Physics and Complex Systems
    • 発表場所
      中央研究院(中華民国台北市)
    • 年月日
      2016-09-06
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2016-04-26   更新日: 2022-02-16  

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