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非平衡状態を舞台とした異常拡散現象の探究

公募研究

研究領域ゆらぎと構造の協奏:非平衡系における普遍法則の確立
研究課題/領域番号 16H00804
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関九州大学

研究代表者

坂上 貴洋  九州大学, 理学研究院, 助教 (30512959)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2016年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
キーワード異常拡散 / 反応座標 / 環状高分子 / トポロジー / 非平衡揺らぎ / 協同運動 / レオロジー / 染色体 / 能動拡散 / 染色体動態 / ソフトマター / 高分子鎖
研究実績の概要

平成29年度は、主に以下の二つの課題に取り組んだ。
(1) 環状高分子鎖濃厚系の異常ダイナミクス、(2)生体高分子鎖折り畳み過程における反応座標の異常拡散

(1) 環状鎖濃厚系では、結び目、絡み目についてのトポロジカルな拘束が系の物性を大きく支配し、鎖の形態、運動性、マクロなレオロジーのどれをとっても、通常の線形高分子鎖とは大きく異なる特性が見られる。例えば、近年の大規模数値シミュレーションにより、古典的なレプテーション描像とは全く異なるダイナミクスが観測されており、その理論的記述は挑戦的な課題となっている。本研究では、トポロジカルな拘束により生じるエントロピー的な反発力を記述するトポロジカル体積という概念を導入し、ソフトコロイド系との類似性に注目することにより、環状鎖濃厚系ダイナミクスの理論的記述を試みた。その結果、過冷却液体などで見られる協同運動効果の重要性が示唆され、現象論的記述に協同効果を取り込むことにより、文献に報告されている実験、シミュレーションの結果を系統的かつ定量的に記述出来ることを示した。

(2) 生体高分子のような多自由度複雑系の解析における有用な概念に「反応座標」が挙げられる。しかしその微視的な定式化は通常容易でなく、反応座標の運動にはマルコフ的なダイナミクスが仮定されることが少なくない。本研究では、高分子の形態揺らぎが問題となる時間スケールでは、一般に鎖の連結性由来の記憶効果による非マルコフ的効果が重要となることを議論した。特に、低温で相補的部位が結合するモデル高分子を用いて、折り畳み転移温度で反応座標が示す異常拡散特性を定量的に評価した。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 謝辞記載あり 7件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 6件、 招待講演 6件)

  • [国際共同研究] K.U. Leuven(Belgium)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] KU Leuven(ベルギー)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] Compressive response and helix formation of a semi flexible polymer confined in a nanochannel2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Hayase, T. Sakaue and H. Nakanishi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 95 号: 5

    • DOI

      10.1103/physreve.95.052502

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Active diffusion of model chromosomal loci driven by athermal noise2017

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue, Takuya Saito
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 13 号: 1 ページ: 81-87

    • DOI

      10.1039/c6sm00775a

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Non-Markovian dynamics of reaction coordinate in polymer folding2017

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue, Jean-Charles Walter, Enrico Carlon, Carlo Vanderzande
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 印刷中 号: 17 ページ: 3174-3181

    • DOI

      10.1039/c7sm00395a

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Complementary mode analyses between sub-and super-diffusions2017

    • 著者名/発表者名
      Takuya Saito, Takahiro Sakaue
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dynamics of Polymer Translocation: A Short Review with an Introduction of Weakly-Driven Regime2016

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue
    • 雑誌名

      Polymers

      巻: 8 号: 12 ページ: 424-424

    • DOI

      10.3390/polym8120424

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Shear modulus of structured electrorheological fluid mixtures2016

    • 著者名/発表者名
      Kyohei Shitara, Takahiro Sakaue
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 93 号: 5

    • DOI

      10.1103/physreve.93.052603

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Miscibility phase diagram of ring-polymer blends: A topological effect2016

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue, Chihiro Nakajima
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 93 号: 4

    • DOI

      10.1103/physreve.93.042502

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 高分子系における異常拡散現象2016

    • 著者名/発表者名
      坂上貴洋
    • 雑誌名

      アンサンブル

      巻: 18 ページ: 149-154

    • NAID

      130005874976

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 謝辞記載あり
  • [学会発表] Statistical physics of topologically constrained polymers2018

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue
    • 学会等名
      Mini-Symposium on the Biophysics of Human Chromosome
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Topological Glass in Melt of Non-Concatenated Ring Polymers2017

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Topological Volume and Quasi-Glassy Dynamics in Non-concatenated Ring Polymer Melt2017

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue
    • 学会等名
      Ring Polymers
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] On topological glass in melt of non-concatenated ring polymers2017

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue
    • 学会等名
      Aspects of topological entanglement in DNA, proteins and graph-shaped polymers
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞スケール空間でのDNAの混合・分離挙動2017

    • 著者名/発表者名
      坂上貴洋
    • 学会等名
      日本物理学会第72回年次大会
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Topological constraint on the phase behavior of ring polymer blends2016

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue
    • 学会等名
      Polymers with spatial and mechanical constraints
    • 発表場所
      Venice, Italy
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Active diffusion of chromosomal loci driven by athermal noise2016

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Sakaue
    • 学会等名
      Interdisciplinary Applications of Nonlinear Science
    • 発表場所
      Kagoshima, Japan
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 染色体の能動ダイナミクスと異常拡散2016

    • 著者名/発表者名
      坂上貴洋
    • 学会等名
      異常拡散現象をめぐる最近の進展
    • 発表場所
      神奈川
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 染色体の能動ダイナミクス2016

    • 著者名/発表者名
      坂上貴洋、齋藤拓也
    • 学会等名
      日本物理学会2016年秋季大会
    • 発表場所
      金沢
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2016-04-26   更新日: 2018-12-17  

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