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常磁性in-cell NMRによるヒト培養細胞内の蛋白質動態解析

公募研究

研究領域理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学
研究課題/領域番号 16H00847
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関首都大学東京

研究代表者

伊藤 隆  首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (80261147)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2017年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2016年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワードin-cell NMR / 常磁性NMR / 蛋白質
研究実績の概要

ヒト培養細胞を用いたin-cell NMR実験は,外部から導入した安定同位体標識蛋白質の細胞内濃度やNMR試料管中の細胞寿命の問題などから,測定感度が低いという問題が避けられない.このような状況では通常のNOEを用いた蛋白質の立体構造情報の取得は極めて困難であるため,ランタノイド(Ln3+)結合タグ(LBT)で化学修飾を行い,感度の良い2D 異種核相関NMRスペクトルで観測される常磁性擬コンタクトシフト(PCS)情報の有用性が注目されている.
2017年度は,まず,ヨードアセトアミド型LBT(M8-CAM-I)の改良を行った.私たちはM8-CAM-Iを用いてヒト培養細胞中でのPCS観測に成功したが,リンカー部のフレキシビリティーのために,得られたPCS値は同種のLBTに比べてやや小さかった.そこでリンカーにピペラジン構造を導入しフレキシビリティーを抑制することを狙った.新LBTを用いて実験を行った結果,M8-CAM-Iより大きなPCS値を得ることに成功した.
次に,非天然型アミノ酸とアジド型LBTのクリック反応を用いてLn3+を導入する方法を確立した.多くのLBTは蛋白質のシステイン残基側鎖SH基に導入される.しかし,蛋白質の物性を変えずに,任意の場所にシステイン残基を導入することは困難な場合も多く.異なる戦略でLBTを導入する方法が模索されている.今回はリンカー末端にアジド基を持つM8誘導体を合成し,一方で蛋白質には末端アルキンを持つチロシン誘導体を組み込み,クリック反応でLBTを導入する方法を試した.実験の結果PCSの観測に成功した.
これに加えて,培養昆虫細胞内の蛋白質に適用可能な新しいNMR解析,立体構造計算法を確立し,真核細胞の系では初となる蛋白質の高分解能立体構造決定に成功した.

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 3件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 3件、 招待講演 8件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] University of Cambridge/University of Leicester(United Kingdom)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Goethe University Frankfurt(Germany)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] ETH Zurich(Switzerland)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Leicester(United Kingdom)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] Solution NMR views of dynamical ordering of biomacromolecules2018

    • 著者名/発表者名
      Ikeya Teppei、Ban David、Lee Donghan、Ito Yutaka、Kato Koichi、Griesinger Christian
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Acta-General Subjects

      巻: 1862 号: 2 ページ: 287-306

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.08.020

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Impact of cellular health conditions on the protein folding state in mammalian cells2017

    • 著者名/発表者名
      Inomata Kohsuke、Kamoshida Hajime、Ikari Masaomi、Ito Yutaka、Kigawa Takanori
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 53 号: 81 ページ: 11245-11248

    • DOI

      10.1039/c7cc06004a

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Parkinson’s disease-related DJ-1 functions in thiol quality control against aldehyde attack in vitro2017

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Noriyuki、Kimura Mayumi、Queliconi Bruno Barros、Kojima Waka、Mishima Masaki、Takagi Kenji、Koyano Fumika、Yamano Koji、Mizushima Tsunehiro、Ito Yutaka、Tanaka Keiji
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 12816-12816

    • DOI

      10.1038/s41598-017-13146-0

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical shift assignments of the first and second RRMs of Nrd1, a fission yeast MAPK-target RNA binding protein2017

    • 著者名/発表者名
      Ayaho KobayashiTeppei KanabaRyosuke SatohYutaka ItoReiko SugiuraMasaki Mishima
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: 印刷中 号: 2 ページ: 123-126

    • DOI

      10.1007/s12104-017-9731-1

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In-cell structure determination of proteins at near-physiological concentration2016

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, Tomomi Hanashima, Saori Hosoya, Manato Shimazaki, Shiro Ikeda, Masaki Mishima, Peter Guentert and Yutaka Ito
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 38312-38312

    • DOI

      10.1038/srep38312

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A new carbamidemethyl-linked lanthanide chelating tag for PCS NMR spectroscopy of proteins in living HeLa cells.2016

    • 著者名/発表者名
      Yuya Hikone, Go Hirai, Masaki Mishima, Kohsuke Inomata, Teppei Ikeya, Souichiro Arai, Masahiro Shirakawa, Mikiko Sodeoka, and Yutaka Ito
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 66 号: 2 ページ: 99-110

    • DOI

      10.1007/s10858-016-0059-4

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 常磁性金属を利用したNMRによる生細胞内蛋白質の立体構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      伊藤 隆
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] NMRによる生細胞内蛋白質の立体構造・ダイナミクスの解析2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤 隆
    • 学会等名
      日本薬学会第137年会
    • 発表場所
      仙台国際センター,仙台
    • 年月日
      2017-03-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] in situ structural biology by NMR2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤 隆
    • 学会等名
      分子研研究会「生体金属動態」
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] NMR approaches to investigate protein folding and dynamics in the crowded intracellular environment2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤 隆
    • 学会等名
      日本生物物理学会第55回年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein structure determination in living eukaryotic cells by in-cell NMR spectroscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜,横浜
    • 年月日
      2016-12-01
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] In situ structural biology by NMR2016

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito
    • 学会等名
      The 42nd Naito Conference “In the Vanguard of Structural Biology: Revolutionizing Life Sciences”
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダムサッポロ,札幌
    • 年月日
      2016-10-05
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] In situ structural biology by NMR2016

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito
    • 学会等名
      International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems 2016
    • 発表場所
      京都国際会館,京都
    • 年月日
      2016-08-22
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] In situ structural biology by NMR2016

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito
    • 学会等名
      UK-Japan Symposium “From single molecules to cells and tissues
    • 発表場所
      University of Leiceister, UK
    • 年月日
      2016-07-05
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] “Chapter 3, Advances in NMR data acquisition and processing for protein structure determination” Experimental Approaches of NMR Spectroscopy: Methodology and Application to Life Science and Materials Science2017

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito and Teppei Ikeya
    • 総ページ数
      636
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2016-04-26   更新日: 2018-12-17  

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