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金属ナノプローブを用いた分子モーターの運動と構造変化の高速1分子計測

公募研究

研究領域理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学
研究課題/領域番号 16H00858
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)

研究代表者

飯野 亮太  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (70403003)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2017年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2016年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワード分子モーター / 1分子計測 / 光学顕微鏡 / 1分子計測(SMD) / 分子機械
研究実績の概要

1.金ナノ粒子を用いた1分子計測の位置決定精度の改善:1分子計測における位置決定精度σは、理想的には像(点像分布関数)の広がりsと得られるフォトン数Nで決まる。sは200nm程度であり、1 Åの位置決定精度を達成するには400万個のフォトンが必要となる。しかし実際の計測では、画像のピクセルサイズaが有限で背景光の揺らぎ(標準偏差b)があることから、位置決定精度は理想的条件よりも劣る。我々は、上記のパラメーターを改善することで、波長532nmのレーザーで照明した直径40nmの金ナノ粒子の散乱像において、位置決定精度3Å、時間分解能0.5 msを達成した。
2.リニア分子モーターキチナーゼの高位置決定精度1分子計測:キチナーゼの1ナノメートルのステップを可視化することに成功した。また、様々な基質結合状態のキチナーゼのX線結晶構造解析を行った。さらに決定した構造を元に、全原子分子動力学シミュレーションを行った。これらの複合的な取り組みにより、キチナーゼの化学力学共役の素過程の詳細を解明することに成功した。
3.金ナノ粒子、銀ナノ粒子を用いたデュアルカラー1分子イメージング法の開発:金ナノ粒子と銀ナノ粒子のプラズモン共鳴の波長が大きく異なる。この性質を利用し、波長404nmと520nmのレーザーおよびデュアルビュー光学系を用いて金ナノ粒子、銀ナノ粒子を区別して同時に観察することに成功した。高速CMOSカメラと組み合わせることにより、ナノメートルの位置決定精度とマイクロ秒の時間分解能を達成した。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 3件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Rate constants, processivity, and productive binding ratio of chitinase A revealed by single- molecule analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Nakamura, Tomoyuki Tasaki, Yasuko Okuni, Chihong Song, Kazuyoshi Murata, Toshiya Kozai, Mayu Hara, Hayuki Sugimoto, Kazushi Suzuki, Takeshi Watanabe, Takayuki Uchihashi, Hiroyuki Noji and Ryota Iino
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      巻: 20 号: 5 ページ: 3010-3018

    • DOI

      10.1039/c7cp04606e

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rotation of artificial rotor axles in rotary molecular motors2016

    • 著者名/発表者名
      Baba M, Iwamoto K, Iino R, Ueno H, Hara M, Nakanishia A, Kishikawa J, Noji H, Yokoyama K
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA

      巻: 113 号: 40 ページ: 11214-11219

    • DOI

      10.1073/pnas.1605640113

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] One nanometer steps in the motion of a linear molecular motor Serratia marcescens chitinase A resolved by gold nanoprobe2017

    • 著者名/発表者名
      Ryota Iino and Akihiko Nakamura
    • 学会等名
      The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      2017-02-11
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] High-speed single-molecule measurement of molecular motors with metallic nanoprobes2017

    • 著者名/発表者名
      Ryota Iino
    • 学会等名
      KAKENHI International Symposium on "Studying the Function of Soft Molecular Systems"
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Chemo-mechanical coupling mechanisms of linear and rotary molecular motors revealed by high-speed single-molecule imaging analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Ryota Iino
    • 学会等名
      第55回生物物理学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速1分子イメージング解析で明らかとなったタンパク質分子モーターの化学力学共役機構2017

    • 著者名/発表者名
      飯野亮太
    • 学会等名
      高分子討論会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Intermediate states during the stepping motion of kinesin-1 revealed by high-speed single-molecule imaging with gold nanoprobes2016

    • 著者名/発表者名
      Ryota Iino
    • 学会等名
      4th Kanazawa Bio-AFM Workshop
    • 発表場所
      KKR Hotel Kanazawa, Kanazawa, Ishikawa, Japan
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 金ナノプローブで生体分子の速いダイナミクスを観る2016

    • 著者名/発表者名
      飯野亮太
    • 学会等名
      第25回バイオイメージング学会学術集会
    • 発表場所
      名古屋市立大、名古屋、愛知
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-26   更新日: 2018-12-17  

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