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ヒストンバリアントに基づくクロマチンの機能の推定

公募研究

研究領域動的クロマチン構造と機能
研究課題/領域番号 16H01318
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関早稲田大学

研究代表者

浜田 道昭  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2017年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2016年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワードバイオインフォマティクス / ヒストンバリアント / クロマチン状態 / lncRNA-RNA相互作用 / クロマチン / エピジェネティクス / 隠れマルコフモデル / ヒストン修飾
研究実績の概要

(1) ヒストンバリアントを含むクロマチンマークに対するクロマチン状態の推定.
ヒストンバリアントのデータとしては,ヒト:Kujirai+, NAR (2016) 44, 6127-41,マウス:Maehara+, Epigenetics Chromatin (2015) 17;8:35を用いた.これらのデータを用いて,研究代表者が開発した手法を用いてクロマチン状態の推定を行った.さらに,推定されたクロマチン状態と,様々なゲノムアノテーションとの相関を調査した.
(2)データベースlncRRIdb: 発現,局在情報を統合したlncRNA-RNA相互作用データベース
本研究では,クロマチン機能を長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)の観点から特徴づけることを試みるために,lncRNAと相互作用を行うRNAの網羅的なデータベースの構築を行った.これは研究代表者らが開発したRIblastを用いて,計算機による網羅的な相互作用予測を行った結果を,発現および局在の実験情報とともに格納したデータベースである
(3)階層的なクロマチン状態を推定するための情報技術の開発.
プロモーターやエンハンサーも,階層的な構造を有していると考えた.例えば,promoter⇒strong promoter, weak promoter, bivalent promoterなどである.従来のクロマチン状態の推定手法においては,このような階層性を考えることはできなかったため,我々は独自に手法の開発を行った.そのためのプロトタイプシステムの開発を行い小さなデータを用いてその有効性を検証した.

現在までの達成度 (段落)

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Computational approaches for alternative and transient secondary structures of ribonucleic acids2019

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Briefings in Functional Genomics

      巻: - 号: 3 ページ: 182-191

    • DOI

      10.1093/bfgp/ely042

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs2018

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 25 号: 9 ページ: 976-986

    • DOI

      10.1089/cmb.2017.0260

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Analysis of histone modifications using latent feature models2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Takeda and Michiaki Hamada
    • 学会等名
      第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 隠れ特徴モデル(LFM)によるヒストン修飾解析2017

    • 著者名/発表者名
      武田 悠希, 浜田 道昭
    • 学会等名
      東京バイオインフォマティクスミーティング
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] よくわかるバイオインフォマティクス入門2018

    • 著者名/発表者名
      藤 博幸、岩部 直之、川端 猛、浜田 道昭、門田 幸二、須山 幹太、光山 統泰、黒川 顕、森 宙史、東 光一、吉沢 明康、片山 俊明
    • 総ページ数
      208
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      4065138213
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2016-04-26   更新日: 2019-12-27  

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