| 研究領域 | がんシステムの新次元俯瞰と攻略 |
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| 研究課題/領域番号 |
16H01582
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
複合領域
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立がん研究センター |
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研究代表者 |
鈴木 絢子 国立研究開発法人国立がん研究センター, 先端医療開発センター, 研究員 (00770348)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2017年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2016年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
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| キーワード | がんゲノム / フェージング / ナノポアシークエンサー / ゲノム / がん |
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| 研究実績の概要 |
昨年度に引き続き、主に肺腺癌細胞株モデル系について、ロングリードシークエンス技術を用いたがん細胞のゲノム多型および変異のフェージング解析を行った。ナノポアシークエンサーMinIONから得られたロングリードデータだけでなく、合成ロングリードデータも組み合わせてゲノムワイドな領域に対して解析を実施した。平成29年度は、特に従来のがんゲノム解析ではあまり解析されてこなかったプロモーターやエンハンサーといった転写制御領域の変異に着目し、転写領域における多型とのフェーズ情報を取得した。さらに、すでに取得済みである同一細胞株のヒストン修飾ChIP-seqおよびRNA-seqデータを重ね合わせ、各アリルの転写状態についても同時に解析することで、がんゲノムにおける転写制御異常の一端をシングルアリルレベルで明らかにした。その結果、肺腺癌培養細胞23株より、遺伝子発現・転写制御に影響を及ぼしうる137個のゲノム変異を同定した。それら変異の一部は転写因子結合部位に位置しており、転写因子の結合を変化させることで実際の転写制御に影響していると予測された。
ナノポアシークエンサーを用いた臨床検体の解析については、がん関連遺伝子のPCR産物から変異検出を行うことができたが、リキッドバイオプシーサンプルなどを対象とした高感度な変異検出については十分な解析ができておらず、さらなる検討が必要である。
本研究で得られたシークエンスデータはDDBJおよびNBDCのデータベースに登録しており、解析結果はデータベースDBTSS/DBKEROに収載している。
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| 現在までの達成度 (段落) |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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