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深層学習を用いたすい癌の病理組織画像からの細胞タイプ識別モデルの構築

公募研究

研究領域医用画像に基づく計算解剖学の多元化と高度知能化診断・治療への展開
研究課題/領域番号 17H05297
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

小野 直亮  奈良先端科学技術大学院大学, データ駆動型サイエンス創造センター, 准教授 (60395118)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2017年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード深層学習 / 病理組織画像 / 診断支援 / 医用画像解析 / すい癌 / 免疫染色 / 膵がん / バイオインフォマティクス / 病理組織画像解析
研究実績の概要

機械学習に基づく計算機支援診断の開発が近年急ピッチで進んでいるが、課題となっているのは教師データの数の不足がある。臨床医師によって画像から腫瘍や細胞の種類をアノテーションする作業には相応の時間がかかり、また熟練を要することから、一般的な画像分類課題のように数万枚というデータを事前に用意するのは現状では困難である。
本研究では、深層学習を用いた教師なし学習による画像データのクラスタリングにより、病理組織画像から自動的に細胞画像をその特徴にもとづいて分類するアルゴリズムを構築、学習し、得られた画像クラスターが臨床的な細胞の特徴とよく一致することを示した。
学習データとして九州大学の大内田らによる膵臓がんのモデルマウスであるKPCマウスの腫瘍組織を用い、名古屋工大の本谷らの協力により染色方法の異なる二種類のスライスの位置合わせをおこなったものを用いた。二種類の染色画像をもとに細胞構造を画像から解析する畳み込みニューラルネットワークを構築し、特徴抽出を行うと同時に、Information Maximizing Self-Augmented Training (IMSAT)を改良した学習モデルによりクラスター間の相互情報量を最大化するように敵対的訓練によるクラスタリングを行う分類モデルを構築した。特徴パターンをお互いにを行い、8種類のクラスターに分類したところ、正常組織、血管、腫瘍、初期繊維化組織、後期繊維化組織、脂肪組織、細胞間ギャップ、および背景領域に分類できることがわかった。このモデルにより、腫瘍の領域、および繊維化の進行の度合いを強調して可視化することが容易になったと言える。
特徴抽出からのIMSATによる教師なしクラスタリングによる画像分類は、病理組織画像の他にも、さまざまな分野での画像解析に役立てることができるため、診断支援アルゴリズムの開発に大いに資することが期待できる。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2018

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Classification of lung adenocarcinoma transcriptome subtypes from pathological images using deep convolutional networks2018

    • 著者名/発表者名
      3.Antonio, V. A. A., Ono, N., Saito, A., Sato, T., Altaf-Ul-Amin, M., & Kanaya, S.
    • 雑誌名

      International journal of computer assisted radiology and surgery

      巻: 13(12) 号: 12 ページ: 1905-1913

    • DOI

      10.1007/s11548-018-1835-2

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Feature extraction and Cluster analysis of Pancreatic Pathological Image Based on Unsupervised Convolutional Neural Network2018

    • 著者名/発表者名
      Konosuke Asano, Naoaki Ono, Chika Iwamoto, Kenoki Ohuchida, Koji Shindo, Shigehiko Kanaya
    • 学会等名
      BIBM 2018 : 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 深層学習を用いたすい癌の病理組織画像からの細胞タイプ識別モデルの構築2018

    • 著者名/発表者名
      小野直亮
    • 学会等名
      「多元計算解剖学」第4回国際シンポジウムについて
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2019-12-27  

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