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CRISPR-Cas9の作動機構の解明

公募研究

研究領域ノンコーディングRNAネオタクソノミ
研究課題/領域番号 17H05592
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

西増 弘志  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (00467044)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2018年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2017年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワードCRISPR / 結晶構造 / CRISPR-Cas / 高速AFM / 蛋白質 / 核酸
研究実績の概要

CRISPR-Cas獲得免疫機構に関与するRNA依存性DNAエンドヌクレアーゼCas9はガイドRNAと複合体を形成し、ガイドRNAと相補的な2本鎖DNAを選択的に切断する。したがって、Cas9を用いることにより、ゲノムDNAの狙った位置を切断し、その周辺の塩基配列を改変すること(ゲノム編集)が可能である。しかし、Cas9が標的DNAを認識するためには、ガイドRNAと標的DNAとの間の相補性にくわえ、PAMとよばれる特定の塩基配列が必要である。ゲノム編集に利用されているS. pyogenes由来Cas9(SpCas9)はNGG(Nは任意の塩基)という塩基配列をPAMとして必要とするため、ゲノム編集の適用範囲には制限が存在していた。そこで、SpCas9に7つのアミノ酸変異を導入することにより、NGGにくわえ、NGA、NGT、NGCをPAMとして認識するCas9改変体(SpCas9-NG)を作製した。SpCas9またはSpCas9-NGとガイドRNAをヒト培養細胞に発現させ、NGA、NGT、NGG、または、NGCをPAMとしてもつ標的部位への変異の導入を調べた。SpCas9はNGGをPAMとしてもつ標的部位に効率よく変異を誘導した一方、NGTおよびNGCをPAMとしてもつ標的部位には変異を誘導しなかった。SpCas9と対照的に、SpCas9-NGはNGGだけでなくNGHをPAMとしてもつ標的部位に変異を誘導した。さらに、SpCas9-NG(D10A変異体)とシチジンデアミナーゼの融合タンパク質(Target-AID-NG)をヒト培養細胞に発現させ、NGA、NGT、NGG、または、NGCをPAMとしてもつ標的部位の塩基置換を調べた結果、Target-AID-NGはNGNをPAMとしてもつ標的部位に塩基置換を誘導することが明らかになった。以上の結果から、SpCas9-NGを利用することにより、ゲノム編集の適用範囲を従来の約4倍に拡張することに成功した。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 4件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 6件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Broad Institute(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Broad Institute(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Genome editing in plants by engineered CRISPR-Cas9 recognizing NG PAM2018

    • 著者名/発表者名
      Endo Masaki、Mikami Masafumi、Endo Akira、Kaya Hidetaka、Itoh Takeshi、Nishimasu Hiroshi、Nureki Osamu、Toki Seiichi
    • 雑誌名

      Nature Plants

      巻: 5 号: 1 ページ: 14-17

    • DOI

      10.1038/s41477-018-0321-8

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II?associated methyltransferase2018

    • 著者名/発表者名
      Akichika Shinichiro、Hirano Seiichi、Shichino Yuichi、Suzuki Takeo、Nishimasu Hiroshi、Ishitani Ryuichiro、Sugita Ai、Hirose Yutaka、Iwasaki Shintaro、Nureki Osamu、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Science

      巻: 363 号: 363 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1126/science.aav0080

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into cGAMP degradation by Ecto-nucleotide pyrophosphatase phosphodiesterase 12018

    • 著者名/発表者名
      Kato Kazuki、Nishimasu Hiroshi、Oikawa Daisuke、Hirano Seiichi、Hirano Hisato、Kasuya Go、Ishitani Ryuichiro、Tokunaga Fuminori、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 号: 1 ページ: 4424-4424

    • DOI

      10.1038/s41467-018-06922-7

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space2018

    • 著者名/発表者名
      Nishimasu Hiroshi、Shi Xi、Ishiguro Soh、Gao Linyi、Hirano Seiichi、Okazaki Sae、Noda Taichi、Abudayyeh Omar O.、Gootenberg Jonathan S.、Mori Hideto、Oura Seiya、Holmes Benjamin、Tanaka Mamoru、Seki Motoaki、Hirano Hisato、Aburatani Hiroyuki、Ishitani Ryuichiro、Ikawa Masahito、Yachie Nozomu、Zhang Feng、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Science

      巻: 361 号: 6408 ページ: 1259-1262

    • DOI

      10.1126/science.aas9129

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Real-space and real-time dynamics of CRISPR-Cas9 visualized by high-speed atomic force microscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Shibata Mikihiro、Nishimasu Hiroshi、Kodera Noriyuki、Hirano Seiichi、Ando Toshio、Uchihashi Takayuki、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 8 号: 1 ページ: 1430-1430

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01466-8

    • NAID

      120006374160

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural Basis for the Canonical and Non-canonical PAM Recognition by CRISPR-Cpf12017

    • 著者名/発表者名
      Yamano Takashi、Zetsche Bernd、Ishitani Ryuichiro、Zhang Feng、Nishimasu Hiroshi、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 67 号: 4 ページ: 633-645

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2017.06.035

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural Basis for the Altered PAM Recognition by Engineered CRISPR-Cpf12017

    • 著者名/発表者名
      Nishimasu Hiroshi、Yamano Takashi、Gao Linyi、Zhang Feng、Ishitani Ryuichiro、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 67 号: 1 ページ: 139-147

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2017.04.019

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Engineered Cpf1 variants with altered PAM specificities2017

    • 著者名/発表者名
      Gao Linyi、Cox David B T、Yan Winston X、Manteiga John C、Schneider Martin W、Yamano Takashi、Nishimasu Hiroshi、Nureki Osamu、Crosetto Nicola、Zhang Feng
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology

      巻: 35 号: 8 ページ: 789-792

    • DOI

      10.1038/nbt.3900

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Engineered CRISPR-Cas9 recognizing a single guanine PAM2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Nishimasu
    • 学会等名
      日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 立体構造に基づくCRISPR-Cas9の分子改変2018

    • 著者名/発表者名
      西増 弘志
    • 学会等名
      MBSJ2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Real-space and real-time dynamics of CRISPR-Cas9 visualized by high-speed atomic force microscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Nishimasu Hiroshi、Shibata Mikihiro、Kodera Noriyuki、Hirano Seiichi、Ando Toshio、Uchihashi Takayuki、Nureki Osamu
    • 学会等名
      CRISPR2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] CRISPR-Cas9の結晶構造と機能改変2017

    • 著者名/発表者名
      西増 弘志
    • 学会等名
      千里ライフサイエンスセミナー
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] CRISPR-Cas9の結晶構造と機能改変2017

    • 著者名/発表者名
      西増 弘志
    • 学会等名
      蛋白研セミナー
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] CRISPR-Cas9の結晶構造と機能改変2017

    • 著者名/発表者名
      西増 弘志、濡木 理
    • 学会等名
      日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure, Dynamics & Engineering of CRISPR-Cas92017

    • 著者名/発表者名
      Nishimasu Hiroshi、Nureki Osamu
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] ゲノム編集の標的領域を拡張!

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2018/6021/

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] CRISPR-Cas9がDNAを切断する瞬間の撮影に成功!

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2017/5629/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2025-11-21  

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