• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定

公募研究

研究領域ノンコーディングRNAネオタクソノミ
研究課題/領域番号 17H05605
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

福永 津嵩  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 助教 (80791433)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
2018年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2017年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
キーワードlncRNA / アルゴリズム / データベース
研究実績の概要

本研究の目的は、申請者が開発した超高速RNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastを用いて、機能未知の長鎖非翻訳RNA(lncRNA)の機能を情報科学的に推定することである。本年度の研究成果は次の通りである。(1) ヒト及びマウスのlncRNA-mRNA間の相互作用をRIblastを用いて網羅的に 予測した結果を組織特異的発現データ及び細胞内局在データと統合したデータベースであるLncRRISearchについて、論文発表を行った。(Fukunaga et al. Frontiers in Genetics, 10, 462, (2019))(2) RIblastは現在でも世界最高速度のソフトウェアであるがpre-mRNAの相互作用予測を行いたい場合などにはらなる高速化が必要である。そこで、logやexpの近似計算法の導入および相互作用伸長時における枝刈りヒューリスティクスの導入により、精度を保持した状態でRIblastを2倍高速化する事に成功した。(3)ロチェスター医科大学のChang研究室らとの共同研究により、RIblastによる相互作用解析と遺伝子共発現解析を組み合わせることで、腎細胞がんの進行に関与するlncRNAであるlncTASR/AXLを同定した。本研究はすでに論文発表済みである(Shi et al. Oncogene, 39, 530-545, (2020))。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitnib sensitivity to better suppress the RCC progression2020

    • 著者名/発表者名
      Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, Xiaoping Zhang and Chawnshang Chang.
    • 雑誌名

      Oncogene

      巻: 39 号: 3 ページ: 530-545

    • DOI

      10.1038/s41388-019-0962-8

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data2019

    • 著者名/発表者名
      Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Front. Genet.

      巻: - ページ: 462-462

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00462

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs2018

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 25 号: 9 ページ: 976-986

    • DOI

      10.1089/cmb.2017.0260

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] RNA相互作用解析のためのバイオインフォマティクスソフトウェア開発2019

    • 著者名/発表者名
      福永 津嵩
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2019
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高速なRNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastの開発2017

    • 著者名/発表者名
      福永津嵩、浜田道昭
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach.2017

    • 著者名/発表者名
      福永津嵩、浜田道昭
    • 学会等名
      第6回生命医薬情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築2017

    • 著者名/発表者名
      福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭
    • 学会等名
      第五回NGS現場の会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] LncRRIsearch

    • URL

      http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-01-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi