| 配分額 *注記 |
7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2018年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2017年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
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| 研究実績の概要 |
上流ORF上の翻訳制御配列を網羅的に同定するために、コンピュータ解析による配列ビッグデータ横断解析に基づく情報工学的な方法論を確立し、ESUCA法と名付け、論文として発表した(Takahashi et al., , BMC Genomics, 2020)。ESUCA法の支援手法として、翻訳制御とタンパク質酵素活性配列のmicro syntenyを活用したクラスタリング手法を開発して、ESUCA法の出力結果をクラスタリングして、新生鎖による翻訳制御を類似性の高いホモロジーグループ(HG)に分類することが出来た。ESUCA法を5つの植物ゲノム(シロイヌナズナ、イネ、ポプラ、ブドウ、トマト)に応用することで、新規の翻訳制御配列を抽出し、100近くの新規HGを発見した。植物に関する11個のアレスト配列候補配列をルシフェラーゼによる実験的に検証することで、少なくとも5個アレスト配列を発見しこの成果を論文として発表することが出来た(Takahashi et al., , BMC Genomics, 2020)。さらに、完成させたESUCA法の非AUG(CTG, TTG, GTG, ACG, ATT, ATA, ATC)の対応化を行い、シロイヌナズナゲノムから、多数の新規非AUG型CPuORFを同定できた。これらの一部については、実験的に検証し、翻訳抑制非AUG型uORFも見つかっている。ヒトゲノムにも応用し、多数の新規非AUG型CPuORFを同定し、実験的に検証している。
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