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新生膜タンパク質の膜組込み過程の構造生物科学研究

公募研究

研究領域新生鎖の生物学
研究課題/領域番号 17H05669
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

田中 良樹  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 (10632333)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2018年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2017年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
キーワードSecトランスロコン / 膜タンパク質 / 新生タンパク質 / 輸送体タンパク質 / 膜組込み / 新生鎖 / 生体分子 / 蛋白質 / 細菌
研究実績の概要

SecDFはプロトン駆動型モータータンパク質であり、SecYEGによるタンパク質の輸送を促進すると考えられている。ペリプラズム側に突き出たドメインが新生鎖を引き出していると予想されていたが、実際の動きや、プロトン透過経路については分かっていなかった。我々は結晶化条件などを変えて、既知構造(F-form)とは別状態にある構造(I-form及びSuper F-formと呼称)を決定した。新たに決定した構造から、膜貫通領域のプロトン透過経路を確認した。また個々の構造を比較していくことで、ペリプラズム領域の構造変化と膜貫通ヘリックスの連動について新たな知見が得られた。
膜へのタンパク質挿入に関わるYidCの結晶構造を高い分解能(2.8 オングストローム;分解能)で決定した。以前の構造から分解能を向上させたことで、細胞質側ループ領域まで精度の高いモデル構築が可能になった。YidCには膜貫通領域に親水性の溝が存在しており、この部分で基質タンパク質を一旦結合させてから挿入を行うと予想される。これまでモデル構築できていなかったループ領域について、モデルが構築されたことで、ループが細胞質領域から膜貫通領域の溝への入り口を塞いでいることが判明した。また、本研究で得られた全長構造を用いて短時間の分子動力学シミュレーションを行ったところ、溝までの経路を開く方向に動きやすい傾向がループ領域周辺に見られ、ループ領域の動きがタンパク質輸送の調節に関わると考えられる。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 1件)

  • [雑誌論文] Structural basis of the function of the β-barrel assembly-enhancing protease BepA2019

    • 著者名/発表者名
      Mohammad Shahrizal, Yasushi Daimon, Yoshiki Tanaka, Yugo Hayashi, Shintaro Nakayama, Shigehiro Iwaki, Shin-ichiro Narita, Hironari Kamikubo, Yoshinori Akiyama, Tomoya Tsukazaki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 431 号: 3 ページ: 625-635

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2018.11.024

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Remote Coupled Drastic β-Barrel to β-Sheet Transition of the Protein Translocation Motor.2018

    • 著者名/発表者名
      Furukawa A, Nakayama S, Yoshikaie K, Tanaka Y, Tsukazaki T.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 26 号: 3 ページ: 485-489

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.01.002

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 2.8-A crystal structure of Escherichia coli YidC revealing all core regions, including flexible C2 loop2018

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Yoshiki、Izumioka Akiya、Abdul Hamid Aisyah、Fujii Akira、Haruyama Takamitsu、Furukawa Arata、Tsukazaki Tomoya
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 505 号: 1 ページ: 141-145

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.09.043

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Tunnel Formation Inferred from the I-Form Structures of the Proton-Driven Protein Secretion Motor SecDF2017

    • 著者名/発表者名
      Arata Furukawa, Kunihito Yoshikaie, Takaharu Mori, Hiroyuki Mori, Yusuke V. Morimoto, Yasunori Sugano, Shigehiro Iwaki, Tohru Minamino, Yuji Sugita, Yoshiki Tanaka, Tomoya Tsukazaki
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 19 号: 5 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2017.04.030

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] SecY-SecA fusion protein retains the ability to mediate protein transport2017

    • 著者名/発表者名
      Sugano Yasunori、Furukawa Arata、Nureki Osamu、Tanaka Yoshiki、Tsukazaki Tomoya
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 12 号: 8 ページ: e0183434-e0183434

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0183434

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2019-12-27  

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