| 研究領域 | ネオウイルス学：生命源流から超個体、そしてエコ・スフィアーへ |
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| 研究課題/領域番号 |
17H05823
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 東海大学 |
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研究代表者 |
中川 草 東海大学, 医学部, 講師 (70510014)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2018年度)
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| 配分額 *注記 |
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2018年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2017年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | 内在性ウイルス様配列 / データベース / バイオインフォマティクス / 比較ゲノム / 水平伝播 / コンタミネーション / 比較ゲノム解析 / トランスポゾン / 共進化 / ゲノム / ウイルス / レトロトランスポゾン / 進化 |
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| 研究実績の概要 |
ウイルスが生物の機能・進化に関わる重要な事例として、宿主ゲノムにウイルスが内在化することにより生じた塩基配列（内在性ウイルス配列、Endogenous Viral Element, EVE）が宿主で生存に必須な機能を獲得することがある。本研究ではそのような配列をゲノムワイドに網羅的に同定するシステムを構築し、EVEを真核生物で網羅的に同定し、系統ごとにまとめたデータベースを構築した（http://peve.med.u-tokai.ac.jp）。本データベースを活用して調べたところ、フィロウイルスの糖タンパク質様の配列がいくつかの脊椎動物にあることがわかった。そこで、エボラウイルスなどのフィロウイルスのゲノム配列をクエリーとして全ての真核生物ゲノム配列に対して探索を行った。その結果、ゾウギンザメ、アフリカツメガル、ニジマスのゲノム配列にフィロウイルスの糖タンパク質（GP）に極めて類似の配列が存在することを発見した。更にそれらの配列が実際に遺伝子として発現しているのかどうかを調べるために、ゾウキンザメ 13サンプル、アフリカツメガエル 11サンプル、ニジマス 7サンプルのRNA-seqデータをアセンブリし、類似配列を探索した。その結果、ゾウキンザメにおいてはその配列がRNA-seqデータからも確認された。また、その配列は胎盤形成に関与することが知られている内在性レトロウイルスの膜タンパク質（Env）に由来するsyncytin-Rum1にも類似することがわかり、レトロウイルスのEnvとフィロウイルスのGPに強い関連があることが推察された。
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| 現在までの達成度 (段落) |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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