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酵素基質相互作用を決定する動的構造制御

公募研究

研究領域動的構造生命科学を拓く新発想測定技術-タンパク質が動作する姿を活写する-
研究課題/領域番号 17H05868
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (50635810)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2018年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2017年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード酸化的フォールディング / 分子認識 / PDI / oxidative folding / P5 / 高速AFM / PDIファミリー / ジスルフィド結合 / 小胞体
研究実績の概要

細胞内には、たんぱく質高次構造の形成反応を促進する仕組みがある。特に構造未成熟なたんぱく質の構造修復の仕組みは、我々生体内において不良たんぱく質の蓄積を防ぐために必要不可欠である。しかしながら、未だどのようにして細胞内の補助因子が構造未成熟なたんぱく質を認識し、構造修復のため働いているのか不明であった。Protein Disulfide Isomerase (PDI)ファミリーたんぱく質の1つであるPDIは哺乳動物細胞の小胞体において、立体構造形成前のたんぱく質にジスルフィド結合を導入およびジスルフィド結合を修復するなどの機能を担っている。PDIの結晶構造は4つのドメインから構成されるU字構造であり、動きに富むことが示唆されていたが、この動きがPDIの機能発現にどう関わるか不明であった。そこで、高速原子間力顕微鏡による1分子観察により、PDIが酸化還元依存的に動的構造を制御していることを明らかにした。さらに、BPTI、RNaseA、 ラミニン、プラスミノーゲンといった形や大きさ、ジスルフィド結合の数が異なる様々な基質の構造未成熟な状態を添加すると、PDIは二量体へ会合し、その中央に形成される空間(キャビティ)に基質が取り込まれる様子を観察することに世界で初めて成功した。これによりPDIが触媒するたんぱく質の酸化的フォールディングの全く新しいモデルを提唱するに至り、生物と化学の学際的研究の国際誌Nature Chemical Biologyに、筆頭著者、研究責任者として発表した。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 6件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 2件、 招待講演 7件) 図書 (5件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Dynamic assembly of protein disulfide isomerase in catalysis of oxidative folding2019

    • 著者名/発表者名
      Okumura Masaki、Noi Kentaro、Kanemura Shingo、Kinoshita Misaki、Saio Tomohide、Inoue Yuichi、Hikima Takaaki、Akiyama Shuji、Ogura Teru、Inaba Kenji
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: 15 号: 5 ページ: 499-509

    • DOI

      10.1038/s41589-019-0268-8

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Protein Disulfide Isomerase family: from Proteostasis to Pathogenesis2019

    • 著者名/発表者名
      Matsusaki M.#, Kanemura S.#, Kinoshita M.#, Lee Y.H., Inaba K.*, and Okumura M.* (#equal contribution *corresponding authors)
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta-general subjects

      巻: in press 号: 2 ページ: 30080-30087

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.003

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Coupling effects of thiol and urea-type groups for promotion of oxidative protein folding2019

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Okada, Motonori Matsusaki, Kenta AraiK , Yuji Hidaka, Kenji Inaba, Masaki Okumura, Takahiro Muraoka
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 55(6) 号: 6 ページ: 759-762

    • DOI

      10.1039/c8cc08657e

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ero1-mediated reoxidation of PDI accelerates the folding of cone-snail toxins2018

    • 著者名/発表者名
      O'Brien H., Kanemura S., Okumura M., Baskin P., Bandyopadhyay P., Ellgaard L., Inaba K., and Safavi-Hemami H.*
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 11 号: 11 ページ: 3418-3418

    • DOI

      10.3390/ijms19113418

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Energy landscape of polymorphic amyloid generation of β2-microglobulin revealed by calorimetry.2018

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita M., Lin Y., Itoh D., Okumura M., Markova N., Ladbury J.E., Sterpone F., and Lee Y.H.*
    • 雑誌名

      Chem Commun (Camb).

      巻: 57 号: 57 ページ: 7995-7998

    • DOI

      10.1039/c8cc02718h

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Impact of membrane curvature on amyloid aggregation2018

    • 著者名/発表者名
      Terakawa Mayu S.、Lin Yuxi、Kinoshita Misaki、Kanemura Shingo、Itoh Dai、Sugiki Toshihiko、Okumura Masaki、Ramamoorthy Ayyalusamy、Lee Young-Ho
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

      巻: - 号: 9 ページ: 30130-30135

    • DOI

      10.1016/j.bbamem.2018.04.012

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization and optimization of two-chain folding pathways of insulin via native chain assembly2018

    • 著者名/発表者名
      Arai Kenta、Takei Toshiki、Shinozaki Reina、Noguchi Masato、Fujisawa Shouta、Katayama Hidekazu、Moroder Luis、Ando Setsuko、Okumura Masaki、Inaba Kenji、Hojo Hironobu、Iwaoka Michio
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 1 号: 1 ページ: 26-26

    • DOI

      10.1038/s42004-018-0024-0

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Preparation of Selenoinsulin as a Long-Lasting Insulin Analogue2017

    • 著者名/発表者名
      Kenta Arai+, Toshiki Takei+, Masaki Okumura+, Satoshi Watanabe+, Yuta Amagai, Yuya Asahina, Luis Moroder, Hironobu Hojo, Kenji Inaba, and Michio Iwaoka
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed.

      巻: 印刷中 号: 20 ページ: 5522-5526

    • DOI

      10.1002/anie.201701654

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The Highly Dynamic Nature of ERdj5 Is Key to Efficient Elimination of Aberrant Protein Oligomers through ER-Associated Degradation.2017

    • 著者名/発表者名
      Maegawa KI, Watanabe S#, Noi K#, Okumura M#, Amagai Y#, Inoue M, Ushioda R, Nagata K, Ogura T, Inaba K.(#equal contribution)
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 25 号: 6 ページ: 846-857

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.04.001

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Understanding the proteostasis mechanism in the endoplasmic reticulum2019

    • 著者名/発表者名
      M. Okumura
    • 学会等名
      358th IMEG Seminar, Kumamoto Univ.
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内局在酵素Protein Disulfide Isomerase familyによるタンパク質品質管理機構の理解2018

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      北海道大学薬学部
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Understanding the proteotasis mechanism in the Endoplasmic Reticulum2018

    • 著者名/発表者名
      M. Okumura
    • 学会等名
      KBSI seminar
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 酵素の構造ダイナミクスから紐解く基質認識の理解―Protein Disulfide Isomeraseを事例として2018

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会、ランチョンセミナー
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic assembly and disassembly of protein disulfide isomerase in catalysis of oxidative protein folding2018

    • 著者名/発表者名
      M. Okumura
    • 学会等名
      333th IMEG Seminar, Kumamoto Univ.
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] How do PDI family member proteins act on nascent chains to catalyze their oxidative protein folding?2017

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、平山 千尋、野井 健太郎、町田 幸大、今高 寛晃、小椋 光、稲葉 謙次
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic assembly/disassembly of Protein Disulfide Isomerase during the catalysis of oxidative protein folding2017

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、野井 健太郎、金村 進吾、引間 孝明、秋山 修志、小椋 光、稲葉 謙次
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic assembly and disassembly of Protein Disulfide Isomerase during guiding proper oxidative protein folding2017

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura, Kentaro Noi, Shingo Kanemura, Shuji Akiyama,Teu Ogura, and Kenji Inaba
    • 学会等名
      CLS, Tokyo Tech. International Forum 2018 Redox regulation of protein functions,transcription, translation and folding
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] 放射光利用の手引きー農水産・医療、エネルギー、環境、材料開発分野などへの応用ー細胞のタンパク質の立体構造を頑強にする仕組み2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      アグネ技術センター
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] Oxidatve Folding of Peptides and Proteins 2nd Edition2018

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M., Watanabe, S., Inaba, K.
    • 総ページ数
      25
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] アルツハイマー病ー発症メカニズムと新規診断法・創薬・治療開発2018

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      11
    • 出版者
      NTS
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] Structural insights into disulfide bond formation and protein quality control in the mammalian endoplasmic reticulum2018

    • 著者名/発表者名
      M. Okumura, S. Watanabe, and K. Inaba.
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [図書] X線小角散乱解析が明らかにしたPDIファミリータンパク質ERp46及びPDI酸化酵素Ero1αの構造ダイナミクスと機能2017

    • 著者名/発表者名
      金村 進吾、奥村 正樹、稲葉 謙次
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      分子研レターズ
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [産業財産権] タンパク質のリフォールディング剤、タンパク質のリフォールディング方法及びタンパク質の再生方法2018

    • 発明者名
      奥村 正樹、村岡 貴博、岡田 隼輔、稲葉 謙次、松﨑 元紀
    • 権利者名
      奥村 正樹、村岡 貴博、岡田 隼輔、稲葉 謙次、松﨑 元紀
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2018-109769
    • 出願年月日
      2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2019-12-27  

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