機能性核酸の細胞内動的構造解析とＤＮＡ変換酵素のスライディングの活写

• 研究領域: 動的構造生命科学を拓く新発想測定技術－タンパク質が動作する姿を活写する－
• 研究課題/領域番号: 17H05878
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 複合領域
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 永田 崇 京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (10415250)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2019-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2018年度)
• 配分額: 13,000千円 (直接経費: 10,000千円、間接経費: 3,000千円); 2018年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2017年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
• キーワード: APOBEC / in-cell NMR / AFM / スライディング / 核酸 / NMR / DNAオリガミ

研究実績の概要

A3G及びA3Fはレトロウィルスが合成するssDNA上のシトシンをウラシルに脱アミノ化することにより遺伝情報を破壊する。本研究では、A3G及びA3Fが一本鎖DNA中の標的シトシンを探索する際の分子機構の解明を目指して来た。これまでA3Gについて解析を進め成果を上げてきたが、今回はA3Fの解析を行い論文発表した[BBA, 2020]。まず、A3FのN214H変異体の活性が高いことを見出し [PCCP, 2018a]、これを使うことによりNMR解析が可能であることに思い至った。そして、これまで用いてきたuracil-DNA glycosylaseアッセイに加え、実時間NMR法も用いて脱アミノ化酵素活性を調べた。これにより、A3Fは濃度条件[A3F-CTD]≫[ssDNA]では長いssDNA中の標的シトシンを効率よく脱アミノ化するのに対し、[A3F-CTD]≪[ssDNA]条件では短いssDNA中の標的シトシンを効率よく脱アミノ化することが明らかとなった[BBA, 2020]。さらに本研究では、脱アミノ化速度とssDNA結合親和性を使って半定量解析することにより、A3Fのこの特徴的な活性について合理的に説明することにも成功した[BBA, 2020]。他方、機能性核酸の細胞内動的構造解析については、これまでにヒト培養細胞に導入した核酸のin-cell NMRに成功していた[PCCP, 2018b]。核酸のイミノ水素は塩基対を形成したときのみNMRシグナルとして観測される。したがって、イミノ水素と水の水素の交換速度を知ることにより、核酸構造の局所的な安定性を評価することができる。我々は、ヒト培養細胞に導入した核酸についてこの交換速度を測定するin-cell NMR法を開発し、核酸構造の安定性に関して議論することに成功し、第18回蛋白質科学会年会において口頭発表を行った。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] Goethe University Frankfurt am Main(Germany)
• [雑誌論文] Development and structural determination of an anti-PrPC aptamer that blocks pathological conformational conversion of prion protein (2020)
  • 著者名/発表者名: Mashima Tsukasa、Lee Joon-Hwa、Kamatari Yuji O.、Hayashi Tomohiko、Nagata Takashi、Nishikawa Fumiko、Nishikawa Satoshi、Kinoshita Masahiro、Kuwata Kazuo、Katahira Masato
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 号: 1 ページ: 4934-4934
  • DOI: 10.1038/s41598-020-61966-4
  • NAID: 120006813315
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Recent progress of in-cell NMR of nucleic acids in living human cells (2020)
  • 著者名/発表者名: Yamaoki, Y., Nagata, T., Sakamoto, T., and Katahira, M.
  • 雑誌名: Biophysical Reviews 巻: - 号: 2 ページ: 411-417
  • DOI: 10.1007/s12551-020-00664-x
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] RNA sequence and length contribute to RNA-induced conformational change of TLS/FUS (2020)
  • 著者名/発表者名: Hamad Nesreen、Mashima Tsukasa、Yamaoki Yudai、Kondo Keiko、Yoneda Ryoma、Oyoshi Takanori、Kurokawa Riki、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 号: 1 ページ: 2629-2629
  • DOI: 10.1038/s41598-020-59496-0
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Suppression of Fast Proton Conduction by Dilution of a Hydronium Solvate Ionic Liquid: Localization of Ligand Exchange (2020)
  • 著者名/発表者名: Kawata Kio、Kitada Atsushi、Tsuchida Naoki、Saimura Masayuki、Nagata Takashi、Katahira Masato、Fukami Kazuhiro、Murase Kuniaki
  • 雑誌名: Journal of The Electrochemical Society 巻: 167 号: 4 ページ: 046508-046508
  • DOI: 10.1149/1945-7111/ab75fc
  • NAID: 120007006216
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] How Does the Recently Discovered Peptide MIP Exhibit Much Higher Binding Affinity than an Anticancer Protein p53 for an Oncoprotein MDM2 (2019)
  • 著者名/発表者名: Yamada Tatsuya、Hayashi Tomohiko、Hikiri Simon、Kobayashi Naohiro、Yanagawa Hiroshi、Ikeguchi Mitsunori、Katahira Masato、Nagata Takashi、Kinoshita Masahiro
  • 雑誌名: Journal of Chemical Information and Modeling 巻: 59 号: 8 ページ: 3533-3544
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00226
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] An insight into the dependence of the deamination rate of human APOBEC3F on the length of single-stranded DNA, which is affected by the concentrations of APOBEC3F and single-stranded DNA (2019)
  • 著者名/発表者名: Wan Li、Kamba Keisuke、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: In Press 号: 2 ページ: 129346-129346
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.04.011
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mechanism of protein-RNA recognition: analysis based on the statistical mechanics of hydration (2018)
  • 著者名/発表者名: Hayashi Tomohiko, Matsuda Tomoaki, Nagata Takashi, Katahira Masato, Kinoshita Masahiro
  • 雑誌名: Phys Chem Chem Phys 巻: 20 号: 14 ページ: 9167-9180
  • DOI: 10.1039/c8cp00155c
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Characterization of the glutathione S-transferases that belong to the GSTFuA class in Ceriporiopsis subvermispora : Implications in intracellular detoxification and metabolism of wood-derived compounds (2018)
  • 著者名/発表者名: Osman Wan Hasnidah Wan、Lin Meng-I、Kondo Keiko、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Int J Biol Macromol 巻: 113 ページ: 1158-1166
  • DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2018.03.029
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Characterisation of an aptamer against the Runt domain of AML1 (RUNX1) by NMR and mutational analyses (2018)
  • 著者名/発表者名: Takada Kenta、Amano Ryo、Nomura Yusuke、Tanaka Yoichiro、Sugiyama Shigeru、Nagata Takashi、Katahira Masato、Nakamura Yoshikazu、Kozu Tomoko、Sakamoto Taiichi
  • 雑誌名: FEBS Open Bio 巻: 8 号: 2 ページ: 264-270
  • DOI: 10.1002/2211-5463.12368
  • NAID: 120006457124
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Plastic roles of phenylalanine and tyrosine residues of TLS/FUS in complex formation with the G-quadruplexes of telomeric DNA and TERRA (2018)
  • 著者名/発表者名: Kondo Keiko、Mashima Tsukasa、Oyoshi Takanori、Yagi Ryota、Kurokawa Riki、Kobayashi Naohiro、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 8 号: 1 ページ: 2864-2864
  • DOI: 10.1038/s41598-018-21142-1
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] High yield production of fungal manganese peroxidases by E. coli through soluble expression, and examination of the activities (2018)
  • 著者名/発表者名: Lin Meng-I、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Protein Expr Purif 巻: 145 ページ: 45-52
  • DOI: 10.1016/j.pep.2017.12.012
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The first successful observation of in-cell NMR signals of DNA and RNA in living human cells (2018)
  • 著者名/発表者名: Yamaoki Yudai、Kiyoishi Ayaka、Miyake Masayuki、Kano Fumi、Murata Masayuki、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Phys Chem Chem Phys 巻: 20 号: 5 ページ: 2982-2985
  • DOI: 10.1039/c7cp05188c
  • NAID: 130007557810
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The C-terminal cytidine deaminase domain of APOBEC3G itself undergoes intersegmental transfer for a target search, as revealed by real-time NMR monitoring (2018)
  • 著者名/発表者名: Kamba Keisuke、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Phys Chem Chem Phys 巻: 20 号: 5 ページ: 2976-2981
  • DOI: 10.1039/c7cp05171a
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Influence of the DNA sequence/length and pH on deaminase activity, as well as the roles of the amino acid residues around the catalytic center of APOBEC3F (2018)
  • 著者名/発表者名: Wan Li、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 雑誌名: Phys Chem Chem Phys 巻: 20 号: 5 ページ: 3109-3117
  • DOI: 10.1039/c7cp04477a
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Conjugation of two RNA aptamers improves binding affinity to AML1 Runt domain (2017)
  • 著者名/発表者名: Nomura Yusuke、Yamazaki Kaori、Amano Ryo、Takada Kenta、Nagata Takashi、Kobayashi Naohiro、Tanaka Yoichiro、Fukunaga Junichi、Katahira Masato、Kozu Tomoko、Nakamura Yoshikazu、Haishima Yuji、Torigoe Hidetaka、Sakamoto Taiichi
  • 雑誌名: J Biochem 巻: 162 号: 6 ページ: 431-436
  • DOI: 10.1093/jb/mvx049
  • NAID: 40021421327
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Observation by Real-Time NMR and Interpretation of Length- and Location-Dependent Deamination Activity of APOBEC3B (2017)
  • 著者名/発表者名: Wan Li、Nagata Takashi、Morishita Ryo、Takaori-Kondo Akifumi、Katahira Masato
  • 雑誌名: ACS Chem Biol 巻: 12 号: 11 ページ: 2704-2708
  • DOI: 10.1021/acschembio.7b00662
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Backbone and side chain assignments of the second RNA-binding domain of Musashi-1 in its free form and in complex with 5-mer RNA (2017)
  • 著者名/発表者名: Iwaoka Ryo、Nagata Takashi、Tsuda Kengo、Imai Takao、Okano Hideyuki、Kobayashi Naohiro、Katahira Masato
  • 雑誌名: Biomol NMR Assign 巻: 11 号: 2 ページ: 265-268
  • DOI: 10.1007/s12104-017-9760-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structural Insight into the Recognition of r(UAG) by Musashi-1 RBD2, and Construction of a Model of Musashi-1 RBD1-2 Bound to the Minimum Target RNA (2017)
  • 著者名/発表者名: Iwaoka Ryo、Nagata Takashi、Tsuda Kengo、Imai Takao、Okano Hideyuki、Kobayashi Naohiro、Katahira Masato
  • 雑誌名: Molecules 巻: 22 号: 7 ページ: 1207-1207
  • DOI: 10.3390/molecules22071207
  • NAID: 120006492019
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Development of an RNA aptamer that acquires binding capacity against HIV-1 Tat protein via G-quadruplex formation in response to potassium ions (2017)
  • 著者名/発表者名: Yamaoki, Y., Nagata, T., Mashima, T., Katahira, M.
  • 雑誌名: Chemical communications 巻: 53 号: 52 ページ: 7056-7059
  • DOI: 10.1039/c7cc03312e
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Structural and functional study of the G-quadruplex anti-prion RNA aptamer and in-cell NMR of nucleic acids (2020)
  • 著者名/発表者名: Nagata Takashi
  • 学会等名: International IPR Seminar, Open up a new era of structural biology with advanced NMR study
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Development of anti-prion RNA aptamers and destruction of the Alzheimer's disease-related complex (2020)
  • 著者名/発表者名: Mashima Tsukasa、Iida Mamiko、Lee Joon-Hwa、Yamaoki Yudai、So Masatomo、Kamatari Yuji O.、Hayashi Tomohiko、Kinoshita Masahiro、Kuwata Kazuo、Nagata Takashi、Katahira Masato
  • 学会等名: The 46th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry, The 3rd Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
  • 国際学会
• [学会発表] Heterologous expression and oxidative activity of four fungal ligninolytic enzymes by Pichia pastoris (2020)
  • 著者名/発表者名: Kenneth TSK, Kondo K, Nagata T, Katahira M
  • 学会等名: 日本農芸化学会2020年度大会
• [学会発表] 選択的白色腐朽菌が産する溶解性多糖モノオキシゲナーゼの構造および活性の解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 近藤 敬子, グエン フエン, ワンサミハルジャ アンドリー, 小瀧 努, 三上 文三, 渡辺 隆司, 永田 崇, 片平 正人
  • 学会等名: 日本農芸化学会2020年度大会
• [学会発表] リグニン・多糖複合体分解に関与する白色腐朽菌由来グルクロノイルエステラーゼの速度論解析および添加剤耐性 (2020)
  • 著者名/発表者名: 坂井勇太, 林孟宜, 檜山明穂, 米沢柚香, 近藤敬子, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 日本農芸化学会2020年度大会
• [学会発表] In-cell NMR法を用いた非標準構造を形成する核酸の構造安定性の解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 阪本知樹, 山置佑大, 加納ふみ, 村田昌之, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 第100回日本化学会年会
• [学会発表] リグニンオリゴマーモデルとセルラーゼ糖質結合モジュール間の相互作用を原子・分子レベルで可視化するためのNMR解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 徳永 有希, 永田 崇, 近藤 敬子, 片平 正人, 渡辺 隆司
  • 学会等名: 第70回日本木材学会大会
• [学会発表] Oxidative activity of four heterologously expressed fungal ligninolytic enzymes by Pichia pastoris (2020)
  • 著者名/発表者名: Kenneth TSK, Kondo K, Nagata T, Katahira M
  • 学会等名: 第70回日本木材学会大会
• [学会発表] STRUCTURAL AND PHYSICAL BASIS FOR THE HIGHER AFFINITY TO ONCOPROTEIN MDM2 OF A PEPTIDE SELECTED WITH MRNA DISPLAY OVER TUMOR SUPPRESSOR P53 (2020)
  • 著者名/発表者名: Nagata Takashi、Yamada Tatsuya、Hayashi Tomohiko、Hikiri Shimon、Kobayashi Naohiro、Ikeguchi Mitsunori、Katahira Masato、Kinoshita Masahiro、Yanagawa Hiroshi
  • 学会等名: 64th Annual Meeting of the Biophysical Society
  • 国際学会
• [学会発表] AFMで測定したDNA粒子の特徴抽出と機械学習による四重鎖判別法の開発 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田中陽一郎, 永田崇, 萩野俊郎
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] NADPH再生系を内包するハイブリッド型アゾレダクターゼの開発 (2019)
  • 著者名/発表者名: 堀内正隆, 永田崇, 片平正人, 小橋川敬博, 鈴木定彦, 落合正則
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Promoter associated non-coding RNA, pncRNA, can diminish the aggregation of TLS caused by shearing stress (2019)
  • 著者名/発表者名: Hamad NH, Mashima T, Yamaoki Y, Kondo K, Yoneda R, Kurokawa R, Nagata T, Katahira, M
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] HIV Vifによるユビキチン化を介さないヒトAOBEC3G活性の阻害 (2019)
  • 著者名/発表者名: 神庭圭佑, 万里, 雲財悟, 森下了, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Vif - CBFβ - CUL5 - ELOB - ELOC 複合体に結合するアプタマーの解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 熊谷紀志, 鈴木拓也, 関川湧斗, 神庭圭介, 万里, 永田佳代子, 高折晃史, 片平正人, 永田崇, 坂本泰一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 選択的白色腐朽菌に由来するLytic polysaccharide monooxygenaseのX線結晶構造および活性の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 近藤敬子, Nuyen Nguyen, Andry Wangsamihardja, 小瀧努, 三上文三, 渡辺隆司, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] In-cell NMR法によるヒト生細胞内の核酸の構造およびダイナミクスの解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山置佑大, 永田崇, 阪本知樹, 高見昇平, 加納ふみ, 村田昌之, 片平正人
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] ヒト生細胞内における核酸の非標準構造および構造安定性のin-cell NMR法を用いた解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 阪本知樹, 山置佑大, 加納ふみ, 村田昌之, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] In-cell NMR法によるヒト生細胞内における核酸‐リガンド相互作用の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 高見昇平, 山置佑大, 加納ふみ, 村田昌之, 坂本秦一, 原田和雄, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内のDNAおよびRNAの構造安定性評価 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山置佑大, 永田崇, 高見昇平, 阪本知樹, 片平正人
  • 学会等名: 第58回NMR討論会(2019)(NMR討論会・SEST2019連合大会)
• [学会発表] 非常に高い活性を有する抗プリオンRNAアプタマーの構造機能相関 (2019)
  • 著者名/発表者名: 永田崇, 真嶋司, Lee Joon-Hwa, 鎌足雄司, 林智彦, 木下正弘, 桑田一夫, 片平正人
  • 学会等名: 第58回NMR討論会(2019)(NMR討論会・SEST2019連合大会)
• [学会発表] The observation of in-cell NMR signals of nucleic acids in living human cells (2019)
  • 著者名/発表者名: Yamaoki Y, Kiyoishi A, Miyake M, Lin KH, Kano F, Murata M, Nagata T, Katahira M
  • 学会等名: 7th International Meeting of Quadruplex Nucleic Acids
  • 国際学会
• [学会発表] In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内核酸の構造およびダイナミクスの評価 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山置佑大, 永田崇, 清石 彩華, 三宅 雅之, 加納ふみ, 村田昌之, 片平正人
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年会
• [学会発表] HIV Vif-ヒトE3ユビキチンリガーゼ複合体によるヒト抗ウイルス因子APOBEC3Gの脱アミノ化阻害の分子メカニズム (2019)
  • 著者名/発表者名: 神庭圭佑, 万里, 雲財悟, 森下了, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年会
• [学会発表] The effect of the distance between the RNA sequences recognized by two RNA-binding domains on the affinity of the MSI1-RNA interaction (2019)
  • 著者名/発表者名: Tu Wei Hsm, 神庭 圭佑, 永田 崇, 片平 正人
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年会
• [学会発表] NMR Analysis for Molecular Insight into the Interaction between Lignin and Carbohydrate Binding Module of Cel7A from Trichoderma reesei (2019)
  • 著者名/発表者名: Tokunaga, Y, Nagata, T, Kondo, K, Katahira, M, Watanabe, T
  • 学会等名: The 20th International Symposium on Wood, Fiber and Pulping Chemistry
  • 国際学会
• [学会発表] Structural analyses of covalent linkages between lignin and hemicellulose in wood cell walls (2019)
  • 著者名/発表者名: H. Nishimura, K. Nagata, M. Yamada, T. Nagata, M. Katahira, T. Watanabe
  • 学会等名: 1st International Lignin Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] NMR study on Binding Sites of 13C-Lignin Oligomer Models with Carbohydrate (2019)
  • 著者名/発表者名: Tokunaga, Y, Nagata, T, Kondo, K, Katahira, M, Watanabe, T
  • 学会等名: 1st International Lignin Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] Strategy of lignocellulose conversion using catalysts with controlled affinity to lignin (2019)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, T, Tokunaga, Y, Oshiro, S, Saito, K, Okano, H, Nishimura, H, Nagata, T, Kondo, K, Katahira, M, Isozaki, K, Takaya, H, Nakamura, M
  • 学会等名: 1st International Lignin Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] セルラーゼ糖質結合モジュールに対するリグニンモデル吸着部位の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 德永有希, 永田崇, 近藤敬子, 片平正人, 渡辺隆司
  • 学会等名: 第33回セルラーゼ研究会
• [学会発表] Disruption of the Alzheimer’s disease-related complex between prion and amyloid β by an anti-prion aptamer (2019)
  • 著者名/発表者名: T. Mashima, Y. M. Iida, Yamaoki, M. So, T. Nagata, M. Katahira
  • 学会等名: Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC) 2019
  • 国際学会
• [学会発表] In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内の核酸の構造と安定性の評価 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山置佑大, 永田崇, 清石彩華, 三宅雅之, Lin Kuan-Heng, 高見昇平, 加納ふみ, 村田昌之, 片平正人
  • 学会等名: 第21回日本RNA学会年会
• [学会発表] プリオンタンパク質の構造変換を抑制するRNAアプタマーの開発と構造決定 (2019)
  • 著者名/発表者名: 真嶋司, Lee Joon-Hwa, 鎌足雄司, 林智彦, 永田崇, 西川富美子, 西川諭, 木下正弘, 桑田一夫, 片平正人
  • 学会等名: 第21回日本RNA学会年会
• [学会発表] An insight into the target search and HIV Vif-dependent inactivation of APOBEC3F and APOBEC3G elucidated by tracking the deamination events (2019)
  • 著者名/発表者名: Kamba K, Wan L, Nagata T, Katahira M
  • 学会等名: 8th Asia-Pacific NMR Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] APOBEC3FとAPOBEC3Gの脱アミノ化速度は、それら及びDNAの濃度、さらにDNAの長さに影響を受ける (2019)
  • 著者名/発表者名: 神庭圭佑, 万里, 永田崇, 片平正人
  • 学会等名: 第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
• [学会発表] セルラーゼ糖質結合モジュールとリグニン間相互作用部位のNMRによる解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 徳永有希、大城理志、永田崇、近藤敬子、西村裕志、片平正人、渡辺隆司
  • 学会等名: 第68回日本木材学会
• [学会発表] Modeling of the tandem RNA-binding domains of a neural and oncogenic protein, Musashi1, engaging the minimum target RNA (2017)
  • 著者名/発表者名: Ryo Iwaoka, Takashi Nagata, Kengo Tsuda, Takao Imai, Hideyuki Okano, Naohiro Kobayashi, Masato Katahira
  • 学会等名: 第40回日本分子生物学会年会
• [学会発表] The effect of different target nucleic acids on the structural change of TLS (2017)
  • 著者名/発表者名: Nesreen Hamad, Tsukasa Mashima, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Riki Kurokawa, Takashi Nagata, Masato Katahira
  • 学会等名: 第40回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Studies on lytic polysaccharide monooxygenase (LPMO) from the selective white rot fungus, Ceriporiposis subvermispora (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuu Iseki, Satoshi Oshiro, Takashi Nagata, Keiko Kondo, Hiroshi Nishimura, Masato Katahira, Takashi Watanabe
  • 学会等名: Humanosphere Science School 2017, Salak Tower (Bogor, Indonesia), 2017.11.1-2
  • 国際学会
• [学会発表] Analysis of Adsorption Mechanism between Carbohydrate Binding Module of Cellulase and Lignin by NMR (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuki Tokunaga, Satoshi Oshiro, Takashi Nagata, Keiko Kondo, Hiroshi Nishimura, Masato Katahira, Takashi Watanabe
  • 学会等名: Humanosphere Science School 2017, Salak Tower (Bogor, Indonesia), 2017.11.1-2
  • 国際学会
• [学会発表] Analysis of Lignin-Carbohydrate Complexes in Woody Biomass by Using NMR (2017)
  • 著者名/発表者名: Shizuka Sakon, Hiroshi Nishimura, Misato Yamada, Yukari Ohta, Keiko Kondo, Yudai Yamaoki, Takashi Nagata, Masato Katahira, Takashi Watanabe
  • 学会等名: Humanosphere Science School 2017, Salak Tower (Bogor, Indonesia), 2017.11.1-2
  • 国際学会
• [学会発表] 翻訳開始前複合体において形成される翻訳開始因子間の結合ネットワークの役割 (2017)
  • 著者名/発表者名: 永田崇、吉田尚志、雲財悟、浦野健、浅野桂、尾林栄治
  • 学会等名: 第56回NMR討論会
• [学会発表] In-cell NMR法によるヒト細胞内DNAおよびRNAの観測 (2017)
  • 著者名/発表者名: 山置 佑大, 清石 彩華, 三宅雅之, 加納 ふみ, 村田 昌之, 永田 崇, 片平 正人
  • 学会等名: 第56回NMR討論会
• [学会発表] RNA結合タンパク質Musashi-1のRBD2:r(GUAGU)複合体溶液構造決定と標的RNA選択メカニズムの解明 (2017)
  • 著者名/発表者名: 岩岡諒，永田崇，津田健吾，今井貴雄，岡野栄之，小林直宏，片平正人
  • 学会等名: 第56回NMR討論会
• [学会発表] Characterization of the cytidine deamination properties of human APOBEC3B by real-time NMR, which are quite different from those of APOBEC3G (2017)
  • 著者名/発表者名: Li Wan, Takashi Nagata, Ryo Morishita, Akifumi Takaori-Kondo, Masato Katahira
  • 学会等名: The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry, The 1st Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
  • 国際学会
• [学会発表] 深層学習により強化されたNMR立体構造解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 小林直宏、永田崇、服部良一、新家粧子、Julia M. Wurz、Peter Guntert、児嶋長次郎、藤原敏道
  • 学会等名: 第56回NMR討論会
• [学会発表] Analysis of peroxidase activity, lignin model degradation of heterologous expressed soluble fungal ligninolytic enzymes (2017)
  • 著者名/発表者名: Meng-I Lin, Keiko Kondo, Takashi Nagata, Masato Katahira
  • 学会等名: 2017 Taiwan-Japan Biomedical Symposium on Magnetic Resonance
  • 国際学会
• [学会発表] Sphingombium sp. YG1由来guaiacylglycerol-β-guaiacyl ether - Cα位酸化酵素の酵素学的解析と利用 (2017)
  • 著者名/発表者名: 前田亜鈴悠、宋晶、西真郎、黒澤佳奈子、市川淳子、 塩谷美夏、山置佑大、永田崇、片平正人、山田美沙登、渡辺隆司、大田ゆかり
  • 学会等名: 第62回リグニン討論会
• [学会発表] フラグメント分子軌道法を活用したリグニンβ-O-4還元開裂酵素の機能改変 (2017)
  • 著者名/発表者名: 嶋根康弘、黒澤佳奈子、市川淳子、前田亜鈴悠、布浦拓郎、山置佑大、永田崇、片平正人、高谷光、吉田亮太、中村正治、渡辺隆司、大田ゆかり
  • 学会等名: 第62回リグニン討論会
• [学会発表] Kinetic studies of the two fungal glutathione-dependent enzymes and their potential roles in the intracellular detoxification and wood-derived compound metabolism (2017)
  • 著者名/発表者名: Wan Hasnidah Wan Osman, Meng-I Lin, Keiko Kondo, Takashi Nagata, Masato Katahira
  • 学会等名: 第62回リグニン討論会
• [学会発表] Development of the artificial multi-domain enzymes immobilized on the curdlan sheet at low cost. (2017)
  • 著者名/発表者名: Masataka Horiuchi, Takashi Nagata, Masato Katahira, Yoshihiro Kobashigawa, Yasuhiko Suzuki, Masanori Ochiai
  • 学会等名: The 8th International Symposium of Advanced Energy Science
  • 国際学会
• [学会発表] Structure-function relationship of Epstein-Barr Virus EBNA3C NLS and transport receptor (2017)
  • 著者名/発表者名: Go Matsuda, Takashi Nagata, Masato Katahira, Ken-ichi Imadome
  • 学会等名: The 8th International Symposium of Advanced Energy Science
  • 国際学会
• [学会発表] Development of RNA binding peptides based on tertiary structural information (2017)
  • 著者名/発表者名: Natsuki Watanabe, Tomoaki Kinase, Takashi Nagata, Masato Katahira, Kazuo Harada, and Taiichi Sakamoto
  • 学会等名: The 8th International Symposium of Advanced Energy Science
  • 国際学会
• [学会発表] テロメア長短縮をもたらすTLS/FUS蛋白質とテロメアDNAおよびTERRAのグアニン四重鎖との複合体に関するNMR解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 近藤 敬子、 真嶋 司、大吉 崇文、黒川 理樹、小林直宏、永田 崇、片平 正人
  • 学会等名: 第55回生物物理学会
• [学会発表] Influences of length and concentration of the DNA substrate, as well as the location of the target sequence, on deamination by APOBEC3F (2017)
  • 著者名/発表者名: Li Wan, Takashi Nagata, Masato Katahira
  • 学会等名: 第55回生物物理学会
• [学会発表] An anti-prion aptamer inhibits the formation of prion protein-amyloid β oligomer complex that is related to Alzheimer's disease (2017)
  • 著者名/発表者名: Mamiko IIDA, Tsukasa MASHIMA, Yudai YAMAOKI, Takashi NAGATA, Masato KATAHIRA
  • 学会等名: 第55回生物物理学会
• [学会発表] 18-crown-6を用いるヒドロニウム溶媒和イオン液体の基礎物性 (2017)
  • 著者名/発表者名: 北田敦、竹岡駿、近都康平、深見一弘、才村正幸、永田崇、片平正人、邑瀬邦明
  • 学会等名: 2017年電気化学会秋季大会
• [学会発表] TLS/FUSの非コードRNAの認識機構の構造学的研究 (2017)
  • 著者名/発表者名: 真嶋司, 小澤 駿介, Nesreen Hamad, 米田竜馬, 黒川 理樹, 永田崇, 片平 正人
  • 学会等名: 第19回日本RNA学会年会
• [学会発表] Conformational change detection of translocated in liposarcoma, TLS, upon binding to various RNAs (2017)
  • 著者名/発表者名: Nesreen Hamad, Tsukasa Mashima,Yudai Yamaoki, Keiko Kondo, Takashi Nagata, Masato Katahira
  • 学会等名: 第19回日本RNA学会年会
• [学会発表] NMR法によるセルラーゼ糖質結合モジュール-リグニン間相互作用の解明 (2017)
  • 著者名/発表者名: 徳永有希、大城理志、永田崇、近藤敬子、西村裕志、片平正人、渡辺隆司
  • 学会等名: 第３１回セルラーゼ研究会
• [学会発表] NMR Analysis of Interaction Mechanism between Carbohydrate Binding Module of Cellulase and Lignin (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuki Tokunaga, Satoshi Oshiro, Keiko Kondo, Takashi Nagata, Hiroshi Nishimura, Masato Katahira, Takashi Watanabe
  • 学会等名: The 2nd Asia Research Node Symposium on Humanosphere Science
  • 国際学会
• [学会発表] HIV-1 RRE由来のRNA断片と人工ペプチドの相互作用の解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 渡邊 なつき，木名瀬智章，永田崇，片平正人，原田和雄，坂本泰一
  • 学会等名: 平成29年度日本生化学会関東支部例会
• [学会発表] TLS/FUSのRNA認識機構と結合に伴うコンフォーメーション変化の研究 (2017)
  • 著者名/発表者名: 真嶋 司, 小澤 駿介, Nesreen Hamad, 米田 竜馬, 黒川 理樹, 永田 崇, 片平 正人
  • 学会等名: 第17回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] High yield production, activity analysis, and homologous modeling of soluble fungal peroxidases expressed in E. coli (2017)
  • 著者名/発表者名: Meng-I Lin, Keiko Kondo, Takashi Nagata, Masato Katahira
  • 学会等名: 第17回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] APOBEC3Gのストランド間移動の実時間NMR法検出 (2017)
  • 著者名/発表者名: 神庭圭佑，永田崇，片平正人
  • 学会等名: 第17回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Highly automated NMR signal assignments using peak-noise recognition assisted by Deep Neural Networks (2017)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi, N., Nagata, T., Kojima, C., and Fujiwara, T.
  • 学会等名: Gordon Research Conference. Computational Aspects-Biomol NMR
  • 国際学会