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細胞システム動態の分岐解析と疾患制御への応用

公募研究

研究領域数理解析に基づく生体シグナル伝達システムの統合的理解
研究課題/領域番号 17H05994
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関東京大学

研究代表者

田中 剛平  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任准教授 (90444075)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2017年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードシグナル伝達系 / 数理モデル / 分岐解析 / 力学系 / 疾病治療 / 細胞システム / 力学系理論 / 非線形 / 複雑系 / アトピー性皮膚炎 / システム生物学 / 薬剤治療 / 免疫 / アレルギー / シグナル伝達 / 疾患
研究実績の概要

本研究では、細胞シグナル伝達系を動的システムと見なして、システムバイオロジーや非線形力学系の観点から解析を行い、細胞動態を理解し解析するための数理科学技術の発展を目指す。

前年度に重点的に解析を行ったアトピー性皮膚炎の数理モデル解析に関しては、いくつかの課題を検討した。投薬が間欠的に行われた場合は、シグナル伝達機構の内部の空間的スイッチに加えて、入力シグナルも時間的にスイッチすることになる。こうした空間的にも時間的にもスイッチ機構を持つモデルの分岐解析の技術的な可能性を検討した。また、症状の定性的変化(特に悪化)は分岐現象に対応するが、事前にその予兆を検出することができれば、早期対策が可能となる。患者の皮膚バリアの状態が計測できると仮定して、どのような量が早期警戒シグナルとなり得るかを検討した。

また本年度は、高次元微分方程式系で表現されるNF-kBシグナル伝達系の数理モデルを効率的に解析する方法を探究し、前処理として必要なモデルの次元縮約について調査した。その結果、(1)感度解析により主要な伝達経路を同定して状態変数を限定する、(2)各状態変数の時間スケールの差を考慮して注目する時間スケールの状態変数のみに限定する、(3)要素の相互作用を表すグラフを発見的なルールに基づいて簡略化する、などの手法が有望であることが分かった。高次元モデルをより低次元モデルに縮約し、分岐解析ソフトで解析するための準備を行った。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2019 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Bifurcation analysis of a mathematical model of atopic dermatitis to determine patient-specific effects of treatments on dynamic phenotypes2018

    • 著者名/発表者名
      G. Tanaka, E. Dominguez-Huttinger, P. Christodoulides, K. Aihara, and R. J Tanaka
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 448 ページ: 66-79

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.04.002

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Bifurcation mechanism for emergence of spontaneous oscillations in coupled heterogeneous excitable units2018

    • 著者名/発表者名
      K. Morino, G. Tanaka, K. Aihara
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 98 号: 5 ページ: 052210-052210

    • DOI

      10.1103/physreve.98.052210

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Robustness of coupled oscillator networks with heterogeneous natural frequencies2017

    • 著者名/発表者名
      T. Yuan and G. Tanaka
    • 雑誌名

      Chaos

      巻: 27 号: 12

    • DOI

      10.1063/1.4991742

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Bifurcation analysis for dynamical behavior in cell systems2019

    • 著者名/発表者名
      G. Tanaka
    • 学会等名
      1st Int. Symp. on Interdisciplinary Approaches to Integrative Understanding of Biological Signaling Networks
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamical Robustness of Coupled Oscillator Networks2017

    • 著者名/発表者名
      G. Tanaka, K. Morino, T. Yuan, and K. Aihara
    • 学会等名
      International workshop on analysis of phase dynamics and its application to biological phenomena
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamical Behavior in Coupled Heterogeneous Excitable Phase Oscillators2017

    • 著者名/発表者名
      K. Morino, G. Tanaka, and K. Aihara
    • 学会等名
      International workshop on analysis of phase dynamics and its application to biological phenomena
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] GT: Publication

    • URL

      http://eeip.t.u-tokyo.ac.jp/gtanaka/publication.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2019-12-27  

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