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蛍光超遠心分析法による分子夾雑環境中での定量的相互作用解析

公募研究

研究領域分子夾雑の生命化学
研究課題/領域番号 18H04555
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
研究機関大阪大学

研究代表者

内山 進  大阪大学, 工学研究科, 教授 (90335381)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2019年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2018年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
キーワード質量分析 / 超遠心分析 / 濃厚溶液 / 相互作用解析 / 分子間相互作用 / 定量 / 蛍光 / Wnt / 蛋白質
研究実績の概要

本年度は、時計タンパク質群Kai、プロテアソーム、トリパノソーマGTP還元など複数の反応系について研究に取り組んだ。どの解析においても幅広いタンパク質濃度域を設定し、定量的な相互作用解析に取り組んだ。Kaiについては、ネイティブ質量分析によりKaiCの6量体にはATPが強い正の協同作用を持ちながら6分子結合することが分かったことから、リン酸化状態を模倣した変異体を作成し、振動にかかわる時計タンパク質KaiBや転写因子SasAとの相互作用をネイティブ質量分析により計測し、それぞれの反応の化学量論の決定を試みた。その結果、SasAは2量体が基本会合体であり、SasAの2量体はKaiBとは異なりKaiCの6量体に非協同的に相互作用し、6:2、6:4、さらに6:6複合体などが形成されることが判明した。
一方、バイオ医薬品である抗体医薬が濃厚状態で液液相分離するメカニズム解明を進めた。すでに利用されている医療用モノクローナル抗体について幅広く濃度および溶媒条件を検索したところ、溶媒条件の設定によっては液液相分離を起こすことを見出した。そこで、相分離が起きる溶媒条件で希薄相と濃厚相での分子間相互作用解析と構造解析を進めた。超遠心沈降速度法の解析の結果、希薄相を形成する濃度域でも会合体を形成するもの、3量体程度のサイズでとどまることが分かった。また、Fab断片を調製し、相互作用解析を行ったところ濃厚相を形成する濃度域であれば、安定的に2量体を形成することが分かった。そこで、濃厚相での相互作用に寄与する部位について、水素重水素交換質量分析による解析を行った。その結果、Fab領域のみならずFc領域の両方に相互作用部位が及んでいたことから、液液相分離にはIgG分子全体が必要である事が分かった。以上、本年度は生体環境を反映した幅広い濃度域での定量的相互作用に複数成功する成果を上げることができた。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 7件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Allosteric regulation accompanied by oligomeric state changes of Trypanosoma brucei GMP reductase through cystathionine-β-synthase domain2020

    • 著者名/発表者名
      Imamura Akira、Okada Tetsuya、Mase Hikaru、Otani Takuya、Kobayashi Tomoka、Tamura Manatsu、Kubata Bruno Kilunga、Inoue Katsuaki、Rambo Robert P.、Uchiyama Susumu、Ishii Kentaro、Nishimura Shigenori、Inui Takashi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1038/s41467-020-15611-3

    • NAID

      120007124034

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Supramolecular tholos-like architecture constituted by archaeal proteins without functional annotation.2020

    • 著者名/発表者名
      Maho Yagi-Utsumi,Arunima Sikdar,Chihong Song,Jimin Park,Rintaro Inoue,Hiroki Watanabe,Raymond N Burton-Smith,Toshiya Kozai,Tatsuya Suzuki,Atsuji Kodama,Kentaro Ishii,Hirokazu Yagi,Tadashi Satoh,Susumu Uchiyama,Takayuki Uchihashi,Keehyoung Joo,Jooyoung Lee,Masaaki Sugiyama,Kazuyoshi Murata,Koichi Kato
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 1540-1540

    • DOI

      10.1038/s41598-020-58371-2

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cooperative binding of KaiB to the KaiC hexamer ensures the accurate circadian clock oscillation in cyanobacteria2019

    • 著者名/発表者名
      Reiko Murakami, Yasuhiro Yunoki, Kentaro Ishii, Kazuki Terauchi, Susumu Uchiyama, Hirokazu Yagi, Koichi Kato
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 20 号: 18 ページ: 4550-4550

    • DOI

      10.3390/ijms20184550

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A head-to-toe dimerization has physiological relevance for ligand-induced inactivation of protein tyrosine receptor type Z2019

    • 著者名/発表者名
      Fujikawa Akihiro、Sugawara Hajime、Tanga Naomi、Ishii Kentaro、Kuboyama Kazuya、Uchiyama Susumu、Suzuki Ryoko、Noda Masaharu
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 294 号: 41 ページ: 14953-14965

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.007878

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ATP hydrolysis by KaiC promotes its KaiA binding in the cyanobacterial circadian clock system2019

    • 著者名/発表者名
      Yunoki Yasuhiro、Ishii Kentaro、Yagi-Utsumi Maho、Murakami Reiko、Uchiyama Susumu、Yagi Hirokazu、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 2 号: 3 ページ: 1-7

    • DOI

      10.26508/lsa.201900368

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mutational and Combinatorial Control of Self-Assembling and Disassembling of Human Proteasome α Subunits2019

    • 著者名/発表者名
      Taichiro Sekiguchi, Tadashi Satoh, Eiji Kurimoto, Chihong Song, Toshiya Kozai, Hiroki Watanabe, Kentaro Ishii, Hirokazu Yagi, Saeko Yanaka, Susumu Uchiyama, Takayuki Uchihashi, Kazuyoshi Murata and Koichi Kato
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 20 号: 9 ページ: 2308-2308

    • DOI

      10.3390/ijms20092308

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Ionic liquids and protein folding-old tricks for new solvents2019

    • 著者名/発表者名
      Wakayama Ryota、Uchiyama Susumu、Hall Damien
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 11 号: 2 ページ: 209-225

    • DOI

      10.1007/s12551-019-00509-2

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Assembly of protein complexes restricts diffusion of Wnt3a proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Takada, R., Mii, Y., Krayukhina, E., Maruyama, Y., Mio, K., Sasaki, Y., Shinkawa, T., Pack, C.-G., Sako, Y., Sato, C., Uchiyama, S., Takada, S.
    • 雑誌名

      Commun. Biol.

      巻: 1 号: 1 ページ: 165-165

    • DOI

      10.1038/s42003-018-0172-x

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Sedimentation velocity analytical ultracentrifugation for characterization of therapeutic antibodies2017

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama Susumu、Noda Masanori、Krayukhina Elena
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 10 号: 2 ページ: 259-269

    • DOI

      10.1007/s12551-017-0374-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Quantitative assessments of intermolecular protein mediated interactions in solution2019

    • 著者名/発表者名
      内山 進
    • 学会等名
      第57会日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 水素重水素交換質量分析法2019

    • 著者名/発表者名
      内山 進
    • 学会等名
      JPrOS2019 JES2019サテライトワークショップ
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] IgGとFcRの相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      山口祐希、内山 進
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 蛍光超遠心分析による血清添加培地中での Wnt3a 蛋白質の相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      内山 進
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2021-01-27  

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