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分子動力学計算によるリポクオリティが脂質-タンパク質相互作用に与える影響の解明

公募研究

研究領域脂質クオリティが解き明かす生命現象
研究課題/領域番号 18H04678
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

山本 詠士  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円)
2019年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
キーワード分子動力学シミュレーション / プレクストリン相同ドメイン / ホスホイノシタイド / イノシトールリン脂質 / リポクオリティ / 脂質ータンパク質相互作用 / 脂質ータンパク相互作用 / 分子シミュレーション / 脂質-タンパク相互作用
研究実績の概要

細胞内シグナル伝達機構や細胞骨格構築機構において、細胞質タンパク質と生体膜に局在するホスホイノシタイド/イノシトールリン脂質(PIPs)との相互作用は重要である。近年の遺伝子改変マウスやヒトの疾患遺伝子解析によって、PIPs代謝酵素の活性異常や変異、またPIPsの脂肪酸組成の違いが、炎症性疾患やがんなどの病理に関与していることが明らかになっている。本研究課題では、脂質―タンパク質相互作用においてリポクオリティが果たす生物学的意義を原子・分子レベルで明らかにするために、細胞質タンパク質に含まれる膜結合部位であるプレクストリン相同(PH)ドメインとホスホイノシタイド(PIP)含有脂質膜のマルチスケール分子動力学シミュレーションを行った。膜内に含まれるPIP濃度に依存してPHドメインと生体膜の結合様式が変化することを明らかにした。特に、GRP1-PHドメインには複数のPIP結合サイト(親和性が強いサイトから弱いサイトまで)が存在しており、PHドメイン周りのPIP濃度に応じて膜表面でのPHドメインの結合状態や膜との結合親和性が変化することがわかった。また、BTK-PHドメインと生体膜との相互作用において、PIPのアシル基の違いが結合親和性に影響を与えることを見出した。特に、アラキドン酸アシル基との相互作用において重要なアミノ酸を同定した。このアミノ酸残基に変異をもつBTK-PHドメインは、人口脂質膜を用いた試験管内での実験においてもリン脂質二重膜への結合活性が減少することが確認された。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書

研究成果

(8件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] オックスフォード大学/リーズ大学(英国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] アメリカ国立衛生研究所/アリゾナ州立大学(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] オックスフォード大学(英国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] Multiple lipid binding sites determine the affinity of PH domains for phosphoinositide-containing membranes2020

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Eiji、Domanski Jan、Naughton Fiona B.、Best Robert B.、Kalli Antreas C.、Stansfeld Phillip J.、Sansom Mark S. P.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6

    • DOI

      10.1126/sciadv.aay5736

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 細胞膜での蛋白質―イノシトールリン脂質相互作用へのアシル基の関与2019

    • 著者名/発表者名
      佐々木雄彦, 山本詠士, 佐々木純子
    • 雑誌名

      医学のあゆみ

      巻: 269 ページ: 1068-1072

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Dynamics of Pleckstrin Homology Domains on a Biological Membrane2019

    • 著者名/発表者名
      Eiji Yamamoto
    • 学会等名
      The 5th International Conference on Molecular Simulation
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] リポクオリティがプレクストリン相同ドメインと生体膜の相互作用に与える影響2018

    • 著者名/発表者名
      山本詠士,佐々木純子,Mark S.P. Sansom,佐々木雄彦
    • 学会等名
      第60回日本脂質生化学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 脂質アシル基の違いがPHドメインの生体膜への結合性に与える影響2018

    • 著者名/発表者名
      山本詠士,佐々木純子,佐々木雄彦
    • 学会等名
      第32回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2021-01-27  

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