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ネッタイツメガエル胚発生における転写因子ー標的遺伝子関係の揺らぎ測定

公募研究

研究領域進化の制約と方向性 ~微生物から多細胞生物までを貫く表現型進化原理の解明~
研究課題/領域番号 18H04825
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

安岡 有理  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 研究員 (70724954)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円)
2019年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2018年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
キーワード進化 / 発生 / ゲノミクス / 遺伝子発現制御 / ChIP-seq / 多型解析 / Otx2 / 頭部形成
研究実績の概要

ネッタイツメガエルNigerian BH系統を用いて5回独立に実験を行い、otx2/5 MO注入胚、コントロールMO注入胚、無注入胚の3条件について、それぞれ5つずつ原腸胚を別々に回収し、1胚RNA-seq解析を行った。遺伝子発現量と同胞胚間の発現のばらつきの関係を検討した結果、同胞胚間でのばらつきと遺伝子発現量の間には顕著な負の相関関係が見出された。さらに、同胞胚5つの平均値の5ペア間でのばらつきと遺伝子発現量の間にも弱いながら負の相関関係が見出された。
次にOtx2/5機能阻害胚で発現が変動した下流遺伝子をペア間で比較した。その結果、1ペア由来の同胞胚群に特異的な下流遺伝子の方が複数のペア間で共通した下流遺伝子よりも発現の揺らぎが大きいことが判明した。この結果は、より揺らぎの大きい遺伝子が、摂動(Otx2/5の機能阻害)に対してより幅をもった応答を示すことを意味する。
RNA-seq解析を行った胚の同胞胚(原腸胚)を用いてOtx2/5に対するChIP-seq解析を行ったところ、各同胞胚群に特異的なChIP-seqピークが存在することを見出した。さらに親個体のゲノムリシーケンス結果と重ね合わせたところ、特異的なChIP-seqピーク領域にはほとんど多型が存在しなかった。これらの結果は、シス制御領域のゲノム配列非依存的な転写因子結合の揺らぎが存在することを示唆している。
同様の実験をIvory Coast系統についても行い、シーケンス解析を大規模解析支援班に依頼したので、今後シーケンスデータを得て系統間での揺らぎを揺らぎを検討する。ChIP-seq、RNA-seq、ゲノムリシーケンスのデータを統合的に解析する手法を開発し、Otx2/5による標的遺伝子発現制御の揺らぎの全体像を把握する。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Morphogenetic mechanisms forming the notochord rod: The turgor pressure‐sheath strength model2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri
    • 雑誌名

      Development, Growth & Differentiation

      巻: 00 号: 6 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1111/dgd.12665

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolution of cis-regulatory modules for the head organizer gene goosecoid in chordates: comparisons between Branchiostoma and Xenopus2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri、Tando Yukiko、Kubokawa Kaoru、Taira Masanori
    • 雑誌名

      Zoological Letters

      巻: 5 号: 1 ページ: 1-17

    • DOI

      10.1186/s40851-019-0143-1

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolutionary History of GLIS Genes Illuminates Their Roles in Cell Reprograming and Ciliogenesis2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri、Matsumoto Masahito、Yagi Ken、Okazaki Yasushi
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 37 号: 1 ページ: 100-109

    • DOI

      10.1093/molbev/msz205

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] De novo transcription of multiple Hox cluster genes takes place simultaneously in early Xenopus tropicalis embryos2019

    • 著者名/発表者名
      Kondo Mariko、Matsuo Megumi、Igarashi Kento、Haramoto Yoshikazu、Yamamoto Takayoshi、Yasuoka Yuuri、Taira Masanori
    • 雑誌名

      Biology Open

      巻: 8

    • DOI

      10.1242/bio.038422

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Microinjection of DNA Constructs into Xenopus Embryos for Gene Misexpression and cis-Regulatory Module Analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri、Taira Masanori
    • 雑誌名

      Cold Spring Harbor Protocols

      巻: 2019 号: 1 ページ: pdb.prot097279-pdb.prot097279

    • DOI

      10.1101/pdb.prot097279

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Molecular Basis of the Gastrula Organizer in Amphibians and Cnidarians2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri、Taira Masanori
    • 雑誌名

      Reproductive and Developmental Strategies. Diversity and Commonality in Animals (Book)

      巻: - ページ: 667-708

    • DOI

      10.1007/978-4-431-56609-0_31

    • ISBN
      9784431566076, 9784431566090
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Genome-wide Measurement for Fluctuation of Gene Regulatory Networks in Xenopus embryos2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri
    • 学会等名
      Xenopus Resources and Emerging Technologies Meeting
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Why was the notail gene lost in many vertebrate lineages?2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri, Satoh Noriyuki
    • 学会等名
      52nd Annual Meeting of JSDB
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Evolutionary History of GLIS Genes Illustrates their Fundamental Roles in Cell Reprogramming and Ciliogenesis2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri, Matsumoto Masayuki, Yagi Ken, Okazaki Yasushi
    • 学会等名
      21st Annual Meeting of the Society of Evolutionary Studies
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Fluctuation of GRN in Xenopus tropicalis embryos2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Yuuri
    • 学会等名
      12th Japan Xenopus Conference
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Complex evolution of brachyury paralogs during vertebrate notochord development2018

    • 著者名/発表者名
      Yuuri Yasuoka and Noriyuki Satoh
    • 学会等名
      第46回内藤コンファレンス
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 脊椎動物の脊索発生におけるBrachyuryパラログの複雑な進化2018

    • 著者名/発表者名
      安岡有理、佐藤矩行
    • 学会等名
      第20回日本進化学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 進化学の視点がリプログラミング研究にどう貢献できるか?2018

    • 著者名/発表者名
      安岡有理
    • 学会等名
      第10回EvoDevo青年の会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ネッタイツメガエル胚発生における転写因子ー標的遺伝子関係の揺らぎ測定2018

    • 著者名/発表者名
      安岡有理
    • 学会等名
      第12回XCIJ首都圏支部会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Keratan sulfate produces “water bags” in embryos2018

    • 著者名/発表者名
      Yuuri Yasuoka
    • 学会等名
      第51回日本発生生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 初期化因子の驚きの進化を解明 -リプログラミング研究に新たな視点を与える-

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2019/20190913_3/index.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2021-01-27  

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