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転写因子によるヒストン修飾制御を介した幹細胞新生の分子機構

公募研究

研究領域植物の生命力を支える多能性幹細胞の基盤原理
研究課題/領域番号 18H04846
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
研究機関基礎生物学研究所

研究代表者

石川 雅樹  基礎生物学研究所, 生物進化研究部門, 助教 (00586894)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
2019年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2018年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
キーワードヒメツリガネゴケ / 転写因子 / ヒストン修飾 / DNA損傷 / 幹細胞 / リプログラミング / 幹細胞化 / クロマチン修飾
研究実績の概要

本研究では、ヒメツリガネゴケのSTEMIN1転写因子によるヒストン修飾変化を誘導する分子機構を解明することを目的とし、本年度では以下の解析を行った。
(1)これまでの解析から、STEMIN1発現誘導後、ゲノムDNAに損傷が入ることが示唆されたため、DNA損傷の指標であるリン酸化型H2A.Xに対する抗体を用いたChIP-seqを行った。ゲノム全体ではSTEMIN1発現誘導前後でのリン酸型H2A.Xシグナルに違いは見られなかったが、いつかの遺伝子領域では、STEMIN1発現誘導よりリン酸型H2A.Xシグナルが増加していた。また、STEMIN1発現誘導における幹細胞化には、DNA修復に機能するXRCC1遺伝子が必要であることが分かった。これらのことから、STEMIN1発現誘導によってゲノムDNAの損傷が誘発され、それにより活性化されるXRCC1を含むDNA修復経路がヒストン修飾変化に関わっているのではないかと考えた。そこで、XRCC1ノックアウト株とCitrineノックイン株を作製し、XRCC1ノックアウト株でのSTEMIN1発現後の遺伝子発現解析とH3K27me3修飾変化、および、STEMIN1発現誘導後のXRCC1-Citrineの細胞内局在変化についての解析を開始した。
(2)クロスリンクを用いた免疫沈降により、STEMIN1結合因子の探索を行う予定であったが、STEMIN1によるヒストン修飾変化の分子機構を明らかにするうえで、XRCC1遺伝子の機能解析が最優先であると考え、(1)の実験に集中した。
(3)幹細胞化している細胞はオーキシンレベルを低い状態に保っているため、オーキシン不活性化酵素GH3を異所的に発現させたところ、STEMIN1プロモーター活性が上昇した。これのことから、オーキシンレベルの低下がSTEMIN1遺伝子の発現を制御している可能性が示唆された。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 4件、 招待講演 5件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Physcomitrella STEMIN transcription factor induces stem cell formation with epigenetic reprogramming2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Ishikawa, Mio Morishita, Yohei Higuchi, Shunsuke Ichikawa, Takaaki Ishikawa, Tomoaki Nishiyama, Yukiko Kabeya, Yukiko, Yuji Hiwatashi, Tetsuya Kurata, Minoru Kubo, Shuji Shigenobu, Yosuke Tamada, Sato Yoshikatsu, Mitsuyasu Hasebe
    • 雑誌名

      Nature Plants

      巻: 5 号: 7 ページ: 681-690

    • DOI

      10.1038/s41477-019-0464-2

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation2019

    • 著者名/発表者名
      Minoru Kubo, Tomoaki Nishiyama, Yosuke Tamada, Ryosuke Sano, Masaki Ishikawa, Takashi Murata, Akihiro Imai, Daniel Lang, Taku Demura, Ralf Reski, Mitsuyasu Hasebe
    • 雑誌名

      Nucleic Acid Research

      巻: in press 号: 9 ページ: 4539-4553

    • DOI

      10.1093/nar/gkz181

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 植物がもつ再生能力の秘密 -分化細胞を幹細胞へと変化させる"ステミン遺伝子"の発見2019

    • 著者名/発表者名
      石川雅樹
    • 雑誌名

      academist Journal

      巻: -

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] ヒメツリガネゴケから見えてきた幹細胞新生におけるオーキシンの役割2020

    • 著者名/発表者名
      石川雅樹, 青山剛士, 長谷部光泰
    • 学会等名
      第61回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヒメツリガネゴケ CDKA の光応答における制御機構2020

    • 著者名/発表者名
      井上夏実, Liang Bao, 菅原駿人, 石川雅樹, 後藤栄治, 関根政実, Ooi-Kock Teh, 長谷部光泰, 和田正三, 藤田知道
    • 学会等名
      第61回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 植物の幹細胞新生を司る分子基盤の解明にむけて2019

    • 著者名/発表者名
      石川雅樹
    • 学会等名
      植物科学シンポジウム2019 SDGsに向けた植物科学の展開
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] STEMIN transcription factor induces stem cell formation with local histone modifications in the moss Physcomitrella patens2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Ishikawa, Mio Morishita, Mitsuyasu Hasebe
    • 学会等名
      Marchantia Workshop 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] STEMIN transcription factor induces reprogramming of differentiated cells to stem cells in the moss Physcomitrella patens2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Ishikawa, Mio Morishita, Yukiko Kabeya, Mitsuyasu Hasebe
    • 学会等名
      International Symposium: Principles of pluripotent stem cells underlying plant vitality
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] STEMIN1 transcription factor induces stem cell formation with local histone modifications in the moss Physcomitrella patens2019

    • 著者名/発表者名
      Mio Morishita, Masaki Ishikawa, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Yosuke Tamada, Mitsuyasu Hasebe
    • 学会等名
      International Symposium: Principles of pluripotent stem cells underlying plant vitality
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Requirement Of Kinase Activity Of CDKA On The Novel Functions In The Moss, Physcomitrella patens2019

    • 著者名/発表者名
      Eggie Febrianto Ginanjar, Masaki Ishikawa, Masami Sekine, Natsumi Inoue, Mitsuyasu Hasebe, Ooi-Kock Teh, Tomomichi Fujita
    • 学会等名
      第60回 日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 陸上植物がもつ細胞の分化状態を打破するシステム2018

    • 著者名/発表者名
      石川雅樹, 森下美生, 重信秀治, 長谷部光泰
    • 学会等名
      日本植物学会第82回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA damage induces cellular reprogramming of differentiated cells to stem cells in the moss Physcomitrella patens2018

    • 著者名/発表者名
      Nan Gu, Yosuke Tamada, Akihiro Imai, Gergo Palfalvi, Shuji Shigenobu, Masaki Ishikawa, Chunli Chen, Mitsuyasu Hasebe
    • 学会等名
      日本遺伝学会第90回大会 国際シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA-seq data analysis of CDKA double knockout in Physcomitrella patens and investigation into affected potassium transport and photosynthesis pathways2018

    • 著者名/発表者名
      Brody Frink, Atsushi Takabayashi, Masaki Ishikawa, Yuzuru Suzuki, Sumio Sagano Ayumi, Tanaka, Mitsuyasu Hasebe, Tomomichi Fujita
    • 学会等名
      日本植物学会第82回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 基礎生物学研究所 生物進化研究部門

    • URL

      http://www.nibb.ac.jp/sections/evolutionary_biology_and_biodiversity/hasebe/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
  • [備考] 基礎生物学研究所 生物進化研究部門 長谷部研究室

    • URL

      http://www.nibb.ac.jp/evodevo/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
  • [備考] 研究成果:単独で普通の細胞を直に幹細胞に変えるステミン遺伝子の発見

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] https://www.nibb.ac.jp/press/2019/07/09.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2021-01-27  

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