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がんシステムの新次元理解に向けたプロテオゲノムビッグデータ解析基盤の構築

公募研究

研究領域がんシステムの新次元俯瞰と攻略
研究課題/領域番号 18H04899
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
研究機関名古屋大学

研究代表者

松井 佑介  名古屋大学, 医学系研究科, 准教授 (90761495)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
12,220千円 (直接経費: 9,400千円、間接経費: 2,820千円)
2019年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2018年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
キーワード生命情報学 / 統計科学 / 情報科学 / プロテオゲノムデータ解析 / 蛋白質複合体の活性推定 / パイプライン開発 / 生体生命情報学
研究実績の概要

がん特異的な異常タンパク質のゲノム依存的な発現制御機構を複合体レベルにおいて解明するための解析手法を開発した。具体的な開発項目は以下の二つである。
◇プロテオーム情報に基づくタンパク質複合体の推定手法とがん特異的な活性異常の同定手法の開発
◇タンパク質複合体のがん特異的異常へ繋がるゲノム変異因子の同定手法
CORUMから4000におよぶタンパク質複合体の構成タンパク質情報を集約するとともに、共発現ネットワークのモジュール構造に基づき推定するデータ駆動型手法を開発した。がん特異的な複合体異常の同定には、コピュラと呼ばれる統計的枠組みを新たに導入することでプロテオームデータ特有の欠損値によるノイズの影響に対して、既存手法と比較してロバストな共発現変動解析手法を開発した。またタンパク質複合体異常へ繋がるゲノム変異を同定手法を開発し、サブユニットへの単一の変異により複合体全体の活性度が低下する複合体を、腎癌と大腸癌の大規模プロテオームコホートデータを用いて明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] niversity of California, San Diego/NIH(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Genome Institute of Singapore(シンガポール)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Coordinated demethylation of H3K9 and H3K27 is required for rapid inflammatory responses of endothelial cells2020

    • 著者名/発表者名
      Higashijima Y, Matsui Y, Shimamura T, Nakaki R, Nagai N, Tsutsumi S, Abe Y, Link VM, Osaka M, Yoshida M, Watanabe R, Tanaka T, Taguchi A, Miura M, Ruan X, Li G, Inoue T, Nangaku M, Kimura H, Furukawa T, Aburatani H, Wada Y, Ruan Y, Glass CK, Kanki Y
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 39 号: 7 ページ: 1-1

    • DOI

      10.15252/embj.2019103949

    • NAID

      120006902140

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pathogenic Epigenetic Consequences of Genetic Alterations in IDH-Wild-Type Diffuse Astrocytic Gliomas2019

    • 著者名/発表者名
      Ohka Fumiharu、Shinjo Keiko、Deguchi Shoichi、Matsui Yusuke et al.
    • 雑誌名

      Cancer Research

      巻: 79 号: 19 ページ: 4814-4827

    • DOI

      10.1158/0008-5472.can-19-1272

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Network of Networks Approach for Modeling Interconnected Brain Tissue-Specific Networks.2019

    • 著者名/発表者名
      Kawakubo H, Matsui Y, Kushima I, Ozaki N, Shimamura T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: - 号: 17 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btz032

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition2019

    • 著者名/発表者名
      Matsu Y, Miyano S, Shimamura T
    • 雑誌名

      LNBI

      巻: 10834 ページ: 115-123

    • DOI

      10.1007/978-3-030-14160-8_12

    • ISBN
      9783030141592, 9783030141608
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] GIMLET: Identifying biological modulators in context-specific gene regulation using local energy statistics2019

    • 著者名/発表者名
      Shimamura T, Matsui Y, Kajino T, Ito S, Takahashi T, Miyano S
    • 雑誌名

      LNBI

      巻: 10834 ページ: 124-137

    • DOI

      10.1007/978-3-030-14160-8_13

    • ISBN
      9783030141592, 9783030141608
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Toward Achieving Precision Health Driven by Biomedical Informatics with Data Science2019

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Matsui
    • 学会等名
      Data Science, Statistics and Visualization 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 確率生成モデルを用いたRNA-seqデータの解析2019

    • 著者名/発表者名
      松井佑介
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析 : 病態解明から個別化医療, ゲノム創薬まで2018

    • 著者名/発表者名
      松井佑介・島村徹平(分担執筆)
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      メディカルドゥ
    • ISBN
      9784944157631
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2021-01-27  

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