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狩猟採集から農耕への移行と集団多様性の変化に関するゲノム研究

公募研究

研究領域パレオアジア文化史学ーアジア新人文化形成プロセスの総合的研究
研究課題/領域番号 19H04526
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 人文・社会系
研究機関東京大学

研究代表者

太田 博樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
2020年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2019年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
キーワード古代ゲノム解析 / 縄文人 / 東ユーラシア / 伊川津貝塚遺跡 / 東南アジア人類集団 / 次世代シークエンサー / ドラフト全ゲノム配列 / 遺伝子流動 / ゲノム / 少数民族 / 古人骨 / 狩猟採取 / 農耕 / 古代ゲノム / 古人骨DNA / ゲノム網羅的SNP解析 / sex-biased migration / 狩猟採集
研究開始時の研究の概要

狩猟採集社会から農耕社会への移行期に当時のヒト集団がどのようなゲノム多様性の変化を経験したか?を明らかにすることを目的とし、本研究期間中には、現在タイ国内で生活する異なる生業形態の集団および古代ボリビアで狩猟採集から農耕への移行期のヒト集団を対象とした、ゲノム網羅的データ解析をおこない、生業形態と集団ゲノム構造の共進化プロセスを明らかにする。

研究実績の概要

次世代シークエンサー(NGS)の登場以来、最近10年あまりで、古代ゲノム解析は人類進化研究にとって重要な発見を次々に提供している。ネアンデルタール人のゲノム解析は、現生人類(ヒト)とネアンデルタール人の交雑の証拠を示し、アルタイ山脈の洞窟で見つかった小指の骨からのゲノム情報は、現生人類でもネアンデルタール人でもないデニソワ人の存在を示した。古代型人類のゲノム解析だけでなく、現生人類の古い骨からゲノム情報が得られ、出アフリカ以降のヒトの移住や交雑の集団史が詳細に議論されている。
日本列島は温暖湿潤で、しかも酸性土壌のため、死後、土中の人骨にDNAが残りにくい。こうした自然の悪条件もあり、本邦の古代ゲノム学は残念ながら欧米に大きく遅れをとった。しかし、私達の研究グループは、2018年に伊川津縄文人(IK002)のドラフト全ゲノム配列(1.85xカバレジ)を発表し、続いて2020年に、さらにIK002ドラフト全ゲノム配列の詳細な解析を論文としてまとめた。この解析結果から、IK002の祖先系統は、東アジア人の祖先が東南アジア人の祖先と分岐した直後に分岐した非常に古い系統であり、ヒマラヤ山脈以北を通って東ユーラシアにやって来た系統の遺伝子流動の影響はほとんど無かったことが明らかになった。
さらに私たちは、これまで培ってきた古代ゲノム解析の技術を応用し、糞石(糞便の化石)や古代土壌のゲノム解析の技術開発を進めている。チベットで発見された古代型人類と思われる骨にはDNAが残存していなかった。しかし、この標本が発見された洞窟の土壌に含まれる古代DNAを分析し、デニソヴァ人のmtDNAが、複数の地層から検出された。古代環境DNAは、糞石ゲノム解析とほとんど同じ技術で分析できる。人骨が残りにくい酸性土壌の日本列島では、古代土壌ゲノム解析は非常に有効であることが期待できる。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (8件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 4件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] University of Copenhagen(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] University College Dublin/Trinity College Dublin(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Wisconsin-Oshkosh(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] Borschiv Regional Museum(ウクライナ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Copenhagen(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Trinity College Dublin(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] University of San Andres(ボリビア)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Khon Kaen University/Thaksin University/Silpakorn University(タイ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Paleogenomics of human remains in East Asia and Yaponesia focusing on current advances and future directions2021

    • 著者名/発表者名
      KOGANEBUCHI KAE、OOTA HIROKI
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 129 号: 1 ページ: 59-69

    • DOI

      10.1537/ase.2011302

    • NAID

      130008030445

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Ancient Jomon genome sequence analysis sheds light on migration patterns of early East Asian populations2020

    • 著者名/発表者名
      Gakuhari T. ,Yoneda M. et.al.
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 3 号: 1 ページ: 1-40

    • DOI

      10.1038/s42003-020-01162-2

    • NAID

      120007168801

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Analysis of ancient human mitochondrial DNA from Verteba Cave, Ukraine: insights into the Late Neolithic-Chalcolithic Cucuteni–Tripolye culture2020

    • 著者名/発表者名
      R. Schmidt*, K. Wakabayashi, D. Waku, T. Gakuhari, K. Koganebuchi, M. Ogawa, J. Karsten, M. Sokhatsky, H. Oota*
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 128 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1537/ase.200205

    • NAID

      130007836977

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Jomon genome sheds light on East Asian population history2019

    • 著者名/発表者名
      Matsumae H*†, Savage PE*†, Ranacher P†, Blasi DE*, Currie TE, Sato T, Tajima A, Brown S, Stoneking M,Shimizu KK, Oota H*, Bickel B
    • 雑誌名

      BioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/579177

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Genome of Jomon people and peopling history of East Eurasians2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Oota
    • 学会等名
      Genome Concept Centennial Conference (online)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Adaptation to cultural environments found in human genome diversity2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Oota
    • 学会等名
      UTokyo Symposium 2019 “Crossing Boundaries: Migration, Mediation, Morality”
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 東・東南アジア以東におけるヒトの遺伝的多様性について~古人骨ゲノム 解析を中心として/Genetic diversity of East/Southeast Asian populations: Ancient DNA analysis talks2019

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      新学術領域研究『パレオアジア文化史学』 第8回研究大会 ワークショップ「東アジアー東南アジアにおける人類の拡散:生態資源と利用法の多様性からのアプローチ」
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムからみた現生人類集団の移動と分化と交雑/Dispersal, differentiation and admixture or introgression of human populations revealed by ancient and present-day genomes2019

    • 著者名/発表者名
      高畑尚之(B02)・澤藤りかい(A01)・太田博樹(B02)
    • 学会等名
      新学術領域研究『パレオアジア文化史学』 第8回研究大会 ワークショップ「東アジアー東南アジアにおける人類の拡散:生態資源と利用法の多様性からのアプローチ」
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] ゲノム人類学研究室

    • URL

      http://www.bs.s.u-tokyo.ac.jp/~genomeanthro/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

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