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糖鎖間相互作用のアシンメトリックな階層構造の解明と制御

公募研究

研究領域配位アシンメトリー:非対称配位圏設計と異方集積化が拓く新物質科学
研究課題/領域番号 19H04569
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関北陸先端科学技術大学院大学

研究代表者

山口 拓実  北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 准教授 (60522430)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2020年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2019年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード糖鎖 / NMR / ランタニド / 分子シミュレーション / 多価相互作用 / 過渡的相互作用
研究開始時の研究の概要

生体内の糖鎖は、分子単位と集積様式のアシンメトリックな配位圏を超階層的に結びつけ、高次機能を発現している。本研究は、糖鎖間相互作用の構造基盤解明および糖鎖集積による細胞接着様機能の創出を通し、糖鎖機能の発現機構解明と新たな機能創発を目指す。そこで、高感度な分子分光実験を実施し、金属イオンによって誘起される糖鎖錯体の構造を明らかにする。さらに、弱い分子間相互作用を補うために糖鎖クラスターを合成する。糖鎖カートリッジの設計によって糖鎖を簡便に集積することで、細胞様の分子認識能や接着能を付与した物質を創出する。これを用いて、糖鎖が示す配位アシンメトリーの超階層構造と機能の連関を読み解いていく。

研究実績の概要

本研究では非対称配位圏を生み出す分子群として糖鎖に着目し、配位アシンメトリーの生物学的要素を物質化学の機能設計指針へと還元することを目指した。そこで、主にNMR分光法と計算化学手法を用いて新たな解析法の確立に取り組むとともに、糖鎖や関連化合物の構造・相互作用解析を行った。
多くの複合糖質や多糖類に含まれるシアル酸やアミノ糖類の一般的な代謝前駆体であるグルコサミンをモデルとして、固体NMR計測と量子化学計算から、水酸基に関する各種NMRパラメータを推定することに成功した。固体NMR計測で得られるパラメータは、僅かな二面角の変位に敏感に反応することが知られており、非対称配位化合物の構造情報取得に有効な手法となると期待される。また、溶液NMR法による多次元計測を利用して、糖鎖を含有する合成高分子の多点相互作用の解析や、アシンメトリックな超分子錯体の構造解析を進めた。
一方、ランタニドの常磁性効果を利用したNMR計測と分子動力学シミュレーションを組み合わせた、糖鎖の動態解析を通して得られた大規模なデータに対し、情報科学的な解析を行うことに取り組んだ。非線形データの分析法を活用し、分子全体の自由度を包括的に取り扱う方法論を樹立した。これにより、細胞内レクチンへの識別標識となる種々のオリゴ糖鎖が取り得る配座の違いを見出すことができた。この方法は、様々なソフトマテリアルの動的構造解析へ応用できるものと期待される。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Comprehensive characterization of oligosaccharide conformational ensembles with conformer classification by free-energy landscape via reproductive kernel Hilbert space2021

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Tokio、Yagi Hirokazu、Yanaka Saeko、Yamaguchi Takumi、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: - 号: 16 ページ: 9753-9760

    • DOI

      10.1039/d0cp06448c

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Delineating the Dynamic Conformations of Oligosaccharides by Combining Molecular Simulation and NMR Spectroscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Takumi
    • 雑誌名

      Trends in Glycoscience and Glycotechnology

      巻: 32 号: 187 ページ: E93-E98

    • DOI

      10.4052/tigg.2013.2E

    • NAID

      130007846149

    • ISSN
      0915-7352, 1883-2113
    • 年月日
      2020-05-25
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solid-state 17O NMR analysis of synthetically 17O-enriched D-glucosamine2020

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiko Yamada, Yoshiki Yamaguchi, Yoshinori Uekusa, Kazumasa Aoki, Ichio Shima, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 749 ページ: 137455-137455

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2020.137455

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Remodeling of the Oligosaccharide Conformational Space in the Prebound State To Improve Lectin-Binding Affinity2019

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Tatsuya、Yanaka Saeko、Watanabe Tokio、Yan Gengwei、Satoh Tadashi、Yagi Hirokazu、Yamaguchi Takumi、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: - 号: 34 ページ: 3180-3185

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00594

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] NMR緩和解析に基づいたルイスX糖鎖の糖パッカリングのダイナミクス制御2020

    • 著者名/発表者名
      龍岡博亮、鈴木達也、加藤晃一、山口拓実
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ネオ糖脂質の動的形成を利用したジャイアントベシクルの形態制御2020

    • 著者名/発表者名
      稲葉秋星, 松尾 宗征, 栗原 顕輔, 山口拓実
    • 学会等名
      日本化学会第100春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 糖鎖コンフォメーション空間の改変による糖-タンパク質間相互作用の制御2019

    • 著者名/発表者名
      山口拓実, 鈴木達哉, 龍岡博亮, 谷中冴子, 矢木宏和, 佐藤匡史, 加藤晃一
    • 学会等名
      第17回ホスト-ゲスト超分子化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] シッフ塩基形成を利用した糖鎖の動的集積2019

    • 著者名/発表者名
      稲葉秋星, 森 一樹, 栗原顕輔, 山口拓実
    • 学会等名
      生体機能関連化学部会若手の会 第31回サマースクール
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 常磁性NMR計測を活用した糖鎖の動的立体構造解析法の開発2019

    • 著者名/発表者名
      山口拓実
    • 学会等名
      第38回日本糖質学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 未結合状態の糖鎖のコンフォメーション空間の改変によるレクチン親和性の向上2019

    • 著者名/発表者名
      鈴木達哉, 谷中冴子, 渡邉東紀男, Gengwei Yan, 佐藤匡史, 矢木宏和, 山口拓実, 加藤晃一
    • 学会等名
      第38回日本糖質学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

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