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ニッケル含有補欠分子族F430の生合成酵素の触媒機構解明

公募研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 19H04639
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関埼玉大学

研究代表者

藤城 貴史  埼玉大学, 理工学研究科, 准教授 (20740450)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2020年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2019年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
キーワード生合成 / ニッケル / 補酵素 / X線結晶構造解析 / 反応中間体 / 補因子 / coenzyme F430 / 反応機構 / 補欠分子族
研究開始時の研究の概要

ニッケルは、通常生物にとっては毒ですが、一部の生物は「F430」と呼ばれる補因子の形で、細胞内でのエネルギー獲得に積極的に利用しています。そこで、F430の生合成酵素に注目し、その酵素が細胞内にごく微量しか存在しないニッケルを巧みに利用する仕組みを解明するともに、細胞内でその酵素を遺伝子工学的に作り変えることで、F430をベースとした新たなニッケル化合物を産生し、その酵素触媒としての利用可能性を示します。

研究実績の概要

環状テトラピロール型金属補因子は、ヘムやビタミンB12に代表される化合物群であり、酵素の活性中心などで広く利用されている。環状テトラピロール型金属補因子の基本構造は、環状テトラピロールの中央の穴に金属イオンが結合した、金属錯体型構造を取っており、環状テトラピロールと金属イオンの組み合わせにより、多様な機能が発現することから、魅力的な化合物群である。ごく最近、希少金属であるニッケルイオンを利用した珍しい環状テトラピロール型金属補因子「補酵素F430」の生合成cfbABCDE遺伝子群が同定され、それらがコードする生合成酵素の仕組みが注目されている。
本研究では、古細菌特有のニッケル含有環状テトラピロール型金属補因子である「補酵素F430」の生合成酵素のうち、最も重要なニッケルを基質とするCfbA酵素の分子機構解明を目指した。CfbAは、ニッケルイオンを、基質である環状テトラピロール「シロヒドロクロリン」に結合させ、生合成中間体「ニッケル-シロヒドロクロリン」を合成する。CfbAの基質、生成物結合型、および、反応中間体型のX線結晶構造解析を行い、活性部位に基質が結合したのち、酵素-基質-ニッケルの3者複合体型Ni錯体が形成することで、生成物を生み出すユニークな触媒機構が明らかとなった。さらに、様々な古細菌のCfbAのアミノ酸配列を用いた分子系統解析から、CfbAがII型キラターゼの祖先型であること、また、CfbAのHis-rich領域の有無により、さらにType I とType II のCfbAに細かく分類可能であることが明らかとなった。興味深いことに、Type I とType IIのCfbA 分類は、古細菌であるメタン菌の16S rRNA分子系統解析におけるclass I、class IIの分かれ方と一致しており、メタン菌の進化とCfbAの関連が示された。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Fujishiro Takashi、Ogawa Shoko
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 12 号: 6 ページ: 2172-2180

    • DOI

      10.1039/d0sc05439a

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure of sirohydrochlorin ferrochelatase SirB: the last of the structures of the class II chelatase family2019

    • 著者名/発表者名
      Fujishiro Takashi、Shimada Yukino、Nakamura Ryosuke、Ooi Miho
    • 雑誌名

      Dalton Transactions

      巻: 48 号: 18 ページ: 6083-6090

    • DOI

      10.1039/c8dt04727h

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Structure-function relationship of sirohydrochlorin ferrochelatase SirB2019

    • 著者名/発表者名
      T. Fujishiro, Y. Shimada, R. Nakamura, M. Ooi
    • 学会等名
      19th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC19)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] Bioorganometallic Chemistry, Part I: chapter 2 Hydrogen development2020

    • 著者名/発表者名
      Wolfgang Weigand, Ulf-Peter Apfel, Marius Horch, Lenz Zebger and Takashi Fujishiro
    • 総ページ数
      30
    • 出版者
      De Gruyter
    • ISBN
      9783110496505
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] Bioorganometallic Chemistry2020

    • 著者名/発表者名
      Prof. Dr. Wolfgang Weigand and Dr. Ulf-Peter Apfel, Ed.
    • 総ページ数
      370
    • 出版者
      De Gruyter
    • ISBN
      9783110496505
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

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