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巨大ウイルスの構造からみるウイルス多様性と系統進化の研究2

公募研究

研究領域ネオウイルス学:生命源流から超個体、そしてエコ・スフィアーへ
研究課題/領域番号 19H04845
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究 (2020)
生理学研究所 (2019)

研究代表者

村田 和義  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究, 生命創成探究センター, 特任教授 (20311201)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワード巨大ウイルス / 電子顕微鏡 / 構造 / 系統進化
研究開始時の研究の概要

本研究では、前回の公募研究の成果を踏まえて、以下に示すさらに詳細な巨大ウイルスの比較形態学に挑む。そして、複製可能な最小構造体であるはずのウイルスが何故このように巨大化して多様化したか、細胞性生物との間にどのような相互関係があるのかを、ゲノム系統樹およびその生息分布と照らし合わせることで考察する。

研究実績の概要

本研究では、巨大ウイルスの構造および形態を、クライオ電子顕微鏡(クライオ電顕)を用いて分子レベルで解析し、既知のものと合わせて比較分類することによって構造学的な系統進化をたどる。この目的のために、直径が共に約250 nmの正二十面体巨大ウイルスのトーキョーウイルス(TkV)とメドゥーサウイルス(MedV)について、構造解析を行い得られた構造を比較した。
①TkVの構造解析:本解析では、大阪大学超高圧電顕センターの1000kV超高圧クライオ電顕を用いてデータ収集し、単粒子解析することで0.77 nm分解能のキャプシド全体のクライオ電顕マップを得ることができた。このマップから、TkVの表面が他のウイルスとも相同性の高いメジャーキャプシドタンパク質(MCP)で覆われるとともに、MCPの配向を支える約10種類のマイナーキャプシドタンパク質(mCP)からなることが明らかになった。
②MedVの構造解析: 本解析では、大阪大学蛋白質研究所の300kVクライオ電顕を用いてデータ収集し、単粒子解析することで1.95 nm分解能のキャプシド全体のクライオ電顕マップを得ることができた。MedVもTkVと同じく表面がMCPによって覆われているが、MCPの外側に長さと幅が異なる3種類のスパイク状の突起をもつこと、TkVのように発達したmCPを持たないことが明らかになった。
今回の解析で明らかになった2種類の正二十面体巨大ウイルスの構造は、これまでに報告されている同様の正二十面体ウイルスのPBCV-1やASFVなどとは、MCP以外は非常に異なるキャプシド構造を持っており、巨大ウイルスの構造の多様性を示す結果となった。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] ウプサラ大学(スウェーデン)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] ウプサラ大学(スウェーデン)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Fifteen Marseilleviruses Newly Isolated from Three Water Samples in Japan Reveal a Local Diversity of Marseilleviridae.2019

    • 著者名/発表者名
      Aoki K, Hagiwara R, Akashi M, Murata K, Ogata H, Takemura M
    • 雑誌名

      Front Microbiol

      巻: 10 ページ: 1152-1152

    • DOI

      10.3389/fmicb.2019.01152

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Particle maturation process of Medusavirus2021

    • 著者名/発表者名
      Ryoto Watanabe, Chihong Song, Yoko Kayama, Masaharu Takemura, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      第3回 ExCELLS 若手リトリート
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Particle maturation process of Medusavirus2021

    • 著者名/発表者名
      Ryoto Watanabe, Chihong Song, Yoko Kayama, Masaharu Takemura, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      第2回CIBoGリトリート(第13回NAGOYAグローバルリトリート)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 巨大ウイルスから物質と生命との境界を探る2021

    • 著者名/発表者名
      村田和義
    • 学会等名
      第31回自然科学研究機構シンポジウム ― 生きているとは何か? ―
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Particle maturation process of Medusavirus2020

    • 著者名/発表者名
      Ryoto Watanabe, Chihong Song, Yoko Kayama, Masaharu Takemura, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      第3回 ExCELLSシンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Single particle cryo-EM of Tokyovirus2020

    • 著者名/発表者名
      Akane Chihara, Chiohing Song, Kenta Okamoto, Masaharu Takemura, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      ABiS Symposium "Forefront and Future of Electron Microscopic Imaging"
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Study of particle structure and its formation process of a new giant virus, Medusa virus2020

    • 著者名/発表者名
      Ryoto Watanabe, Chihong Song, Yoko Kayama, Masaharu Takemura, Kazuyoshi Murata
    • 学会等名
      ABiS Symposium "Forefront and Future of Electron Microscopic Imaging"
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] トーキョーウイルスカプシドの構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      千原 あかね, ソン チホン, 岡本 健太, 武村 政春, 村田 和義
    • 学会等名
      生理研研究会「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の高分解能単粒子構造解析」
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 新規巨大ウイルス、メドゥーサウイルスの構造と成熟に関する研究2019

    • 著者名/発表者名
      渡邉 凌人, ソン チホン, 香山 容子, 武村 政春, 村田 和義
    • 学会等名
      生理研研究会「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の高分解能単粒子構造解析」
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] ネオウイルス学2021

    • 著者名/発表者名
      河岡義裕, 岩見 真吾, 大場 靖子, 川口 寧, 佐藤 佳, 澤 洋文, 鈴木 信弘, 高橋 英樹, 朝長 啓造, 中川 草, 長崎 慶三, 西浦 博, 野田 岳志, 古瀬 祐気, 堀江 真行, 牧野 晶子, 松浦 善治, 松野 啓太, 村田 和義, 望月 智弘, 渡辺 登喜子
    • 総ページ数
      320
    • 出版者
      集英社新書
    • ISBN
      9784087211597
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

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