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花成誘導の光周期依存経路における制御タンパク質複合体の構造基盤解明

公募研究

研究領域植物新種誕生の原理―生殖過程の鍵と鍵穴の分子実態解明を通じて―
研究課題/領域番号 19H04855
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

宮川 拓也  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任准教授 (50596559)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
2020年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2019年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
キーワード植物 / 花成誘導 / 光周期応答 / 蛋白質間相互作用 / 複合体構造解析 / X線結晶構造解析
研究開始時の研究の概要

光周期依存経路は植物の開花時期を決定する重要な発生制御機構の一つである。この経路において花成ホルモンの発現を調節する中心的な転写因子CONSTANS(CO)は、光応答性のタンパク質分解システムにより転写と翻訳後修飾の二段階で調節されている。本研究では、この光依存的な調節機構を構造生物学の手法を用いて解明するとともに、長日・短日植物における機構の差異を説明する新規知見を得ることを目指す。

研究実績の概要

光周期依存経路は、日長という環境要因を植物が感知することで花成が促進される外因的経路であり、植物の開花時期を決定する重要な発生制御機構の一つである。この経路の中心的な転写因子であるCONSTANS(CO)は、光応答性のE3ユビキチンリガーゼにより転写と翻訳後修飾の二段階で調節されている。本研究では、CO及びその転写抑制因子CDF1の分解を導くE3ユビキチンリガーゼの光依存的な機能変換機構にアプローチするため、コムギ胚芽無細胞合成系を用いて、E3ユビキチンリガーゼ複合体のin vitro再構成系を確立した。さらにこの再構成系を用いた相互作用アッセイにより、CDF1が「E3ユビキチンリガーゼFKF1に恒常的に結合する領域」と「FKF1の光センサーであるLOVドメインにGIタンパク質を介して結合する領域」が特定され、光依存的なCDF1制御モデルをアップデートする知見が得られた。
葯・花粉の発達に関わる遺伝子等の転写調節に機能するブラシノステロイド(BR)のシグナル伝達機構では、そのマスター転写因子であるBZR転写因子のDNA配列特異性とその構造基盤の解明に取り組んだ。DAP-seqデータとマイクロアレイのゲノムワイド解析により、BZR転写因子が単独で強く結合可能なDNAプロモーター上のG-box配列を認識した場合の遺伝子発現の制御パターンが明らかになった。また、BZR転写因子のG-box配列に対する親和性はそれに隣接する両側2塩基の組み合わせに強く影響されることが分かり、BIL1/BZR1が特有のDNA主鎖リン酸基との相互作用ネットワークを利用することで、BIL1/BZR1と結合が可能な特定のDNAコンホメーション変化を許容する隣接塩基パターンを認識する仕組みが示された。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Highlighting the potential utility of MBP crystallization chaperone for Arabidopsis BIL1/BZR1 transcription factor-DNA complex2021

    • 著者名/発表者名
      Nosaki Shohei、Terada Tohru、Nakamura Akira、Hirabayashi Kei、Xu Yuqun、Bui Thi Bao Chau、Nakano Takeshi、Tanokura Masaru、Miyakawa Takuya
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 3879-3879

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83532-2

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] NIGT1 family proteins exhibit dual mode DNA recognition to regulate nutrient responseassociated genes in Arabidopsis2020

    • 著者名/発表者名
      Ueda Yoshiaki、Nosaki Shohei、Sakuraba Yasuhito、Miyakawa Takuya、Kiba Takatoshi、Tanokura Masaru、Yanagisawa Shuichi
    • 雑誌名

      PLOS Genetics

      巻: 16 号: 11 ページ: 1-27

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1009197

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural bases of IMiD selectivity that emerges by 5-hydroxythalidomide2020

    • 著者名/発表者名
      Furihata Hirotake、Yamanaka Satoshi、Honda Toshiaki、Miyauchi Yumiko、Asano Atsuko、Shibata Norio、Tanokura Masaru、Sawasaki Tatsuya、Miyakawa Takuya
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 号: 1 ページ: 4578-4578

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18488-4

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular basis for substrate recognition and catalysis by a marine bacterial laminarinase2020

    • 著者名/発表者名
      Yang J, Xu Y, Miyakawa T, Long L, Tanokura M
    • 雑誌名

      Appl Environ Microbiol

      巻: 86 号: 23

    • DOI

      10.1128/aem.01796-20

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular basis of strigolactone perception in root-parasitic plants: aiming to control its germination with strigolactone agonists/antagonists2020

    • 著者名/発表者名
      Miyakawa T, Xu Y, Tanokura M
    • 雑誌名

      Cell Mol Life Sci

      巻: 77 号: 6 ページ: 1103-1113

    • DOI

      10.1007/s00018-019-03318-8

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural comparisons of phosphoenolpyruvate carboxykinases reveal the evolutionary trajectories of these phosphodiester energy conversion enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Chiba Y, Miyakawa T, Shimane Y, Takai K, Tanokura M, Nozaki T
    • 雑誌名

      J Biol Chem

      巻: 294 号: 50 ページ: 19269-19278

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.010920

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] タンパク質構造解析セミナー2020

    • 著者名/発表者名
      宮川拓也
    • 学会等名
      植物生長調節物質若手研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 硝酸に応答して根粒共生を抑制するNLPを介した転写制御機構の解析2020

    • 著者名/発表者名
      西田帆那, 野崎翔平, 鈴木孝征, 伊藤百代, 宮川拓也, 西嶋遼, 田之倉優, 川口正代司, 川勝泰二, 寿崎拓哉
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ブラシノステロイド情報伝達における鍵転写因子のDNA結合特異性の究明2020

    • 著者名/発表者名
      野崎翔平, 宮川拓也, 光田展隆, 寺田透, 山上あゆみ, 徐玉群, Bui Thi Bao Chau, 中野雄司, 田之倉優
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] BES/BZR転写因子の競争的関係性は維管束幹細胞制御の堅牢性に貢献す2020

    • 著者名/発表者名
      古谷朋之, 齊藤真人, 内村悠, 佐竹暁子, 野﨑翔平, 宮川拓也, 島津舜治, 矢守航, 田之倉優, 福田裕穂, 近藤侑貴
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 免疫調節薬サリドマイドの標的分子への作用が体内代謝で変化する仕組み2020

    • 著者名/発表者名
      降旗大岳, 山中聡士, 本田敏章, 柴田哲男, 田之倉優, 澤崎達也, 宮川拓也
    • 学会等名
      第29回日本バイオイメージング学会学術集会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] サリドマイド代謝物によるC2H2型ジンクフィンガーの分解選択性の構造基盤2020

    • 著者名/発表者名
      降旗大岳, 山中聡士, 本田敏章, 柴田哲男, 田之倉優, 澤崎達也, 宮川拓也
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ブラシノステロイドのマスター転写因子BIL1/BZR1のプロモーター選択特異性の解明2020

    • 著者名/発表者名
      野崎翔平, 宮川拓也, 光田展隆, 寺田透, 山上あゆみ, 中野雄司, 田之倉優
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 糸状菌の持つ分泌型ホスホリパーゼA2の構造および機能解析2020

    • 著者名/発表者名
      関口永莉, 宮川拓也, 田之倉優, 吉田稔, 有岡学
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis for the substrate specificity of phosphoenolpyruvate carboxykinases as phosphodiester energy-conversion enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Miyakawa T, Chiba Y, Shimane Y, Tanokura M
    • 学会等名
      The 6th International Symposium on Bioimaging/The 28th Annual Meeting of Bioimaging Society
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] Nuts & Seeds in Health and Disease Prevention (2nd ed.)2020

    • 著者名/発表者名
      Hatano K, Miyakawa T, Tanokura M
    • 総ページ数
      15
    • 出版者
      Academic Press
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] 膜タンパク質工学ハンドブック2020

    • 著者名/発表者名
      宮川拓也, 田之倉優
    • 総ページ数
      11
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] e-水産学シリーズ1 水圏生物タンパク質科学の新展開2020

    • 著者名/発表者名
      宮川拓也, 田之倉優
    • 総ページ数
      27
    • 出版者
      恒星社厚生閣
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

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