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減数分裂におけるイネ異種ゲノム間の染色体認識機構の研究

公募研究

研究領域植物新種誕生の原理―生殖過程の鍵と鍵穴の分子実態解明を通じて―
研究課題/領域番号 19H04871
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

野々村 賢一  国立遺伝学研究所, 遺伝形質研究系, 准教授 (10291890)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
2020年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2019年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
キーワード減数分裂 / 生殖的隔離 / 野生イネ / イネ属 / 種間交雑 / 植物生殖 / エピジェネティクス
研究開始時の研究の概要

野生イネは、イネが栽培化過程で失った多数の遺伝子を保存する貴重な遺伝資源である。その中には、病気や害虫に対する抵抗性など、農業上有用な遺伝子も多数含まれるが、それらを従来の交雑育種法により栽培イネに導入するのは非常に難しい。最大の原因は、両親のゲノム構造が分化過程で多様化し、雑種第一代の減数分裂異常により種子不稔が生じ、種間での遺伝子交換が制限されるためである。本研究の目的は、雑種第一代植物の減数分裂細胞で、染色体認識などに関わる遺伝子を突き止め、その機能を解析することである。将来的には、ゲノム編集技術などにより当該遺伝子機能を改変し、野生イネの有用遺伝子の育種利用を促進できると考えている。

研究実績の概要

イネ属の異なる種の間にみられる様々な生殖的隔離のうち、特に減数分裂に起因する隔離障壁の実態を明らかにすることを目的とし、アフリカ野生イネ Oryza punctataと日本型栽培イネO. sativaとのF1雑種 (SP雑種)およびその 両親について、葯を用いたmRNA-seq解析を実施した。まず、SP雑種形成後に初めて発現量・アレルに種間バイアスが生じる遺伝子群を、両親間で元々発現量が異なっていた遺伝子群と仕分けるため、両親のmRNA-seqリードを補正・合算したin silico SP雑種データを作成し、実際にSP雑種で得られたリード(real SP雑種データ)と比較した。その結果、SP雑種形成後に多数の遺伝子発現が変動しており、特にreal SP雑種で発現量が低下するものが顕著だった。また、減数分裂移行期における遺伝子発現変化がSP雑種の減数分裂異常の原因の一つである可能性が浮上したため、減数分裂移行タイミングを制御するイネRNA結合タンパク質MEL2の解析を行った。減数分裂移行前の生殖細胞で、細胞質RNA顆粒を形成すること、多数の減数分裂関連遺伝子の発現活性がMEL2に依存することを見出した。
減数分裂エピゲノム機構の種間多様性について研究を行った。その結果、栽培イネの減数分裂移行期においてsmall RNAを介してRNAサイレンシングを促進するAGO4タンパク質の染色体への広範かつ細胞周期同調的なローディングを見出した。また、AGO4は減数分裂特異的phasiRNAと結合し得ることを見出した。ゲノムの100カ所以上に不均一に分布する24-phasiRNA前駆体noncoding座の配列はSP種間で多様であり、雑種の染色体対合不全の一因である可能性が浮上した。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Evolutionary alterations in gene expression and enzymatic activities of gibberellin 3-oxidase 1 in Oryza2022

    • 著者名/発表者名
      Kawai Kyosuke、Takehara Sayaka、Kashio Toru、Morii Minami、Sugihara Akihiko、Yoshimura Hisako、Ito Aya、Hattori Masako、Toda Yosuke、Kojima Mikiko、Takebayashi Yumiko、Furuumi Hiroyasu、Nonomura Ken-ichi、Mikami Bunzo、Akagi Takashi、Sakakibara Hitoshi、Kitano Hidemi、Matsuoka Makoto、Ueguchi-Tanaka Miyako
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 67-67

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03008-5

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] イネの体細胞分裂から減数分裂への移行タイミングを制御する細胞質RNA顆粒因子MEL2の解析2021

    • 著者名/発表者名
      三村真生, 小野聖二郎, 野々村賢一
    • 学会等名
      第62回日本植物生理学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] イネの減数分裂移行タイミングを制御する細胞質RNA顆粒因子MEL2の解析2021

    • 著者名/発表者名
      三村真生, 小野聖二郎, 野々村賢一
    • 学会等名
      第9回 植物RNA研究 ネットワークシンポジウム「RNA から植物を考える」
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 栽培イネと野生イネにおけるインプリントームの比較2020

    • 著者名/発表者名
      殿崎 薫, 小野 明美, 永田 博基, 古海 弘康, 野々村賢一, 川勝 泰二, 佐藤 豊, Luca Comai, 木下 哲
    • 学会等名
      日本育種学会第137回講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
  • [学会発表] イネ属ゲノム種間雑種の減数分裂期の葯を用いたトランスクリプトーム解析2020

    • 著者名/発表者名
      野々村賢一, 小野聖二郎, 孫 建強, 田中 啓介, 佐々木卓治, 瀬々 潤
    • 学会等名
      日本育種学会第137回講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
  • [学会発表] イネ染色体添加系統におけるゲノムの高次構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      保坂 碧, 真弓彩夏, 鈴木 創, 笠原 雅弘, 野々村賢一, 安井 秀, 辻 寛之
    • 学会等名
      日本育種学会第137回講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
  • [図書] 改訂 遺伝単 遺伝学用語集2021

    • 著者名/発表者名
      野々村賢一(分担執筆)
    • 総ページ数
      454
    • 出版者
      株式会社エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2022-12-28  

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