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核内RNP相分離構造体によるゲノム制御

公募研究

研究領域遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル
研究課題/領域番号 19H05250
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大阪大学

研究代表者

山崎 智弘  大阪大学, 生命機能研究科, 特任講師 (90732280)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワード相分離 / NEAT1 / パラスペックル / ゲノム制御 / RNA / lncRNA / ブロック共重合体 / ミセル化 / 核内構造体 / 長鎖ノンコーディングRNA / RNA結合タンパク質 / ソフトマター物理学 / 癌 / 長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA) / 高次ゲノム構造 / 遺伝子発現
研究開始時の研究の概要

長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)のうち一群のものは、核内で相分離構造体の誘導に必須の役割を持つ。lncRNAはゲノムの特定の位置で転写され、その場で機能分子として機能するため、ゲノム位置を規定する制御因子として重要な役割を担うと考えられる。しかし、このようなRNAにより誘導される相分離構造体を介した遺伝子発現や3次元ゲノム動態の制御機構は明らかになっていない。そこで、本研究ではNEAT1 lncRNAにより誘導される核内相分離RNP構造体パラスペックルをモデルにそのメカニズムの解明を目指す。

研究実績の概要

哺乳類のゲノムから産生される多数の長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)にうち、一群のものは、核内で相分離構造体の必須の骨格としての役割を担う。lncRNAはゲノムの特定の位置で転写され、その場で機能分子として作用するため、ゲノム位置を規定する因子として適しており、ゲノム構造の制御因子として必須の役割を持つと考えられる。しかし、このようなRNAにより誘導される相分離構造体を介した遺伝子発現や3次元ゲノム動態の制御機構は明らかになっていない。そこで、本研究では、NEAT1 lncRNAにより誘導される核内相分離RNP構造体パラスペックルをモデルとして、その機構の解明を目的とした。今年度は、RNAがRNAポリメラーゼにより転写された際に形成される相分離機構を、ソフトマター物理学の理論を用いて、理論的な枠組みを構築した結果を論文として発表した(Yamamoto et al., Soft Matter 2020)。これにより、転写ダイナミクスとRNAにより誘導される相分離構造体形成を理解するための重要な理論的基盤が形成できた。さらに、パラスペックルの構築原理からその機能を理解するため、物理理論と実験を用いた解析を行い、パラスペックルが高分子化学のブロック共重合体のミセルとして構築されることを明らかにした(Yamazaki et al., EMBO J 2021 in press, Yamamoto et al., bioRxiv 2020)。これにより、パラスペックルの数、大きさ、形態がどのように制御されているかを理解することに繋がり、機能を理解する上で重要な知見が得られた。さらに、RNAータンパク質複合体がブロック共重合体として機能するという新たなコンセプトを提唱した。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 3件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Paraspeckles are constructed as block copolymer micelles.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      EMBO Journal

      巻: - 号: 12

    • DOI

      10.15252/embj.2020107270

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] CRISPR-mediated mutagenesis of long noncoding RNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki T., Hirose T.
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2254 ページ: 283-303

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1158-6_18

    • ISBN
      9781071611579, 9781071611586
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phase separation driven by production of architectural RNA transcripts.2020

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Yamamoto, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Soft matter

      巻: 16 号: 19 ページ: 4692-4698

    • DOI

      10.1039/c9sm02458a

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detailed analyses of the crucial functions of Zn transporter proteins in alkaline phosphatase activation2020

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Eisuke、Ogawa Namino、Takeda Taka-aki、Nishito Yukina、Tanaka Yu-ki、Fujiwara Takashi、Matsunaga Mayu、Ueda Sachiko、Kubo Naoya、Tsuji Tokuji、Fukunaka Ayako、Yamazaki Tomohiro、Taylor Kathryn M.、Ogra Yasumitsu、Kambe Taiho
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 295 号: 17 ページ: 5669-5684

    • DOI

      10.1074/jbc.ra120.012610

    • NAID

      120006850466

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Architectural RNAs for Membraneless Nuclear Body Formation2020

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki T., Nakagawa S., Hirose T.
    • 雑誌名

      Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology

      巻: LXXXIV ページ: 1-11

    • DOI

      10.1101/sqb.2019.84.039404

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] URH49 exports mRNA by remodeling complex formation and mediating the NXF1-dependent pathway.2020

    • 著者名/発表者名
      Ken-Ichi Fujita, Tomohiro Yamazaki, Kotaro Harada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Seiji Masuda
    • 雑誌名

      Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms

      巻: 1863 ページ: 194480-194480

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cross-Regulation between TDP-43 and Paraspeckles Promotes Pluripotency-Differentiation Transition2019

    • 著者名/発表者名
      Modic Miha、Grosch Markus、Rot Gregor、Schirge Silvia、Lepko Tjasa、Yamazaki Tomohiro(中略)Hirose Tetsuro(20名中18番目)、Ule Jernej、Drukker Micha
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 74 号: 5 ページ: 951-965

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2019.03.041

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular anatomy of the architectural NEAT1 noncoding RNA: The domains, interactors, and biogenesis pathway required to build phase-separated nuclear paraspeckles2019

    • 著者名/発表者名
      Hirose T., Yamazaki T., Nakagawa S.
    • 雑誌名

      WIREs RNA

      巻: 10 号: 6

    • DOI

      10.1002/wrna.1545

    • NAID

      120006941691

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Paraspeckles: RNA-scaffolding microphase-separated condensates2020

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      MBSJ2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Design principles of arhitectural RNAs for phase-separated paraspeckle nuclear bodies2019

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      Tokyo RNA Club, The 26th meeting
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 相分離構造体パラスペックルの性状・機能を規定するNEAT1 lncRNAモジュール2019

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、高桑央、Sylvie Souquere、小松リチャード馨、吉野彪羅、Archa H. Fox、Charles S. Bond、中川真一、齊藤博英、Gerard Pierron、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 相分離構造体パラスペックルの性状・機能を規定するNEAT1 lncRNAモジュール2019

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、高桑央、Sylvie Souquere、小松リチャード馨、吉野彪羅、Archa H. Fox、Charles S. Bond、中川真一、齊藤博英、Gerard Pierron、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第5回北海道大学部局横断シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 相分離構造体パラスペックルの性状・機能を規定するNEAT1 lncRNAモジュール2019

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、高桑央、Sylvie Souquere、小松リチャード馨、吉野彪羅、Archa H. Fox、Charles S. Bond、中川真一、齊藤博英、Gerard Pierron、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 核内相分離構造体パラスペックルの生物物理的性質を規定するNEAT1 lncRNAのRNPモジュール2019

    • 著者名/発表者名
      山崎 智弘、高桑 央、Sylvie Souquere、吉野 彪羅、Archa H. Fox、Charles S. Bond、中川 真一、Gerard Pierron、廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      日本RNA学会2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Formation and function of RNA-induced phase-separated nuclear bodies2019

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Hiro Takakuwa, Hyura Yoshino, Archa H. Fox, Charles S. Bond, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Hidden codes of NEAT1 lncRNA for biophysical properties of phase-separated paraspeckles2019

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Hiro Takakuwa, Hyura Yoshino, Archa H. Fox, Charles S. Bond, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      RNA2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] 相分離生物学の全貌2020

    • 著者名/発表者名
      山崎 智弘, 廣瀬 哲郎(担当:分担執筆, 範囲:核内の相分離)
    • 総ページ数
      402
    • 出版者
      東京化学同人
    • ISBN
      9784807913466
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] 実験医学「細胞内の相分離ータンパク質や核酸分子を整理し、反応の場を作り、生命を駆動するー」2019

    • 著者名/発表者名
      加藤昌人、田中肇、加藤昌人、吉澤拓也、杉本亜砂子、高桑央,山崎智弘,廣瀬哲郎、野澤竜介、鈴木洋、小池佑佳,石原智彦,小野寺理
    • 総ページ数
      145
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] 医学のあゆみ「マイクロRNA研究の進歩」(このうち「lncRNAの機能と関連疾患」を執筆)2019

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎
    • 総ページ数
      120
    • 出版者
      医歯薬出版
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] Hirose Lab (RNA生体機能研究室)

    • URL

      http://hirose-lab.com/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

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