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テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のヒストン修飾解析への応用

公募研究

研究領域遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル
研究課題/領域番号 19H05270
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関中央大学

研究代表者

田口 善弘  中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)

研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2020年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2019年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワードテンソル分解 / 教師無し学習 / インシリコ創薬 / 腎臓がん / 前立腺がん / 変数選択 / 教師なし学習 / ヒストン修飾
研究開始時の研究の概要

研究目的に書いた通り、「『テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法』を用いて、ヒストン修飾の研究を行うこと」である。

研究実績の概要

テンソル分解を用いることで臓器-薬物-遺伝子の関係をデータ駆動型で研究し、薬物の対象疾患が予測できることを示した。また、コロナウィルスの感染培養細胞の遺伝子発現プロファイルを解析することでコロナのインシリコ創薬が可能であることを示した。また、腎臓がんのmiRNAの発現プロファイルの解析で病態の変化に関係するmiRNAの検出が可能であることを示した。前立腺がんのマルチオミックス解析にテンソル分解の適用がゆうこうであることを示した。m6Aに関与する転写因子などの特定にも有効であることが分かった。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (54件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (35件) (うち国際共著 12件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 17件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 9件、 招待講演 7件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Exploring Common Therapeutic Targets for Neurodegenerative Disorders Using Transcriptome Study2021

    • 著者名/発表者名
      Dharshini S. Akila Parvathy、Jemimah Sherlyn、Taguchi Y. H.、Gromiha M. Michael
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 12 ページ: 639160-639160

    • DOI

      10.3389/fgene.2021.639160

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] カーネルテンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法 ~ バイオインフォマティクスへの応用 ~2021

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      信学技法

      巻: 120(395) ページ: 16-23

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] カーネルテンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法 ~ バイオインフォマティクスへの応用 ~2021

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2021-BIO-65(2) ページ: 1-9

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] 対面かオンラインか,それが問題だ2020

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      大学の物理教育

      巻: 26 号: 3 ページ: 115-115

    • DOI

      10.11316/peu.26.3_115

    • NAID

      130007955957

    • ISSN
      1340-993X, 2432-1710
    • 年月日
      2020-11-15
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Identifying suitable tools for variant detection and differential gene expression using RNA-seq data2020

    • 著者名/発表者名
      Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-H.、Gromiha M. Michael
    • 雑誌名

      Genomics

      巻: 112 号: 3 ページ: 2166-2172

    • DOI

      10.1016/j.ygeno.2019.12.011

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Incremental Dilations Using CNN for Brain Tumor Classification2020

    • 著者名/発表者名
      Roy Sanjiban Sekhar、Rodrigues Nishant、Taguchi Y-h.
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 10 号: 14 ページ: 4915-4915

    • DOI

      10.3390/app10144915

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Universal Nature of Drug Treatment Responses in Drug-Tissue-Wide Model-Animal Experiments Using Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction2020

    • 著者名/発表者名
      Taguchi Yh.、Turki Turki
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 11 ページ: 695-695

    • DOI

      10.3389/fgene.2020.00695

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A new advanced in silico drug discovery method for novel coronavirus (SARS-CoV-2) with tensor decomposition-based unsupervised feature extraction2020

    • 著者名/発表者名
      Taguchi Y-h.、Turki Turki
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 号: 9 ページ: 0238907-0238907

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0238907

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of miRNA signatures for kidney renal clear cell carcinoma using the tensor-decomposition method2020

    • 著者名/発表者名
      Ng Ka-Lok、Taguchi Y.-H.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 15149-15149

    • DOI

      10.1038/s41598-020-71997-6

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Developing a diagnostic method for latent tuberculosis infection using circulating miRNA2020

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto Shoji、Zhao Hong、Hayakawa Michiyo、Nakajima Koichi、Taguchi Y-h、Murakami Yoshiki
    • 雑誌名

      Translational Medicine Communications

      巻: 5 号: 1 ページ: 25-25

    • DOI

      10.1186/s41231-020-00078-7

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comprehensive analysis of liver and blood miRNA in precancerous conditions2020

    • 著者名/発表者名
      Umezu Tomohiro、Tsuneyama Koichi、Kanekura Kohsuke、Hayakawa Michiyo、Tanahashi Toshihito、Kawano Mitsuoki、Taguchi Y-h、Toyoda Hidenori、Tamori Akihiro、Kuroda Masahiko、Murakami Yoshiki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 21766-21766

    • DOI

      10.1038/s41598-020-78500-1

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Tensor-Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Prostate Cancer Multiomics Data2020

    • 著者名/発表者名
      Taguchi Y-h.、Turki Turki
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 11 号: 12 ページ: 1493-1493

    • DOI

      10.3390/genes11121493

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of Transcription Factors, Biological Pathways, and Diseases as Mediated by N6-methyladenosine Using Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction2020

    • 著者名/発表者名
      Taguchi Y-h.、Dharshini S. Akila Parvathy、Gromiha M. Michael
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 11 号: 1 ページ: 213-213

    • DOI

      10.3390/app11010213

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 物理学者、機械学習を使う2020

    • 著者名/発表者名
      田口善弘
    • 雑誌名

      数理科学

      巻: 58(5) ページ: 63-63

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択のRNAi 処理を行ったプラナリアのRNA-seq解析への適用2020

    • 著者名/発表者名
      田口善弘 , 鹿島誠
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2020-BIO-62(1) ページ: 1-4

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Conjecturing human genes that are easy to be double strand breaks by tensor decomposition2020

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Hosaka , Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2020-BIO-62(2) ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Unsupervised feature extraction applied to bioinformatics2020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 雑誌名

      Research Outreach

      巻: 115 号: 115 ページ: 154-157

    • DOI

      10.32907/ro-115-154157

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法によるmiRNA/mRNA/プロテオームの統合解析2020

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2020-BIO-64(10) ページ: 1-5

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Neurological Disorder Drug Discovery from Gene Expression with Tensor Decomposition2020

    • 著者名/発表者名
      Taguchi Y-h.、Turki Turki
    • 雑誌名

      Current Pharmaceutical Design

      巻: 25 号: 43 ページ: 4589-4599

    • DOI

      10.2174/1381612825666191210160906

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Development of a novel anti-hepatitis B virus agent via Sp12020

    • 著者名/発表者名
      Hayakawa Michiyo、Umeyama Hideaki、Iwadate Mitsuo、Taguchi Y.-H.、Yano Yoshihiko、Honda Takashi、Itami-Matsumoto Saori、Kozuka Ritsuzo、Enomoto Masaru、Tamori Akihiro、Kawada Norifumi、Murakami Yoshiki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 47-47

    • DOI

      10.1038/s41598-019-56842-9

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] SCGRNs: Novel supervised inference of single-cell gene regulatory networks of complex diseases2020

    • 著者名/発表者名
      Turki Turki、Taguchi Y-h.
    • 雑誌名

      Computers in Biology and Medicine

      巻: 118 ページ: 103656-103656

    • DOI

      10.1016/j.compbiomed.2020.103656

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法の一細胞RNA-seq解析への応用2020

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      信学技報

      巻: 119(360) ページ: 55-59

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] 機械学習による遺伝子情報の解析技術と 医薬品開発への応用2020

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      ファームステージ

      巻: 19(11) ページ: 15-20

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Sp1を標的としたHBVウィルスの新規阻害剤の探索2020

    • 著者名/発表者名
      早川 路代 , 梅山 秀明 , 岩舘 満雄 , 田口 善弘 , 村上 善基
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2020-BIO-61(1) ページ: 1-7

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] 『インストールいらずのLATEX入門』2019

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      大学の物理教育

      巻: 25 号: 3 ページ: 147-148

    • DOI

      10.11316/peu.25.3_147

    • NAID

      130007761447

    • ISSN
      1340-993X, 2432-1710
    • 年月日
      2019-11-15
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Discovery of a Robust Gene Regulatory Network with a Complex Transcription Factor Network on Organ Cancer Cell-line RNA Sequence Data2019

    • 著者名/発表者名
      Kalbuaji Bharata、Taguchi Y-H.、Konagaya Akihiko
    • 雑誌名

      CBIジャーナル

      巻: 19 号: 0 ページ: 32-55

    • DOI

      10.1273/cbij.19.32

    • NAID

      130007723654

    • ISSN
      1347-0442, 1347-6297
    • 年月日
      2019-09-30
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 機械学習のコモディティ化2019

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      日本物理学会誌

      巻: 74 号: 9 ページ: 659-660

    • DOI

      10.11316/butsuri.74.9_659

    • NAID

      130007807136

    • ISSN
      0029-0181, 2423-8872
    • 年月日
      2019-09-05
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 『予備校のノリで学ぶ大学数学』2019

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      大学の物理教育

      巻: 25 号: 2 ページ: 103-104

    • DOI

      10.11316/peu.25.2_103

    • NAID

      130007690075

    • ISSN
      1340-993X, 2432-1710
    • 年月日
      2019-07-15
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Single-Cell Gene Expression Analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Taguchi Y-h.、Turki Turki
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 10 ページ: 864-864

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00864

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Investigating the energy crisis in Alzheimer disease using transcriptome study2019

    • 著者名/発表者名
      Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-h.、Gromiha M. Michael
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 18509-18509

    • DOI

      10.1038/s41598-019-54782-y

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] テンソル分解と主成分分解を用いた教師なし学習による社会性昆虫のカーストの脳の遺伝子発現プロファイルとDNAメチル化の解析2019

    • 著者名/発表者名
      田口善弘
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2019-BIO-58(61) ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] 生物学と物理学2019

    • 著者名/発表者名
      田口善弘
    • 雑誌名

      窮理

      巻: 12 ページ: 1-9

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択はMicroRNAトランスフェクションにより仲介されるmRNAの配列非特異的オフターゲット調節の普遍的性質を同定することができる2019

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      情報処理学会研究会報告

      巻: 2019-BIO-59(3) ページ: 1-7

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法のTCGAデータベースにおける卵巣がんデータのmicroRNA発現プロファイルとメチル化プロファイルへの適用2019

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘 , 呉 家樂
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2019-BIO-60(2) ページ: 1-7

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] バイオインフォマティクスと倫理・社会2019

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 雑誌名

      信学技報

      巻: 119(329) ページ: 47-50

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Repurposing drugs for targetting SARS-Cov-22020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      IEEE ICBCB2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Application of Tensor Decomposition based Unsupervised Feature Extraction to Single Cell RNA-seq Data Analysis2020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      IEEE ICBCB2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Tensor decomposition based unsupervised Feature Extraction applied to in silico COVID-19 drug siscovery based upon analysis of gene expression profiles altered by SARS-CoV-2 infection2020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      第九回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] テンソル分解により二本鎖切断になりやすいヒト遺伝子の推定2020

    • 著者名/発表者名
      保坂伸生 , 田口善弘
    • 学会等名
      第九回生命医薬情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] In silico drug discovery for COVID-19 using gene expression profiles of mouse infected by MHV and those of human cell lines infected by SARS-CoV-22020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      7th Annual Congress of the European Society for Translational Medicine on Covid-19
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Selecting the genes related to COVID-19 with PCA-based unsupervised feature extraction2020

    • 著者名/発表者名
      Kota Fujisawa , Mamoru Shimo , Yoshihiro Taguchi , Shinya Ikematu , Ryota Miyata
    • 学会等名
      CBI学会2020年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Identification of Transcription Factors, Biological Pathways, and Diseases as Mediated by N6-methyladenosine using Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction.2020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi , S Akila Parvathy Dharshini , M. Michael , Gromiha
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Engineering and Technology (ISET 2020)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法を用いたCOVID-19治療薬の探索2020

    • 著者名/発表者名
      田口善弘 , Turki Turki
    • 学会等名
      IBIS2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Unsupervised tensor decomposition-based method to extract candidate transcription factors as histone modification bookmarks in post-mitotic transcriptional reactivation2020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      The 19th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2020)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法を用いたCOVID-19治療薬のリポジショニング2020

    • 著者名/発表者名
      田口善弘 , Turki Turki
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法を用いたゲノムデータ解析2020

    • 著者名/発表者名
      田口善弘
    • 学会等名
      イノベーションジャパン
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Principal Component Analysis, Tensor Decomposition, and Kernel Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics2020

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      2020 International Symposium on Automation, Information and Computing
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Application of tensor decomposition based unsupervised feature extraction to multi- omics data set2019

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      BioInfOMICS2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Tensor decomposition based unsupervised feature extraction applied to bioinformatics2019

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      PreMed'19
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択のマルチオミックスデータ解析への応用2019

    • 著者名/発表者名
      田口善弘
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会 2019年12月3日 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Tensor decomposition based unsupervised feature extraction applied to drug discovery from gene expression analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 学会等名
      The 5th IITM - Tokyo Tech Joint Symposium titled "Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design"
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 生命はデジタルでできている 情報から見た新しい生命像2020

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘
    • 総ページ数
      224
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      4065195977
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] Regulatory microRNA2020

    • 著者名/発表者名
      田口 善弘 , 王 秀瑛
    • 総ページ数
      348
    • 出版者
      MDPI
    • ISBN
      9783038977681
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics A PCA Based and TD Based Approach2019

    • 著者名/発表者名
      Y-h. Taguchi
    • 総ページ数
      321
    • 出版者
      Springer International
    • ISBN
      9783030224554
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-07-04   更新日: 2022-12-28  

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