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ポリユビキチン鎖およびユビキチン化タンパク質の高効率化学合成

公募研究

研究領域ケモテクノロジーが拓くユビキチンニューフロンティア
研究課題/領域番号 19H05287
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関名古屋大学

研究代表者

林 剛介  名古屋大学, 工学研究科, 准教授 (40648268)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2020年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2019年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード人工抗体 / タンパク質化学合成 / ペプチド化学 / 進化分子工学 / タンパク質標識化 / ユビキチンプロテオミクス / in vitroセレクション
研究開始時の研究の概要

本研究では、タンパク質を化学的に作成する「タンパク質化学合成」の技術を用いてこれまで作れなかった複雑なポリユビキチン鎖およびユビキチン化タンパク質の化学合成を可能にする新手法を開発します。また、化学合成されたユビキチン鎖に特異的に結合する分子を進化分子工学の方法を用いて創製することにより、未だに明らかになっていない多様なユビキチン鎖が生命機能に与える影響の全容解明に寄与します。

研究実績の概要

(1)プロテアソーム関連因子RPN10に結合する人工抗体の開発と応用、(2)ユビキチン化リボソームに結合する人工抗体の取得と応用、(3)ユビキチン化タンパク質の化学合成と構造解析への応用研究、という4テーマについて研究を推進した。
テーマ(1)について:我々の研究グループの独自技術であるTRAPディスプレイ法を用いてRPN10の3つの異なるドメイン(UIM1、UIM2、RAZUL)に対して選択的に阻害することが可能な人工抗体の取得を目指して研究を推進した。3つのドメインそれぞれに対してTRAPディスプレイ法を用いて人工抗体をスクリーニングした結果、UIM1に選択的に結合するFynomer、RAZULドメインに選択的に結合するMonobodyの取得に成功した。RAZUL結合Monobodyに関しては、RAZUL-AZUL間のタンパク質間相互作用を競合的に阻害可能であることが明らかとなった。これらの人工抗体は、共同研究先において細胞内で発現させ、その機能解析を進めている。
テーマ(2)について:ペプチド合成およびペプチドライゲーション技術を駆使し、ユビキチン化されたリボソームタンパク質の部分ペプチドをまず化学的に合成した。今後、TRAPディスプレイ法を用いて人工抗体の取得を試みる予定である。
テーマ(3)について:エピジェネティクス分野で重要な「維持メチル化」機構に深く関わるジユビキチン化されたPAF15タンパク質の化学合成を行った。具体的には、5つのペプチド断片をFmoc固相合成法によって作製した後、N末端側のペプチド断片から順次連結させ、途中に脱硫反応(Cys-Ala変換反応)を経て、ジユビキチン化された全長PAF15の合成に成功した。ただし、合成量は低く、HPLC精製によって除くことのできない不純物が一定量混入していたため、合成ルートを改善して再合成を行う予定である。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 5件) 図書 (1件) 産業財産権 (2件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Organoruthenium-Catalyzed Chemical Protein Synthesis to Elucidate the Functions of Epigenetic Modifications on Heterochromatin Factors2021

    • 著者名/発表者名
      Kamo, N.; Kujirai, T.; Kurumizaka, H.; Murakami, H.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Chem. Sci.

      巻: 12 号: 16 ページ: 5926-5937

    • DOI

      10.1039/d1sc00731a

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] cDNA TRAP display for rapid and stable in vitro selection of antibody-like proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Kondo Taishi、Eguchi Minori、Kito Seita、Fujino Tomoshige、Hayashi Gosuke、Murakami Hiroshi
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 57 号: 19 ページ: 2416-2419

    • DOI

      10.1039/d0cc07541h

    • NAID

      120007169556

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] タンパク質化学合成を加速するペプチドライゲーションの新技術2020

    • 著者名/発表者名
      Hayashi Gosuke、Okamoto Akimitsu
    • 雑誌名

      有機合成化学協会誌

      巻: 78 号: 2 ページ: 130-139

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.78.130

    • NAID

      130007795912

    • ISSN
      0037-9980, 1883-6526
    • 年月日
      2020-02-01
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acetylation-modulated communication between the H3 N-terminal tail domain and the intrinsically disordered H1 C-terminal domain2020

    • 著者名/発表者名
      Hao, F; Murphy, K. J.; Kujirai, T.; Kamo, N.; Kato, J.; Koyama, M.; Okamato, A.; Hayashi, G.; Kurumizaka, H.; Hayes, J. J.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 48 号: 20 ページ: 11510-11520

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa949

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] L-DNA-tagged fluorescence in situ hybridization for highly sensitive imaging of RNAs in single cells2020

    • 著者名/発表者名
      Ogata, M.; Hayashi, G.; Ichiu, A.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 18 号: 40 ページ: 8084-8088

    • DOI

      10.1039/d0ob01635g

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antibody-like proteins that capture and neutralize SARS-CoV-22020

    • 著者名/発表者名
      Kondo T.、Iwatani Y.、Matsuoka K.、Fujino T.、Umemoto S.、Yokomaku Y.、Ishizaki K.、Kito S.、Sezaki T.、Hayashi G.、Murakami H.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 号: 42 ページ: 3916-3916

    • DOI

      10.1126/sciadv.abd3916

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fmoc-Compatible and C-terminal-Sequence-Independent Peptide Alkyl Thioester Formation Using Cysteinylprolyl Imide2020

    • 著者名/発表者名
      Nakatsu, K.; Yanase, M.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Org. Lett.

      巻: 22 号: 12 ページ: 4670-4674

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.0c01450

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Toolbox for chemically synthesized histone proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Nakatsu, K.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Curr. Opin. Chem. Biol.

      巻: 58 ページ: 10-19

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2020.04.016

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] タンパク質化学合成を活用した翻訳後修飾研究2020

    • 著者名/発表者名
      林 剛介
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 56 号: 1 ページ: 46-50

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.56.1_46

    • NAID

      130007779027

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Cysteinylprolyl imide (CPI) peptide: a highly reactive and easily accessible crypto-thioester for chemical protein synthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Yanase Masafumi、Nakatsu Koki、Cardos Charlane Joy、Konda Yoshiki、Hayashi Gosuke、Okamoto Akimitsu
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 10 号: 23 ページ: 5967-5975

    • DOI

      10.1039/c9sc00646j

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical Synthesis of Cys-Containing Protein via Chemoselective Deprotection with Different Palladium Complexes2019

    • 著者名/発表者名
      Kamo, N.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Org. Lett.

      巻: 21 号: 20 ページ: 8378-8382

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.9b03152

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 修飾ヒストンの効率的化学合成法とヒストン動態解析2021

    • 著者名/発表者名
      林剛介
    • 学会等名
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質化学合成技術を駆使した修飾タンパク質の創製と生化学研究への展開2020

    • 著者名/発表者名
      林剛介
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Challenges and prospects in chemoselective ligations: from protein synthesis to site-specific conjugation2020

    • 著者名/発表者名
      Gosuke Hayashi
    • 学会等名
      LE STUDIUM CONFERENCES
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Novel Peptide Ligation Strategies for Chemical Protein Synthesis2020

    • 著者名/発表者名
      Gosuke Hayashi
    • 学会等名
      Seminar at University of Paris
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Chemical Protein Synthesis with Novel Ligation Strategies2020

    • 著者名/発表者名
      Gosuke Hayashi
    • 学会等名
      Seminar at CBM, CNRS Orleans Campus
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 修飾タンパク質作製を可能にする最先端技術 ~生合成 vs 化学合成~2020

    • 著者名/発表者名
      林 剛介
    • 学会等名
      第568回東北大学薬学研究科セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Novel technologies for studying chromatin modifications2019

    • 著者名/発表者名
      Gosuke Hayashi
    • 学会等名
      42nd MBSJ
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 生体分子反応を制御する 化学的手法による機構と反応場の解明 「エピジェネティック修飾の謎を解き明かす核酸およびタンパク質化学」2020

    • 著者名/発表者名
      林剛介、岡本晃充
    • 総ページ数
      193
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [産業財産権] 62.フィブロネクチンIII型ドメイン骨格を含むポリペプチド2020

    • 発明者名
      村上裕、都築成晃、近藤大志、林剛介、藤野公茂、築地真也、吉井達之
    • 権利者名
      村上裕、都築成晃、近藤大志、林剛介、藤野公茂、築地真也、吉井達之
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [産業財産権] 63.SARS-CoV-2 Binding Molecule2020

    • 発明者名
      村上裕、近藤大志、藤野公茂、林剛介、梅本駿、岩谷靖雅
    • 権利者名
      村上裕、近藤大志、藤野公茂、林剛介、梅本駿、岩谷靖雅
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 外国

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2022-12-28  

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