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シンギュラリティ細胞が率いる集団を表現する機械論的モデルの構成

公募研究

研究領域シンギュラリティ生物学
研究課題/領域番号 19H05424
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関広島大学

研究代表者

冨樫 祐一  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (50456919)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
572千円 (直接経費: 440千円、間接経費: 132千円)
2020年度: 351千円 (直接経費: 270千円、間接経費: 81千円)
2019年度: 221千円 (直接経費: 170千円、間接経費: 51千円)
キーワード生物物理学 / 計算力学 / 細胞集団 / 群衆 / 力学特性 / 特異点 / 数理モデル化 / シミュレーション / 細胞
研究開始時の研究の概要

「シンギュラリティ細胞」は何によって生じ、集団にどのような影響をもたらすのか? この問いに答えるべく、細胞と環境との間や細胞同士での力学的な相互作用(例えば、基質の硬さや、細胞同士の「おしくらまんじゅう」)が細胞の状態に与える影響、あるいは逆に、細胞の状態が細胞の形や動き、さらには周囲の環境に与える影響、といった観点から機械論的に考えていきます。あえて抽象的な数理モデルを介することで、特定の生物種や細胞にできるだけ依存しない理論を構築することを目指します。

研究実績の概要

本研究では、シンギュラリティ細胞が何によって生じ、集団にどのような影響をもたらすのか、その可能性を理論的な観点から検討し明らかにすることを目的としている。特に、細胞と環境、あるいは細胞同士での力学的な相互作用に注目した。
前年度に、分子機械が構造変化を介して干渉し合う系のモデル(以前の研究で構築)を細胞集団のモデルに拡張し、細胞ごとの力学的特性の違いを導入してその影響を検討した。今年度も引き続き、異なる形式の相互作用や力学特性をモデルに導入して変化を比較検討した。振舞いが予想以上に多様であり、明確な結論を示すには至っていないが、現時点までの成果を学会等で報告した。関連して、群れの数理モデルに特異な個体を導入した場合の振舞いや、以前の分子機械集団のモデル(応用として細胞核内構造など)へのフィードバックも検討した。
また、前年度に引き続き、公募A03班の昆 俊亮氏と連携して、上皮組織においてガン細胞が排除される現象の背後にある力学的メカニズムについて、数理モデルによる検討を進めた(領域内共同研究)。今年度は、セルバーテックスモデルを用いた検討を進め、力学特性が異常な細胞が引き起こす動態変化を解析した。一般に、外見上で異常な振舞いが生ずる箇所と異常な細胞とは必ずしも一致しない。これに対して、振舞いから異常な細胞を特定することは可能か、検討を進めている。また、セルバーテックスモデルでは細胞の配置の変化は表現できても、排除過程そのものは表現できないため、モデルの拡張を進めている。これらは今後の課題である。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] マイクロマシン集団の力学的相互干渉:「シンギュラリティ細胞」のモデルとして2020

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 雑誌名

      第64回システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集

      巻: -

    • NAID

      40022263436

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] シンギュラリティ細胞が率いる集団のモデル化と力学的応答の解析2021

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一、西本翔太
    • 学会等名
      新学術領域「シンギュラリティ生物学」第4回領域会議
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Mechanical interference and control in micromachine crowds: towards modeling of cells of singularity2021

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021, Symposium “Trans-scale Biochemical Analysis of Rare Events in Living Systems: Singularity Biology”
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 生化学反応の数理~分子の状態・形・数の問題2020

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      非平衡オンライン若手の会2020 第3回セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子の状態と形態を考慮したクロマチン構造の統合的モデリングを目指して2020

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会 シンポジウム「核酸が拓く新・生物物理研究」
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Toward Multiscale Modeling of Chromosomes in the Cell Nucleus2020

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      Global Meet on Computational Modeling and Simulation: Recent Innovations, Challenges & Perspectives
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Small-Number Issues in Biological Systems2020

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      Online Talk, Department of Mathematics, Birla Institute of Technology and Science, Pilani
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] シンギュラリティ細胞が率いる集団を表現する機械論的モデルの構成2019

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      新学術領域「シンギュラリティ生物学」第2回領域会議
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 混雑下のナノ~マイクロマシン集団:内部状態と環境の相互干渉2019

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 分子の状態と形を考慮した核内クロマチン構造のマルチスケールモデリング2019

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会 ワークショップ「細胞核地勢学」
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 個人Webサイト(冨樫)

    • URL

      https://www.togashi.tv/lab/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 新学術領域「シンギュラリティ生物学」

    • URL

      https://singularity-bio.jp/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 計算生物学研究チーム(広島大学大学院統合生命科学研究科)

    • URL

      http://www.cbbc.hiroshima-u.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

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