| 研究領域 | シンギュラリティ生物学 |
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| 研究課題/領域番号 |
19H05425
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
複合領域
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
原田 哲仁 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (60596823)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
2020年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2019年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
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| キーワード | RNA-seq / 単一細胞解析 / シンギュラリティ / ChIL-seq / シンギュラリティー |
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| 研究開始時の研究の概要 |
組織中で希少細胞として存在すると考えられるシンギュラリティー細胞を同定し、計測するうえで重要なのは、特定の細胞が次にどのような運命をたどるのかを単一細胞レベルで「予測」することである。そこで、我々が最近開発した単一細胞レベルのエピゲノム解析手法であるChIL-seqとmRNA-seqを同一細胞内で行うscChILA-seq (single cell ChIL+RNA-seq)の開発を行い、骨格筋幹細胞中に存在するシンギュラリティー細胞の同定を目指す。
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| 研究実績の概要 |
組織中で希少細胞として存在すると考えられるシンギュラリティ細胞を同定し、計測するうえで重要なのは、特定の細胞が次にどのような運命をたどるのかを単一細胞レベルで「予測」することである。将来の転写の遺伝子発現の予測は、転写活性化あるいは抑制を誘導するヒストン修飾や転写因子、さらに転写状態を反映する活性化RNAポリメラーゼの結合状態をクロマチン免疫沈降法(ChIP)によりゲノムワイドに評価する(ChIP-seq)ことで理論的には十分可能であることが示されている。そこで、我々が最近開発した単一細胞レベルのエピゲノム解析手法であるChILseqとmRNA-seqを同一細胞内で行うscChILA-seq (single cell ChIL+RNAseq)の開発を行い、骨格筋幹細胞中に存在するシンギュラリティ細胞の同定を目指す。これまでに1000細胞で活性型ヒストン修飾マーカーであるH3K4me3に対するChILA-seqを行い、骨格筋芽細胞C2C12の未分化細胞と分化細胞(分化誘導後72時間)のデータ取得に成功している。今年度は、さらに１細胞解析へ向けたプロトコル開発を進めた。scRNA-seqは技術的に確立されたプロトコルが多数存在しており、特別な技術開発を必要としないことから、ChIL-seqの１細胞解析技術（scChIL-seq）の開発を進め、scRNA-seqとの融合を図った。細胞内でscRNA-seqとscChIL-seqを同時にライブラリー化するために、反応を行う順番などの検討を行い、パイロット版を開発し学会等で発表した。今後、論文化を進めていく予定である。
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| 現在までの達成度 (段落) |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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