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回転拡散測定による細胞内微環境とタンパク質相互作用の関連解析研究

公募研究

研究領域分子夾雑の生命化学
研究課題/領域番号 20H04686
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関北海道大学

研究代表者

金城 政孝  北海道大学, 先端生命科学研究院, 教授 (70177971)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
10,530千円 (直接経費: 8,100千円、間接経費: 2,430千円)
2021年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2020年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
キーワード蛍光測定 / 拡散運動 / 偏光測定 / 回転拡散 / 蛍光相関分光法 / 高分子クラウディング状態 / 偏光蛍光測定 / 細胞内微環境 / クラウディング / 並進拡散 / タンパク質相互作用
研究開始時の研究の概要

細胞内の反応状態は単に細胞内微環境と呼ばれていたが,近年では,細胞内で生体分子が高密度に存在する分子夾雑状態や,高分子クラウディング状態,また特定の生体分子を細胞内の液相から相分離する液液相分離といった具体的な構造の存在が注目されつつある。しかし,そのような構造の持つ物理化学的な性質や,それらが細胞内の分子間相互作用や細胞内情報伝達に与える影響は未だ不明である。そこで本研究では,偏光蛍光相関分光法を基礎として,細胞微環境がタンパク質相互作用に及ぼす影響を解析可能な新規基盤技術の創成を目指す。

研究実績の概要

細胞内を拡散運動するタンパク質を研究対象として,その単量体と複合体を区別し,且つ,さらに別のタンパク質が結合してできる複合体分子の大きさとその量比と,その拡散速度を明らかすることを目指した。生細胞測定で困難なことは,細胞内分子夾雑状態の効果を考慮しつつ解析を行う必要があることである。その解決のために,申請者はこれまでの蛍光相関分光法/蛍光相互相関分光法(FCS/FCCS)測定で得られる並進拡散測定だけでなく偏光蛍光相関分光法で得られる回転拡散測定に注目した。
特に、細胞内夾雑状態を示すパラメーターとしてPEG、BSA、Ficollなどの種々の材料での微環境状態が異なることを、溶媒中ので得られた並進・回転拡散時間を、基準となる溶媒中(PBSや純水)の並進・回転拡散時間で割った値である相対並進拡散時間(TD)と相対回転拡散時間(TR)を利用することで表示可能であることを明らかにした。
生細胞測定における,細胞内微環境の相違について、これまでHela,HEK293, Nueuro2A, Cos-7等の細胞を比較し、それぞれの特徴を明らかにした。その特徴は、ノコダゾール処理により均一化し差が見えなくなることも分かった。
最終年度においては、特に装置の改良に注視し、検出装置の安定化のため,これまでの光ファイバーで接続したAPD(avalanche photodiode,)ではなく,小型光電子増倍管(PMT)2台を利用して,偏光ビームスプリッター(polarizing beamsplitter, PBS)からの光シグナルを直接検出するように改良を行なった。高感度化を目指すために,種々のPMTを検討した結果、MPPCと呼ばれる検出器が感度を4倍から5倍に引き上げることが可能であることを明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Conformational stabilization of optineurin by the dynamic interaction of linear polyubiquitin2021

    • 著者名/発表者名
      Kitamura Akira、Numazawa Rika、Kinjo Masataka
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 559 ページ: 203-209

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.04.103

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Empirical Bayes method using surrounding pixel information for number and brightness analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Fukushima Ryosuke、Yamamoto Johtaro、Kinjo Masataka
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 120 号: 11 ページ: 2156-2171

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.03.033

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantitative evaluation of macromolecular crowding environment based on translational and rotational diffusion using polarization dependent fluorescence correlation spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Johtaro、Matsui Akito、Gan Fusako、Oura Makoto、Ando Riku、Matsuda Takahiro、Gong Jian Ping、Kinjo Masataka
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 10594-10594

    • DOI

      10.1038/s41598-021-89987-7

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Interaction between Spike Protein of SARS-CoV-2 and Human Virus Receptor ACE2 Using Two-Color Fluorescence Cross-Correlation Spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto Ai、Lyu Yidan、Kinjo Masataka、Kitamura Akira
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 11 号: 22 ページ: 10697-10697

    • DOI

      10.3390/app112210697

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantitative Analysis of Membrane Surface and Small Confinement Effects on Molecular Diffusion2020

    • 著者名/発表者名
      C. Watanabe, Y. Kobori, J. Yamamoto, M. Kinjo, M. Yanagisawa, (+ equally contributed)
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry (J. Phys. Chem.)

      巻: 124 号: 6 ページ: 1090-1098

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b10558

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spatial Image Correlation Spectroscopy (ICS): A Technique for Average Size Determination of Subcellular Accumulated Structures from Fluorescence Microscopic Images2020

    • 著者名/発表者名
      Kitamura Akira、Kinjo Masakata
    • 雑誌名

      BIO-PROTOCOL

      巻: 10 号: 10

    • DOI

      10.21769/bioprotoc.3624

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Biophysical research in Hokkaido University, Japan2020

    • 著者名/発表者名
      Aizawa Tomoyasu、Demura Makoto、Gohara Kazutoshi、Haga Hisashi、Ishimori Koichiro、Kinjo Masataka、Komatsuzaki Tamiki、Maenaka Katsumi、Yao Min
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 12 号: 2 ページ: 233-236

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00649-w

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Membrane Surface Modulates Slow Diffusion in Small Crowded Droplets2020

    • 著者名/発表者名
      Harusawa Kanae、Watanabe Chiho、Kobori Yuta、Tomita Kazuho、Kitamura Akira、Kinjo Masataka、Yanagisawa Miho
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 37 号: 1 ページ: 437-444

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.0c03086

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] N 末側の特性がTDP-43カルボキシル末端断片の凝集形成状態を決定する2021

    • 著者名/発表者名
      北村 朗、呂 依丹、藤本 愛、川島 怜維、森谷 香南、高橋 一帆、金城 政孝
    • 学会等名
      第73回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 筋萎縮性側索硬化症における凝集性タンパク質TDP43のカルボキシル末端断片とRNA の相互作用解析2021

    • 著者名/発表者名
      藤本 愛、金城 政孝、北村 朗
    • 学会等名
      第73回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Cellular dynamics of biomolecules2021

    • 著者名/発表者名
      Masataka Kinjo
    • 学会等名
      Virtual Workshop on Fluorescence Correlation Spectroscopy ( FCS) Dedicated to Prof. Rudolf Rigler on the Occasion of his 85 th Birthday
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 蛍光相関分光測定の展開とタンパク質相互作用解析2021

    • 著者名/発表者名
      金城政孝
    • 学会等名
      第17 回バイオオプティクス研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞サイズ閉じ込め中の拡散に対する界面の効果2020

    • 著者名/発表者名
      春澤香苗 , 渡邊 千穂, 北村 朗, 金城 政孝 , 柳澤 実穂
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 光ファイバー型蛍光相関分光装置を用いたエクソソームの同定2020

    • 著者名/発表者名
      逢坂 美聖, 山本 条太郎, 金城 政孝
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 統計的蛍光画像解析による濃度分布イメージング2020

    • 著者名/発表者名
      福島 綾介, 山本 条太郎, 金城 政孝
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

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