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生体分子夾雑系で機能するD体人工抗体の開発

公募研究

研究領域分子夾雑の生命化学
研究課題/領域番号 20H04704
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関名古屋大学

研究代表者

林 剛介  名古屋大学, 工学研究科, 准教授 (40648268)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2021年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2020年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードタンパク質化学合成 / in vitroセレクション / 人工抗体 / 進化分子工学 / 分子進化工学
研究開始時の研究の概要

本研究では、タンパク質化学合成法と進化分子工学を用いた人工抗体取得技術を組み合わせることで、生体内や細胞内などの分子夾雑系において機能する鏡像異性体(D体)人工抗体を開発する。具体的には、標的とするタンパク質の鏡像異性体をタンパク質化学合成法によって作製し、得られたD体タンパク質を基質としてTRAP提示法(mRNA提示法の改良法)による人工抗体の選択を行う。得られた人工抗体配列をD体アミノ酸を用いて化学合成することで、目的のD体人工抗体を得る。その後、合成したD体人工抗体の結合性や免疫原性などの特性をL体人工抗体と比較することで評価する。

研究実績の概要

2021年度は、(1)化学合成人工抗体モノボディの機能評価、(2)D体MCP-1結合モノボディのin vitroセレクションと最適化、(3)L体MCP-1結合D体モノボディの化学合成と評価、を行った。
本研究の最終目的は、D体アミノ酸から構成される人工抗体をミラーイメージin vitroセレクション法によって創製することにあるが、まずは化学合成で合成した人工抗体(本研究ではモノボディを使用)が正しくフォールディングし、標的蛋白質に結合することを確認する必要がある。そこで(1)では、2020年度に合成を完了した新型コロナウイルスSタンパク質結合モノボディの機能評価を行った。バイオレイヤー干渉法を用いて化学合成モノボディとSタンパク質の結合を調べたところ、数nM程度のKdで化学合成モノボディが結合することが明らかとなった。また化学合成モノボディは大腸菌発現モノボディ同様に、オリゴマー状態(10-12量体)で存在することがサイズ排除クロマトグラフィー分析から明らかとなった。
次に、2020年度に取得したD体MCP-1結合モノボディの結合定数が数100nMとあまり良いクローンが得られなかったため、(2)では、親和性成熟あるいは新規ライブラリによる結合能が上昇したクローンの取得を試みた。その結果、数nM程度とD体MCP-1に対して十分な結合能を持つクローンの取得に成功した。そこで(3)では、(2)で得られたクローン配列をD体アミノ酸を用いて化学合成を行った。具体的には、4つのペプチド断片からPd錯体を用いたワンポットペプチド連結法を用いて合成を完了した。得られたD体モノボディがL体MCP-1に結合することが明らかとなった。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 2件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 3件、 招待講演 9件) 図書 (2件) 産業財産権 (2件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Monobodies with potent neutralizing activity against SARS-CoV-2 Delta and other variants of concern2022

    • 著者名/発表者名
      Kondo Taishi、Matsuoka Kazuhiro、Umemoto Shun、Fujino Tomoshige、Hayashi Gosuke、Iwatani Yasumasa、Murakami Hiroshi
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 5 号: 6 ページ: e202101322-e202101322

    • DOI

      10.26508/lsa.202101322

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytidine by Selective Oxidation and Reverse Transcription Arrest2021

    • 著者名/発表者名
      Koyama, K.; Hayashi, G.; Ueda, H.; Ota, S.; Nagae, G.; Aburatani, H.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 19 号: 29 ページ: 6478-6486

    • DOI

      10.1039/d1ob00995h

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Construction of a Highly Diverse mRNA Library for in vitro Selection of Monobodies2021

    • 著者名/発表者名
      Kondo Taishi、Eguchi Minori、Tsuzuki Nariaki、Murata Naoya、Fujino Tomoshige、Hayashi Gosuke、Murakami Hiroshi
    • 雑誌名

      BIO-PROTOCOL

      巻: 11 号: 16

    • DOI

      10.21769/bioprotoc.4125

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Silyl-Protected Propargyl Glycine for Multiple Labeling of Peptides by Chemoselective Silyl-Deprotection2021

    • 著者名/発表者名
      Kamo, N.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Tetrahedron Lett.

      巻: 73 ページ: 153093-153093

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2021.153093

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Organoruthenium-Catalyzed Chemical Protein Synthesis to Elucidate the Functions of Epigenetic Modifications on Heterochromatin Factors2021

    • 著者名/発表者名
      Kamo, N.; Kujirai, T.; Kurumizaka, H.; Murakami, H.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Chem. Sci.

      巻: 12 号: 16 ページ: 5926-5937

    • DOI

      10.1039/d1sc00731a

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] cDNA TRAP display for rapid and stable in vitro selection of antibody-like proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Kondo Taishi、Eguchi Minori、Kito Seita、Fujino Tomoshige、Hayashi Gosuke、Murakami Hiroshi
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 57 号: 19 ページ: 2416-2419

    • DOI

      10.1039/d0cc07541h

    • NAID

      120007169556

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acetylation-modulated communication between the H3 N-terminal tail domain and the intrinsically disordered H1 C-terminal domain2020

    • 著者名/発表者名
      Hao, F; Murphy, K. J.; Kujirai, T.; Kamo, N.; Kato, J.; Koyama, M.; Okamato, A.; Hayashi, G.; Kurumizaka, H.; Hayes, J. J.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 48 号: 20 ページ: 11510-11520

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa949

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] L-DNA-tagged fluorescence in situ hybridization for highly sensitive imaging of RNAs in single cells2020

    • 著者名/発表者名
      Ogata, M.; Hayashi, G.; Ichiu, A.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 18 号: 40 ページ: 8084-8088

    • DOI

      10.1039/d0ob01635g

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antibody-like proteins that capture and neutralize SARS-CoV-22020

    • 著者名/発表者名
      Kondo T.、Iwatani Y.、Matsuoka K.、Fujino T.、Umemoto S.、Yokomaku Y.、Ishizaki K.、Kito S.、Sezaki T.、Hayashi G.、Murakami H.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 号: 42 ページ: 3916-3916

    • DOI

      10.1126/sciadv.abd3916

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fmoc-Compatible and C-terminal-Sequence-Independent Peptide Alkyl Thioester Formation Using Cysteinylprolyl Imide2020

    • 著者名/発表者名
      Nakatsu, K.; Yanase, M.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Org. Lett.

      巻: 22 号: 12 ページ: 4670-4674

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.0c01450

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Toolbox for chemically synthesized histone proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Nakatsu, K.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Curr. Opin. Chem. Biol.

      巻: 58 ページ: 10-19

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2020.04.016

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] タンパク質化学合成 -低分子抗体の高機能化を目指して-2022

    • 著者名/発表者名
      林 剛介
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Fluorophore-labeled Synthetic Histone Proteins for Investigation of Nucleosome Dynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Gosuke Hayashi
    • 学会等名
      PACIFICHEM2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] New Peptide Ligation Techniques for Enhanced Chemical Protein Synthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Gosuke Hayashi
    • 学会等名
      PACIFICHEM2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Advanced Chemical Synthesis of Modified Histone Proteins for Epigenetic Research2021

    • 著者名/発表者名
      Gosuke Hayashi
    • 学会等名
      PACIFICHEM2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 有機化学と進化分子工学を活用したユビキチンケモテクノロジー2021

    • 著者名/発表者名
      林 剛介
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質に代表されるポリアミド型定序配列分子の化学合成2021

    • 著者名/発表者名
      林 剛介
    • 学会等名
      第25回VBLシンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] もう今はタンパク質もつくれます2021

    • 著者名/発表者名
      林 剛介
    • 学会等名
      第11回CSJ化学フェスタ2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質を全合成するための最先端分子技術2021

    • 著者名/発表者名
      林 剛介
    • 学会等名
      令和3年度 有機合成化学協会東海支部 若手研究者のためのセミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 修飾ヒストンの効率的化学合成法とヒストン動態解析2021

    • 著者名/発表者名
      林剛介
    • 学会等名
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質化学合成技術を駆使した修飾タンパク質の創製と生化学研究への展開2020

    • 著者名/発表者名
      林剛介
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 最先端ナノライフシステム研究「進化分子工学を用いた人工抗体創製とその応用」2022

    • 著者名/発表者名
      近藤太志; 梅本駿; 藤野公茂; 林剛介; 村上裕
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 創薬研究者がこれだけは知っておきたい最新のウイルス学「新型コロナウイルスに対する迅速な人工抗体創製」2021

    • 著者名/発表者名
      近藤太志; 梅本駿; 藤野公茂; 林剛介; 村上裕
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      株式会社NTS
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [産業財産権] 62.フィブロネクチンIII型ドメイン骨格を含むポリペプチド2020

    • 発明者名
      村上裕、都築成晃、近藤大志、林剛介、藤野公茂
    • 権利者名
      村上裕、都築成晃、近藤大志、林剛介、藤野公茂
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [産業財産権] 63.SARS-CoV-2のSタンパク質に結合する人工抗体2020

    • 発明者名
      村上裕、近藤大志、藤野公茂、林剛介、梅本駿
    • 権利者名
      村上裕、近藤大志、藤野公茂、林剛介、梅本駿
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 外国

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

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