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トランスクリプトームのゆらぎがもたらす新規ニッチへの進出能力

公募研究

研究領域進化の制約と方向性 ~微生物から多細胞生物までを貫く表現型進化原理の解明~
研究課題/領域番号 20H04873
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

石川 麻乃  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (20722101)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
2021年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2020年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
キーワードトランスクリプトーム / ゆらぎ / 揺らぎ / 環境変動
研究開始時の研究の概要

表現型のゆらぎは、新規ニッチへの進出を駆動/制約することで、進化を方向づけるのではないか?生物の新規ニッチへの進出は、新規形質の獲得や種分化、大進化を促進する。一方、全ての生物種が同一の新規ニッチ進出能力を持つわけではなく、そこには一定の制約と方向性がある。本研究では、この制約と方向性を生む機構として、表現型のゆらぎや方向性の違いに着目し、その分子的実態と新規ニッチ進出に果たす具体的な役割を解明する。

研究実績の概要

本研究では、生物の新規ニッチ進出の制約と方向性を生む機構として、表現型のゆらぎや方向性の違いに着目し、その分子的実態と新規ニッチ進出に果たす具体的な役割を解明する。モデルとしたのは、淡水ニッチへの進出能力が異なるトゲウオ科イトヨ2種である。イトヨは世界各地で海から淡水への進出に成功し、多様化を遂げている。一方、近縁種であるニホンイトヨは淡水域に一切進出していない。私たちの研究から、ニッチ進出能力の高いイトヨは、進出能力の低いニホンイトヨに比べて、淡水域への適応に関わる遺伝子発現のゆらぎが大きいことが示唆された。これは、トランスクリプトームのゆらぎの進化が、淡水ニッチへの進出と適応に寄与していることを示唆している。そこで、本研究では、『トランスクリプトームのゆらぎの差が新規ニッチへの進出・適応能力を規定している』という仮説を立て、このゆらぎの違いを生むゲノム領域/候補変異を同定し、それらが新規ニッチ進出に果たす具体的な役割を実験的、定量的に解析することで、これを検証することを目指した。イトヨとニホンイトヨのトランスクリプトームのゆらぎを定量的に計測するため、同一卵塊から得られた孵化後1ヶ月の幼魚をさまざまな環境条件に曝露し、孵化後8ヶ月までの生存率を確認すると、イトヨはニホンイトヨに比べ、淡水条件下で高い生存率を示した一方で、ニホンイトヨはイトヨに比べ、広い温度条件下で高い生存率を示した。またそれぞれの環境で成長率も異なった。これはイトヨがニホンイトヨに比べて淡水進出能力を持つ一方で、ニホンイトヨはより広い緯度に分布していることと一致しており、新規ニッチ進出能力の制約や方向性が、それぞれの環境応答性と関係することを改めて示してた。今後得られる各組織のRNAseqデータにより、制約や方向性を生む環境応答性の候補遺伝子や、その環境応答性の違いを生むゲノム領域や候補変異を同定する。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 3件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Construction of a chromosome-level Japanese stickleback species genome using ultra-dense linkage analysis with single-cell sperm sequencing.2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshitake K, Ishikawa A, Yonezawa R, Kinoshita S, Kitano J, and Asakawa S.
    • 雑誌名

      NAR Genomics and Bioinformatics

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Convergent copy number increase of genes associated with freshwater colonisation in fishes2022

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A, Yamanouchi S, Iwasaki W, and Kitano J.
    • 雑誌名

      Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic basis for variation in the number of cephalic pores in a hybrid zone between closely related species of goby, Gymnogobius breunigii and Gymnogobius castaneus2021

    • 著者名/発表者名
      Kakioka Ryo、Kume Manabu、Ishikawa Asano、Ansai Satoshi、Hosoki Takuya K、Yamasaki Yo Y、Nagano Atsushi J、Toyoda Atsushi、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Biological Journal of the Linnean Society

      巻: - 号: 1 ページ: 143-154

    • DOI

      10.1093/biolinnean/blab033

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The evolutionary ecology of fatty‐acid variation: Implications for consumer adaptation and diversification2021

    • 著者名/発表者名
      Twining Cornelia W.、Bernhardt Joey R.、Derry Alison M.、Hudson Cameron M.、Ishikawa Asano、Kabeya Naoki、Kainz Martin J.、Kitano Jun、Kowarik Carmen、Ladd Sarah Nemiah、Leal Miguel C.、Scharnweber Kristin、Shipley Jeremy R.、Matthews Blake
    • 雑誌名

      Ecology Letters

      巻: 24 号: 8 ページ: 1709-1731

    • DOI

      10.1111/ele.13771

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Copy number variation of a fatty acid desaturase gene <i>Fads2</i> associated with ecological divergence in freshwater stickleback populations2021

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Asano、Stuart Yoel E.、Bolnick Daniel I.、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Biology Letters

      巻: 17 号: 8 ページ: 20210204-20210204

    • DOI

      10.1098/rsbl.2021.0204

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Differences in the contributions of sex linkage and androgen regulation to sex-biased gene expression in juvenile and adult sticklebacks.2020

    • 著者名/発表者名
      Kitano J, Kakioka R, Ishikawa A, Toyoda A Kusakabe M.
    • 雑誌名

      Journal of Evolutionary Biology

      巻: 33 号: 8 ページ: 1129-1138

    • DOI

      10.1111/jeb.13662

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diversity in reproductive seasonality in the three-spined stickleback, Gasterosteus aculeatus2020

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Asano、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Journal of Experimental Biology

      巻: 223 号: Suppl_1

    • DOI

      10.1242/jeb.208975

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiple waves of freshwater colonization of the three-spined stickleback in the Japanese Archipelago2020

    • 著者名/発表者名
      Kakioka Ryo、Mori Seiichi、Kokita Tomoyuki、Hosoki Takuya K.、Nagano Atsushi J.、Ishikawa Asano、Kume Manabu、Toyoda Atsushi、Kitano Jun
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 20 号: 1 ページ: 143-143

    • DOI

      10.1186/s12862-020-01713-5

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Patterns of genomic divergence and introgression between Japanese stickleback species with overlapping breeding habitats2020

    • 著者名/発表者名
      Ravinet Mark、Kume Manabu、Ishikawa Asano、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Journal of Evolutionary Biology

      巻: 34 号: 1 ページ: 114-127

    • DOI

      10.1111/jeb.13664

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] A key gene important for freshwater colonization and radiation2022

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      日本生態学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A key metabolic gene important for freshwater colonization and adaptation2021

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      ICZ Virtual Conference 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Genetic molecular mechanisms underlying life-history evolution in sticklebacks2021

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      NIBB-Academia Sinica International Webinar of Aquatic Model Organisms for Basic Biology to Human Disease Models
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヒトと魚をつなぐ脂肪酸代謝の進化機構2021

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第75回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トゲウオから探る季節性生活史の収斂進化の分子遺伝基盤2021

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トゲウオから探る生活史の収斂進化の分子遺伝機構2021

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第66回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] トゲウオから探る生活史の収斂進化の鍵遺伝子2020

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第52回種生物学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular genetic mechanisms underlying convergent evolution of life-history traits in sticklebacks2020

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生活史の適応進化を生む分子遺伝機構 ー変異/遺伝子、生理、適応度を繋ぐー2020

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第66回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

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