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自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明

公募研究

研究領域光合成分子機構の学理解明と時空間制御による革新的光ー物質変換系の創製
研究課題/領域番号 20H05088
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関筑波大学

研究代表者

庄司 光男  筑波大学, 計算科学研究センター, 助教 (00593550)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2021年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード量子古典混合計算(QM/MM) / 量子化学計算(QM) / 酸素発生中心(OEC) / マンガン(Mn) / 鉄(Fe) / コバルト(Co) / ルテニウム(Ru) / 光合成 / 水分解反応 / 人工光合成 / 反応機構 / 酸素発生中心 / 光化学系II / ラジカル / プロトン移動 / コンフォメーション / 一電子移動 / Ru錯体 / 水分解 / 酸素発生
研究開始時の研究の概要

本研究では2020年度に人工系(Ru触媒、半導体系(BiVO4, TiO2))における水分解酸素発生機構を理論解析し、活性種の電子状態、構造を明確にする。自然系のPSIIとの違いを明確にすることで、改善点を明らかにする。2021年度には人工系(Ru錯体)を理論モデリングにより、より優れた(低過電圧、反応速度の向上,遷移金属置換)人工光合成触媒を設計する。班間の研究連携を積極的に進め、自然系のPSIIを手掛かりにして人工系の性能向上に取り組む。

研究実績の概要

新学術領域内で連携研究を実施し、自然系の光合成水分解酸素発生の仕組みを解明し、その知見を人工光合成の発展に役立てる研究を実施した。具体的には(1)杉浦美羽先生との連携による、光化学系II変異体での酸素発生中心の構造と反応機構の変化についての理論解析、(2)和田亨先生との連携による、新規Ru錯体での酸素発生機構の理論解明、(3)佐山和弘先生、山下晃一先生との連携による、自然系でMn原子が利用された根本的原因の解明、(4)八木政行先生、坪ノ内優太先生との連携による、金属酸化物触媒の機構解析を進めた。
各課題の進捗については(1)QM/MM-MDを実施し、アミノ酸変異に対する構造変化、主に変異アミノ酸、水分子、について理論解明することができている。水素結合の変化により、脱プロトン化やclosed cubaneとopen cubaneの相対安定性にも影響を与えることが示された。(2)新規Ru錯体全体の大規模QM計算を実施し、酸素発生に関わる全ての素反応を解明し、特有の反応機構を見出している。(3)系を簡略化することで、金属置換を可能にし、Mn原子のみが持つ反応選択性について計算で示すことができた。簡略化モデルでも酸素生成過程は自然系(PSII-OECのS4状態)と同じく, Mn(IV)-O-O-Mn(IV)種を経由する反応機構が得られたことでモデルの妥当性が確認出来ている。(4)研究打ち合わせを実施し、理論解析を進めている段階である。
全ての課題について論文出版するに至っていないが、引き続き論文化を進めており、早期に論文化する。理論研究により解明された、自然系、人工系全てに適用できる効率的水分解酸素発生反応機構について、その本質的分子メカニズムについて報告する。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 5件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] University of Strasbourg(フランス)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] ストラスブール大(フランス)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Relative energies among S3 intermediates in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Possible pathways of water insertion in the S2 to S3 transition2022

    • 著者名/発表者名
      Miyagawa Koichi、Shoji Mitsuo、Isobe Hiroshi、Kawakami Takashi、Nakajima Takahito、Yamaguchi Kizashi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 793 ページ: 139439-139439

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2022.139439

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Relative energies among proton-shifted S2 isomers in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Proton transfer coupled spin transitions of the CaMn4Ox cluster in OEC of PSII2022

    • 著者名/発表者名
      Miyagawa Koichi、Shoji Mitsuo、Isobe Hiroshi、Kawakami Takashi、Nakajima Takahito、Yamaguchi Kizashi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 790 ページ: 139357-139357

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2022.139357

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of the relative contributions to the electronic energy transfer rates based on Förster theory: The case of C-phycocyanin chromophores2021

    • 著者名/発表者名
      Mishima Kenji、Shoji Mitsuo、Umena Yasufumi、Boero Mauro、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 18 号: 0 ページ: 196-214

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.021

    • NAID

      130008082932

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Weak O2 binding and strong H2O2 binding at the non-heme diiron center of Trypanosome Alternative Oxidase2021

    • 著者名/発表者名
      S.Yamasaki, M.Shoji, M.Kayanuma, V.Sladek, D.K.Inaoka, Y.Matsuo, T.Shiba, L.Young, A.L.Moore, K.Kita, Y.Shigeta
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics

      巻: 1862 号: 4 ページ: 148356-9

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2020.148356

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Role of the Propionic Acid Side-Chain of C-Phycocyanin Chromophores in the Excited States for the Photosynthesis Process2020

    • 著者名/発表者名
      K.Mishima, M.Shoji, Y.Umena, M.Boero, Y.Shigeta
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 93(12) 号: 12 ページ: 1509-1519

    • DOI

      10.1246/bcsj.20200187

    • NAID

      130007955895

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Reaction Mechanism of Monomeric Sarcosine Oxidase with N-Cyclopropylglycine2020

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, Y.Abe, M.Boero, Y.Shigeta, Y.Nishiya
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: - 号: 29 ページ: 16552-16561

    • DOI

      10.1039/d0cp01679a

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Unique protonation states of aspartate and topaquinone in the active site of copper amine oxidase2020

    • 著者名/発表者名
      Shoji Mitsuo、Murakawa Takeshi、Boero Mauro、Shigeta Yasuteru、Hayashi Hideyuki、Okajima Toshihide
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 10 号: 63 ページ: 38631-38639

    • DOI

      10.1039/d0ra06365g

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Domain-based local pair natural orbital CCSD (T) calculations of strongly correlated electron systems: Examination of dynamic equilibrium models based on multiple intermediates in S1 state of photosystem II2019

    • 著者名/発表者名
      K Miyagawa, H Isobe, T Kawakami, M Shoji, S Yamanaka, M Okumura, T Nakajima, K Yamaguchi
    • 雑誌名

      Molecular Physics

      巻: - 号: 12 ページ: 1666171-1666171

    • DOI

      10.1080/00268976.2019.1666171

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      I4LEC 第4回公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] GLAS 法による分子構造及び化学反応経路の探索2021

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2021年秋季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      I4LEC第三回公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男, 村川武志, 重田育照, 林秀行, 岡島俊英
    • 学会等名
      量子生命科学会第2回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] QM/MM 法による銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についての理論解析2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      第34回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Recent Progress in the Reaction Mechanism of Water-Splitting in Photosystem II2020

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji
    • 学会等名
      70th JSCC
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] QM/MM study for the protonation states of copper amine oxidase2020

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, T.Murakawa, Y.Shigeta, H.Hayashi, T.Okajima
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] サルコシンオキシダーゼにおけるシクロプロピルグリシンの反応機構についての理論的解明2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      第93回日本生化学学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 構造探索手法(GLAS)による酵素反応機構の解明2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      SRPS2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 今日から使えるガウシャン(Gaussian)2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      CSJ化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] フリーソフトで始める分子モデリング2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 総ページ数
      65
    • 出版者
      Amazon Kindle direct publishing (電子書籍)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 発表リスト (2021年度)

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/research_2021.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 発表リスト

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/research_2020.html

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

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