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近赤外光応答型光合成エネルギー変換を担うキノン-キノール輸送機構の解明

公募研究

研究領域光合成分子機構の学理解明と時空間制御による革新的光ー物質変換系の創製
研究課題/領域番号 20H05101
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関神戸大学

研究代表者

木村 行宏  神戸大学, 農学研究科, 准教授 (20321755)

研究期間 (年度) 2020-11-19 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2020年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード紅色光合成細菌 / 光捕集1反応中心複合体 / キノン輸送 / キノン-キノール輸送機構 / 近赤外光 / 光捕集1反応中心複合体 / 赤外分光法
研究開始時の研究の概要

地上に降り注ぐ近赤外光は未利用のエネルギー資源である。シアノバクテリアの祖先種である紅色光合成細菌は、この近赤外光を利用した光物質変換が可能である。紅色細菌の反応中心では光エネルギーによってキノンがキノールに変換され、これが光合成膜内を拡散輸送されることにより、暗反応に必要な還元力が運搬されると推測されているが、実験的な証拠は得られていない。
本研究では紅色細菌の光合成膜を再構成する手法を確立し、キノン還元からキノール輸送に至るキノン動態を振動分光学的にモニタリングする。キノン、タンパク質、脂質置換の効果を比較検討することにより、光合成キノン-キノール輸送機構の解明に挑戦する。

研究実績の概要

本研究では紅色細菌由来のLH1-RC、キノン、脂質を用いて光合成膜を再構成する手法を確立し、様々な組み合わせで再構成した膜について、キノン還元からキノール輸送に至るキノン動態をモニタリングすることにより、膜内部におけるキノン動態の直接的な実験的証拠を得ること、ならびにキノン-タンパク質間相互作用やキノン-脂質間相互作用を検証することにより、キノン-キノール輸送経路およびその分子機構を明らかにすることを目的とした。具体的には、(1) 天然および人工再構成膜調製法の確立、(2) 光合成膜およびLH1-RCにおけるキノール生成の検出、(3) 天然再構成膜、人工再構成膜におけるキノール生成の検出、(4) 再構成膜系キノール生成における同位体置換、キノン置換、脂質置換の効果、(5) ATR-FTIRおよびHPLCを用いた遊離キノールの検出、(6) 形状の異なるLH1-RCを用いた比較研究について検討してきた。
本年度は(3)、(4)の人工再構成膜の系について重点的に研究を進めた。主要構成脂質であるCardiolipin、Phosphatidylglycerol、Phosphatidylethanolamine、Phosphatidylcholineを用いた人工膜の再構成条件を最適化し、光誘起赤外分光法によるキノン・キノール由来の信号検出に成功した。(5)については遊離キノンが検出されなかったことから、LH1-RCのキノン輸送において膜脂質の重要性が示唆された。(6)については、C字型のLH1、キノン輸送関連タンパク質であるPuf XやProtein Uを有するRba. sphaeroidesを用いて測定を行なった結果、キノンの還元に対するC字型リング形状、Puf XやProtein U欠損の効果はほとんど見られなかったが、キノンの拡散輸送に対する効果について現在も検証を進めている。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (15件) (うち国際共著 14件、 査読あり 15件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] Southern Illinois University(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Photosynthesis Research Center(中国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Southern Illinois University(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] Photosynthesis Research Center(中国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] Leibniz-Institute DSMZ(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Salt- and pH-Dependent Thermal Stability of Photocomplexes from Extremophilic Bacteriochlorophyll b-Containing Halorhodospira Species2022

    • 著者名/発表者名
      Kimura Yukihiro、Nakata Kazuna、Nojima Shingo、Takenaka Shinji、Madigan Michael T.、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Microorganisms

      巻: 10 号: 5 ページ: 959-959

    • DOI

      10.3390/microorganisms10050959

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Ca2+-binding motif underlies the unusual properties of certain photosynthetic bacterial core light-harvesting complexes2022

    • 著者名/発表者名
      Tani Kazutoshi、Kobayashi Kazumi、Hosogi Naoki、Ji Xuan-Cheng、Nagashima Sakiko、Nagashima Kenji V.P.、Izumida Airi、Inoue Kazuhito、Tsukatani Yusuke、Kanno Ryo、Hall Malgorzata、Yu Long-Jiang、Ishikawa Isamu、Okura Yoshihiro、Madigan Michael T.、Mizoguchi Akira、Humbel Bruno M.、Kimura Yukihiro、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: - 号: 6 ページ: 101967-101967

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101967

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of metal-sensitive structural changes in the Ca<sup>2+</sup>-binding photocomplex from <i>Thermochromatium tepidum</i> by isotope-edited vibrational spectroscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Kimura Yukihiro、Imanishi Michie、Li Yong、Yura Yuki、Ohno Takashi、Saga Yoshitaka、Madigan Michael T.、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 156 号: 10 ページ: 105101-105101

    • DOI

      10.1063/5.0075600

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Asymmetric structure of the native Rhodobacter sphaeroides dimeric LH1?RC complex2022

    • 著者名/発表者名
      Tani Kazutoshi、Kanno Ryo、Kikuchi Riku、Kawamura Saki、Nagashima Kenji V. P.、Hall Malgorzata、Takahashi Ai、Yu Long-Jiang、Kimura Yukihiro、Madigan Michael T.、Mizoguchi Akira、Humbel Bruno M.、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 1904-1904

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29453-8

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A previously unrecognized membrane protein in the Rhodobacter sphaeroides LH1-RC photocomplex2021

    • 著者名/発表者名
      Tani Kazutoshi、Nagashima Kenji V. P.、Kanno Ryo、Kawamura Saki、Kikuchi Riku、Hall Malgorzata、Yu Long-Jiang、Kimura Yukihiro、Madigan Michael T.、Mizoguchi Akira、Humbel Bruno M.、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 6300-6300

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26561-9

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Crystal structure of a photosynthetic LH1-RC in complex with its electron donor HiPIP2021

    • 著者名/発表者名
      Kawakami Tomoaki、Yu Long-Jiang、Liang Tai、Okazaki Koudai、Madigan Michael T.、Kimura Yukihiro、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 1104-1104

    • DOI

      10.1038/s41467-021-21397-9

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Electrostatic charge controls the lowest LH1 Qy transition energy in the triply extremophilic purple phototrophic bacterium, Halorhodospira halochloris2021

    • 著者名/発表者名
      Kimura Yukihiro、Nojima Shingo、Nakata Kazuna、Yamashita Takuya、Wang Xiang-Ping、Takenaka Shinji、Akimoto Seiji、Kobayashi Masayuki、Madigan Michael T.、Wang-Otomo Zheng-Yu、Yu Long-Jiang
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1862 号: 11 ページ: 148473-148473

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2021.148473

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Photosynthetic Growth and Energy Conversion in an Engineered Phototroph Containing Thermochromatium tepidum Light-Harvesting Complex 1 and the Rhodobacter sphaeroides Reaction Center Complex2021

    • 著者名/発表者名
      Nagashima Kenji V. P.、Nagashima Sakiko、Kitashima Masaharu、Inoue Kazuhito、Madigan Michael T.、Kimura Yukihiro、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 60 号: 36 ページ: 2685-2690

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.1c00462

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Spectral Properties of Chlorophyll <i>f</i> in the B800 Cavity of Light‐harvesting Complex 2 from the Purple Photosynthetic Bacterium <i>Rhodoblastus acidophilus</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Saga Yoshitaka、Tanaka Aiko、Yamashita Madoka、Shinoda Toshiyuki、Tomo Tatsuya、Kimura Yukihiro
    • 雑誌名

      Photochemistry and Photobiology

      巻: 98 号: 1 ページ: 169-174

    • DOI

      10.1111/php.13491

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo-EM Structure of the Photosynthetic LH1-RC Complex from Rhodospirillum rubrum2021

    • 著者名/発表者名
      Tani Kazutoshi、Kanno Ryo、Ji Xuan-Cheng、Hall Malgorzata、Yu Long-Jiang、Kimura Yukihiro、Madigan Michael T.、Mizoguchi Akira、Humbel Bruno M.、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 60 号: 32 ページ: 2483-2491

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.1c00360

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Circular dichroism and resonance Raman spectroscopies of bacteriochlorophyll b-containing LH1-RC complexes2021

    • 著者名/発表者名
      Kimura Y.、Yamashita T.、Seto R.、Imanishi M.、Honda M.、Nakagawa S.、Saga Y.、Takenaka S.、Yu L.-J.、Madigan M. T.、Wang-Otomo Z.-Y.
    • 雑誌名

      Photosynthesis Research

      巻: 148 号: 1-2 ページ: 77-86

    • DOI

      10.1007/s11120-021-00831-5

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Excitation Energy Transfer from Bacteriochlorophyll b in the B800 Site to B850 Bacteriochlorophyll a in Light-Harvesting Complex 22021

    • 著者名/発表者名
      Saga Yoshitaka、Yamashita Madoka、Masaoka Yuto、Hidaka Tsubasa、Imanishi Michie、Kimura Yukihiro、Nagasawa Yutaka
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 8 ページ: 2009-2017

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c09605

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quinone transport in the closed light-harvesting 1 reaction center complex from the thermophilic purple bacterium Thermochromatium tepidum2021

    • 著者名/発表者名
      Kishi Rikako、Imanishi Michie、Kobayashi Masayuki、Takenaka Shinji、Madigan Michael T.、Wang-Otomo Zheng-Yu、Kimura Yukihiro
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1862 号: 1 ページ: 148307-148307

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2020.148307

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo-EM structure of a Ca2+-bound photosynthetic LH1-RC complex containing multiple αβ-polypeptides2020

    • 著者名/発表者名
      Tani Kazutoshi、Kanno Ryo、Makino Yuki、Hall Malgorzata、Takenouchi Mizuki、Imanishi Michie、Yu Long-Jiang、Overmann Jorg、Madigan Michael T.、Kimura Yukihiro、Mizoguchi Akira、Humbel Bruno M.、Wang-Otomo Zheng-Yu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 号: 1 ページ: 4955-4955

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18748-3

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Lycopene-Family Carotenoids Confer Thermostability on Photocomplexes from a New Thermophilic Purple Bacterium2020

    • 著者名/発表者名
      Seto Ryuta、Takaichi Shinichi、Kurihara Toshiyuki、Kishi Rikako、Honda Mai、Takenaka Shinji、Tsukatani Yusuke、Madigan Michael T.、Wang-Otomo Zheng-Yu、Kimura Yukihiro
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 59 号: 25 ページ: 2351-2358

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00192

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 紅色光合成細菌の光捕集タンパク質LH2へ再構成したホルミル基含有クロロフィルのスペクトル特性2021

    • 著者名/発表者名
      田中愛子, 山下眞花, 篠田稔行, 鞆達也, 木村行宏, 佐賀佳央
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 紅色光合成細菌Thermochromatium tepidumのLH2タンパク質に結合するB800バクテリオクロロフィルaの選択的酸化2021

    • 著者名/発表者名
      平尾遥奈, 木村行宏, 大友征宇, 佐賀佳央
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 紅色光合成細菌のキノン輸送におけるリン脂質の寄与2021

    • 著者名/発表者名
      中元陽介, 岸利華子, 竹中慎治, 大友征宇, 木村行宏
    • 学会等名
      第28回光合成セミナー:反応中心と色素系の多様性
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 3つの好極限性を有する紅色光合成細菌Halorhodospira halochlorisの特性解析2021

    • 著者名/発表者名
      中田和菜, 能島紳吾, 山下琢也, 秋本誠志, 小林正幸, 竹中慎治, Madigan, M.T, 大友征宇, 木村行宏
    • 学会等名
      第28回光合成セミナー:反応中心と色素系の多様性
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] カロテノイド生合成系の調節による紅色細菌の熱耐性への適応2021

    • 著者名/発表者名
      小林拓己, 高市真一, 木村行宏, 大友征宇
    • 学会等名
      第28回光合成セミナー:反応中心と色素系の多様性
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] LH2タンパク質のB800部位へのクロロフィルb/d/fの再構成:分光特性とタンパク質との相互作用2021

    • 著者名/発表者名
      平尾遥奈, 井城ひなた, 淺川雅, 近藤政晴, 出羽毅久, 木村行宏, 大友征宇, 佐賀佳央
    • 学会等名
      第28回光合成セミナー:反応中心と色素系の多様性
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Oxidation of B800 Bacteriochlorophyll a in LH2 Protein from the Purple Photosynthetic Bacterium Thermochromatium tepidum2021

    • 著者名/発表者名
      Hirao, H, Kimura, Y, Wang-Otomo, Z-.Y. Saga
    • 学会等名
      SNCPP21
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 紅色光合成細菌のLH12タンパク質へのホルミル基を有するクロロフィルの再構成2021

    • 著者名/発表者名
      田中愛子, 山下眞花, 篠田稔行, 木村行宏, 鞆達也, 佐賀佳央
    • 学会等名
      第47回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 神戸大学大学院農学研究科微生物資源化学研究室ホームページ

    • URL

      http://www.edu.kobe-u.ac.jp/ans-bpc/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
  • [備考] Researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/read0140338

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
  • [備考] ResearchGate

    • URL

      https://www.researchgate.net/profile/Yukihiro-Kimura-2

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-11-30   更新日: 2022-12-28  

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